Baza danych struktury białek

W biologii baza danych o strukturach białek to baza danych modelowana na podstawie różnych eksperymentalnie określonych struktur białek . Celem większości baz danych struktur białkowych jest organizowanie i opisywanie struktur białkowych, zapewniając społeczności biologicznej dostęp do danych eksperymentalnych w użyteczny sposób. Dane zawarte w bazach danych struktur białek często obejmują współrzędne trójwymiarowe, a także informacje eksperymentalne, takie jak wymiary komórek elementarnych i kąty dla struktur określonych w krystalografii rentgenowskiej . Chociaż większość przypadków, w tym przypadku albo białka, albo określenie określonej struktury białka, również zawiera informacje o sekwencji, a niektóre bazy danych zapewniają nawet środki do wykonywania zapytań w oparciu o sekwencję, podstawowym atrybutem bazy danych o strukturze są informacje strukturalne, podczas gdy bazy danych sekwencji skupiają się na informacjach o sekwencji i w przypadku większości wpisów nie zawierają żadnych informacji strukturalnych. Bazy danych o strukturach białek mają kluczowe znaczenie w wielu wysiłkach w biologii obliczeniowej , takich jak projektowanie leków w oparciu o strukturę , zarówno przy opracowywaniu stosowanych metod obliczeniowych, jak i przy zapewnianiu dużego eksperymentalnego zbioru danych wykorzystywanych przez niektóre metody w celu uzyskania wglądu w funkcję białka.

Bank danych o białkach

Bank Danych Białkowych (PDB) powstał w 1971 roku jako centralne archiwum wszystkich eksperymentalnie określonych danych dotyczących struktury białek. Obecnie PDB jest prowadzony przez międzynarodowe konsorcja znane pod wspólną nazwą Worldwide Protein Data Bank (wwPDB). Misją wwPDB jest prowadzenie jednego archiwum makromolekularnych danych strukturalnych, które jest swobodnie i publicznie dostępne dla społeczności globalnej.

Lista innych baz danych o strukturach białek

Ponieważ PDB udostępnia dane w domenie publicznej , dane te wykorzystano w różnych innych bazach danych dotyczących struktur białek.

Przykłady baz danych o strukturze białek obejmują (w kolejności alfabetycznej);

Baza danych ruchów makrocząsteczek: opisuje ruchy zachodzące w białkach i innych makrocząsteczkach, w szczególności przy użyciu filmów
Dynameomika: hurtownia danych zawierająca symulacje dynamiki molekularnej i analizy białek reprezentujących wszystkie znane rodziny fałdów białkowych
JenaLib: Biblioteka makrocząsteczek biologicznych w Jenie ma na celu lepsze rozpowszechnianie wiedzy informacje na temat trójwymiarowych struktur biopolimerowych z naciskiem na wizualizację i analizę.
ModBase: baza danych trójwymiarowych modeli białek obliczonych metodą modelowania porównawczego
OCA: baza danych przeglądarki dotycząca struktury/funkcji białek - OCA integruje informacje z KEGG , OMIM , PDBselect, Pfam , PubMed , SCOP , SwissProt i innych.
OPM: zapewnia przestrzenne położenie trójwymiarowych struktur białek względem dwuwarstwy lipidowej .
PDB Lite: wywodzący się z OCA, PDB Lite został dostarczony, aby jak najbardziej ułatwić znalezienie i przeglądanie makrocząsteczki w PDB
PDBsum: zapewnia przegląd struktur makromolekularnych w PDB, podając schematyczne diagramy cząsteczek w każdej strukturze i interakcji między nimi
PDBTM: Bank danych białkowych białek transbłonowych — wybór PDB.
PDBWiki: baza wiedzy z komentarzami społeczności na temat biologicznych struktur molekularnych [1]
ProtCID: Baza danych Common Interface Database ( ProtCID ) to baza danych podobnych interfejsów białko-białko w strukturach krystalicznych białek homologicznych.
Białko: NIH _ baza danych białek, zbiór sekwencji z kilku źródeł, w tym tłumaczenia z opatrzonych adnotacjami regionów kodujących w GenBank , RefSeq i Third Party Adnotation, a także zapisy z SwissProt , PIR , PRF i PDB
Proteopedia: – wspólnej, trójwymiarowej encyklopedii białek i innych cząsteczek . Wiki zawierająca stronę dla każdego wpisu w PDB (>100 000 stron) z Jmol widok, który podkreśla miejsca funkcjonalne i ligandy. Oferuje łatwe w użyciu narzędzie do tworzenia scen, dzięki czemu nie musisz uczyć się języka skryptowego Jmol, aby tworzyć niestandardowe sceny molekularne. Sceny niestandardowe można łatwo dołączyć do „zielonych linków” w tekście opisowym, które wyświetlają te sceny w Jmol.
ProteinLounge: to baza danych białek zawierająca wizualizacje struktury białek. Obejmuje także szlaki białkowe i sekwencje genów, w tym inne narzędzia.
SCOP: strukturalna klasyfikacja białek [2] szczegółowy i kompleksowy opis powiązań strukturalnych i ewolucyjnych pomiędzy wszystkimi białkami, których struktura jest znana.
Repozytorium SWISS-MODEL: baza danych z adnotacjami modeli białek obliczona poprzez modelowanie homologii
TOPSAN: , sieć adnotacji otwartych struktur białkowych — wiki przeznaczona do gromadzenia, udostępniania i rozpowszechniania informacji o trójwymiarowych strukturach białek.