Bioclipse
| Deweloperzy | Projekt Bioclipse |
|---|---|
| Pierwsze wydanie | 17 listopada 2005 |
| Wersja stabilna | 2.6.2 (4 listopada 2016 ) |
| Wersja podglądu | 2.6.2 RC (15 kwietnia 2016 ) |
| Typ | Cheminformatyka , bioinformatyka |
| Licencja | Licencja publiczna Eclipse |
| Strona internetowa |
|
Projekt Bioclipse to oparta na Javie , otwarta platforma wizualna dla chemio - i bioinformatyki oparta na platformie Eclipse Rich Client Platform (RCP). Zyskał funkcjonalność skryptową w 2009 roku, a wersję wiersza poleceń w 2021 roku.
Jak każda aplikacja RCP, Bioclipse wykorzystuje architekturę wtyczek, która dziedziczy podstawową funkcjonalność i interfejsy wizualne z Eclipse, takie jak system pomocy, aktualizacje oprogramowania , preferencje, wdrażanie międzyplatformowe itp. Poprzez swoje wtyczki Bioclipse zapewnia funkcjonalność dla chemio- i bioinformatyki oraz punkty rozszerzeń, które można łatwo rozszerzyć za pomocą innych, prawdopodobnie zastrzeżonych wtyczek , aby zapewnić dodatkową funkcjonalność.
Pierwsza stabilna wersja Bioclipse zawiera wtyczkę Chemistry Development Kit (CDK) zapewniającą zaplecze chemoinformatyczne, wtyczkę Jmol do trójwymiarowej wizualizacji cząsteczek oraz wtyczkę BioJava do analizy sekwencji. Niedawno dodano platformę R , wykorzystującą StatET i OpenTox.
Bioclipse został opracowany we współpracy między Proteochemometric Group, Dept. of Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University , Szwecja, Christoph Steinbeck Group w Europejskim Instytucie Bioinformatyki oraz Wydziałem Chemii Analitycznej na Uniwersytecie w Leiden , ale obejmuje również rozszerzenia opracowane w innych instytutach akademickich , w tym Karolinska Institutet i Maastricht University . Rozwój jest wspierany przez Międzynarodowe Stowarzyszenie Bioclipse.
Język skryptowy Bioclipse
Bioclipse Scripting Language (BSL) to środowisko skryptowe, obecnie oparte na JavaScript i Groovy . Rozszerza język skryptowy o menedżery, które opakowują funkcjonalność bibliotek stron trzecich, jak wspomniano powyżej. Skrypty te zapewniają zatem środki do udostępniania analiz w Bioclipse, na przykład na stronie MyExperiment .org. Bioclipse definiuje szereg podstawowych typów danych obsługiwanych przez menedżerów, umożliwiając wykorzystanie informacji między tymi menedżerami.
