RefDB (chemia)

Baza danych ref
Treść
Opis Baza danych przesunięć chemicznych
Przechwycone typy danych
Ponownie przypisano przypisania przesunięć chemicznych białek i polipeptydów
Kontakt
Centrum Badań Uniwersytet Alberty
Laboratorium Davida S. Wisharta
Cytowanie podstawowe RefDB: Baza danych jednolicie referencyjnych przesunięć chemicznych białek.
Dostęp
Strona internetowa http://refdb.wishartlab.com/
Pobierz URL http://refdb.wishartlab.com/
Różnorodny
Częstotliwość udostępniania danych
Co tydzień z okresowymi poprawkami i aktualizacjami
Polityka kuracji Automatycznie wyselekcjonowane

Rereferencyjna baza danych przesunięć chemicznych białek (RefDB) to baza danych spektroskopii NMR zawierająca starannie skorygowane lub ponownie odniesione przesunięcia chemiczne , pochodzące z BioMagResBank (BMRB) (ryc. 1). Baza danych została złożona przy użyciu programu do obliczania przesunięć chemicznych opartego na strukturze (zwanego SHIFTX) w celu obliczenia oczekiwanych przesunięć chemicznych białek (1)H, (13)C i (15)N z danych rentgenowskich lub współrzędnych NMR wcześniej przypisanych białek poinformowano w BRM. Porównanie jest wykonywane automatycznie przez program o nazwie SHIFTCOR . Baza danych RefDB zawiera obecnie skorygowane przesunięć chemicznych dla ponad 2000 przypisanych peptydów i białek . Dane z bazy danych wskazują, że prawie 25% wpisów BMRB z białka (13)C i 27% wpisów BMRB z przypisaniem białka (15)N wymaga znacznych korekt odniesienia przesunięcia chemicznego . Dodatkowo blisko 40% białka wpisy zdeponowane w BioMagResBank wydają się zawierać co najmniej jeden błąd przypisania. Użytkownicy mogą pobierać, przeszukiwać lub przeglądać bazę danych za pomocą szeregu metod dostępnych w serwisie RefDB. RefDB zapewnia standardowe przesunięć chemicznych dla spektroskopistów biomolekularnych NMR, którzy chcą uzyskać lub obliczyć trendy przesunięć chemicznych w peptydach i białkach .


Zakres i dostęp

Wszystkie dane w RefDB są niezastrzeżone lub pochodzą z niezastrzeżonego źródła. Jest ogólnodostępny i dostępny dla każdego. Ponadto prawie każdy element danych jest w pełni identyfikowalny i ma wyraźne odniesienie do oryginalnego źródła. Dane RefDB są dostępne za pośrednictwem publicznego interfejsu internetowego i plików do pobrania.

Cechy

Wszystkie przesunięcia chemiczne w RefDB zostały ponownie odniesione obliczeniowo do DSS (wspólny standard przesunięć chemicznych NMR ). RefDB to stale aktualizowany zasób, który wykorzystuje roboty internetowe do wysyłania zapytań do publicznych baz danych (BMRB, GenBank , Protein Data Bank ) i cotygodniowego pobierania danych przypisania, sekwencji i struktury. Następnie stosuje szereg procedur sprawdzania danych (wykorzystując słowa kluczowe do usuwania białek paramagnetycznych lub zdenaturowanych), po których następuje seria obliczeń w celu zidentyfikowania i skorygowania błędów odniesienia przesunięcia chemicznego . RefDB to w pełni internetowa baza danych, przechowująca dane w dwóch standardowych formatach ( NMR-STAR i Shifty), dokonuje automatycznej aktualizacji, sprawdzania i walidacji danych oraz zapewnia otwarty dostęp do danych wyjściowych w formacie pliku płaskiego, który można w pełni pobrać, jak również w tabeli z hiperłączami, którą można przeglądać (patrz rys. 2). RefDB obsługuje również zapytania dotyczące słów kluczowych i wyszukiwania sekwencji (przy użyciu lokalnego BLAST ). RefDB jest zwykle aktualizowany co tydzień. Baza danych RefDB wraz z powiązanym oprogramowaniem jest dostępna bezpłatnie pod adresem http://refdb.wishartlab.com oraz na stronie internetowej BMRB.

Protokoły

RefDB został przygotowany przy użyciu kombinacji trzech różnych programów komputerowych. Pierwszy program (SHIFTX) oblicza przesunięcia chemiczne szkieletu 1H, 13C i 15N na podstawie danych współrzędnych 3D białka. Drugi program ( SHIFTCOR ) porównuje obliczone przesunięcia z obserwowanymi przesunięciami, ocenia wszelkie statystycznie istotne różnice i wykonuje niezbędne korekty przesunięć chemicznych. Trzeci program (UPDATE) automatycznie pobiera nowo zdeponowane dane BMRB wraz z odpowiednimi danymi PDB. UPDATE kieruje również dane do SHIFTCOR i dołącza „skorygowany” plik przesunięć chemicznych do bazy danych RefDB.


Co zapewnia RefDB

  • Baza danych do pobrania zawierająca 2162 ponownie referencyjnych plików przesunięć chemicznych białek
  • Obszerna lista wpisów BMRB i ponownie referencyjnych wpisów BMRB wraz z odpowiednimi wpisami PDB (patrz ryc. 2)
  • Rozdzielone tabulatorami podsumowanie wszystkich wpisów RefDB
  • Informacje o strukturze drugorzędowej dla każdej sekwencji białka w formacie shifty
  • Informacja statystyczna
    • Błędy odniesienia (w ppm) dla atomów szkieletu
    • Uśrednione wartości przesunięcia chemicznego szkieletu dla przypisań struktury drugorzędowej (alfa-helisa, beta i cewka)

Zobacz też

Ogólne odniesienia

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=RefDB_(chemistry)&oldid=1070326460 ”