SHIFTCOR
| Treść | |
|---|---|
| Opis | Do ponownego odniesienia do przesunięcia chemicznego białek |
| Przechwycone typy danych |
Wprowadzanie danych : przypisania przesunięć chemicznych w formacie BMRB lub SHIFTY i odpowiednia struktura białka 3D (format PDB); Dane wyjściowe : przypisania przesunięć chemicznych z korektą odniesienia |
| Kontakt | |
| Centrum Badań | Uniwersytet Alberty |
| Laboratorium | dr David Wishart |
| Podstawowy | |
| dostęp do cytowań | |
| Strona internetowa | http://shiftcor.wishartlab.com/ |
| Różnorodny | |
| Polityka kuracji | Ręcznie wyselekcjonowane (ostatnia aktualizacja: 2003) |
SHIFTCOR (Shift Correction) to ogólnodostępny serwer sieciowy, a także samodzielny program komputerowy do ponownego odniesienia przesunięcia chemicznego białek . Odniesienie do przesunięcia chemicznego jest szczególnie powszechnym problemem w biomolekularnym NMR z do 25% istniejącego przesunięcia chemicznego NMR zadania są niewłaściwie przywoływane. Niektóre z tych problemów z odniesieniami mogą prowadzić do błędów systematycznych wynoszących od 1,0 do 2,5 ppm (szczególnie w przesunięciach chemicznych 13C i 15N). Błędy tej wielkości mogą siać spustoszenie przy każdej próbie porównania przypisań między białkami lub strukturalnej interpretacji przesunięć chemicznych . Identyfikacja, które białka są niewłaściwie przypisane lub nieprawidłowo przypisane, może być trudna, podobnie jak poprawianie błędów po ich znalezieniu. Program SHIFTCOR został zaprojektowany, aby pomóc w identyfikacji i naprawie tych przesunięć chemicznych problemy z referencjami. W szczególności porównuje, identyfikuje, koryguje i ponownie odnosi się do przesunięć chemicznych szkieletu 1H, 13C i 15N peptydów i białek, porównując zaobserwowane przesunięcia chemiczne z przewidywanymi przesunięciami chemicznymi uzyskanymi ze struktury 3D (przy użyciu współrzędnych PDB ) białka (białek) interesujące [1]. Przewidywane przesunięcia chemiczne są obliczane przy użyciu ShiftX program. Program SHIFTCOR był pierwotnie używany do konstruowania bazy danych z odpowiednio odniesionymi przypisaniami przesunięć chemicznych białek o nazwie RefDB. RefDB to dostępna w Internecie baza danych zawierająca ponad 2000 poprawnie przypisanych przypisań przesunięć chemicznych białek. Choć pierwotnie dostępny tylko jako samodzielny program, SHIFTCOR został wydany do ogólnego użytku jako serwer WWW.
Zobacz też
- Przesunięcie chemiczne
- NMR
- Białko
- Baza danych struktur białek
- Ponowne odniesienie do przesunięcia chemicznego białek
- Struktura drugorzędowa białka
- Prognoza przesunięcia chemicznego białek
- Indeks przesunięcia chemicznego
- NMR białka
Linki zewnętrzne