Jmol

Jmol
	Renderowanie trójwymiarowej struktury Jmol streptawidyny
Deweloperzy	Zespół programistów Jmol
Pierwsze wydanie	2001 ; 22 lata temu
Wersja stabilna	14.31.34 / 7 marca 2021 ; 23 miesiące temu
Magazyn	sourceforge .net /projekty /jmol
Napisane w	Jawa
System operacyjny	Międzyplatformowe
Platforma	Systemy z Javą i przeglądarki internetowe bez Javy
Dostępne w	16 języków
	Lista języków kataloński, chiński, czeski, duński, niderlandzki, angielski, francuski, niemiecki, węgierski, indonezyjski, włoski, koreański, portugalski, hiszpański, turecki, ukraiński
Typ	Modelowanie molekularne
Licencja	LGPL 2.0
Strona internetowa	www.jmol.org _ _

Jmol to oprogramowanie komputerowe do modelowania molekularnego struktur chemicznych w 3 wymiarach . Jmol zwraca reprezentację 3D cząsteczki , która może być wykorzystana jako narzędzie dydaktyczne lub do badań, np. w chemii i biochemii . Jest napisany w języku programowania Java , więc może działać w systemach operacyjnych Windows , macOS , Linux i Unix , jeśli Java jest zainstalowana. To jest darmowe oprogramowanie o otwartym kodzie źródłowym wydane na licencji GNU Lesser General Public License (LGPL) w wersji 2.0. Istnieje samodzielna aplikacja i zestaw do tworzenia oprogramowania (SDK), które można zintegrować z innymi aplikacjami Java, takimi jak Bioclipse i Taverna .

Popularną funkcją jest aplet, który można zintegrować ze stronami internetowymi w celu wyświetlania cząsteczek na różne sposoby. Na przykład cząsteczki mogą być wyświetlane jako modele typu „ball-and-stick” , modele wypełniające przestrzeń , diagramy wstążkowe itp. Jmol obsługuje szeroką gamę formatów plików chemicznych , w tym Protein Data Bank (pdb), Crystallographic Information File (cif), MDL Molfile (mol) i Chemical Markup Language (CML). Istnieje również JavaScript -only ( HTML5 ) w wersji JSmol , której można używać na komputerach bez Javy.

Aplet Jmol oferuje między innymi alternatywę dla wtyczki Chime , która nie jest już aktywnie rozwijana. Chociaż Jmol ma wiele funkcji, których brakuje Chime, nie twierdzi, że odtwarza wszystkie funkcje Chime, w szczególności tryb rzeźbienia . Chime wymaga wtyczki i przeglądarki Internet Explorer 6.0 lub Firefox 2.0 w systemie Microsoft Windows lub Netscape Communicator 4.8 w systemie Mac OS 9 . Jmol wymaga Javy instalacja i działa na wielu różnych platformach. Na przykład Jmol jest w pełni funkcjonalny w przeglądarkach Mozilla Firefox , Internet Explorer , Opera , Google Chrome i Safari .

Zrzuty ekranu

Struktura krystaliczna pudełka RNP H / ACA z Pyrococcus furiosus .
Podkreślenie dwóch mostków solnych w tetramerze hemoglobiny (grupa hemo jako pałeczki w prawym dolnym rogu).
Fragment czynnika transkrypcyjnego TFIIIA tworzący trzy kolejne motywy palca cynkowego, związany z odcinkiem DNA.
Eubacterial 70S rybosom z Thermus thermophilus .