Sekwencja wstawiania

Element insercyjny (znany również jako IS , element sekwencji insercyjnej lub element IS ) to krótka sekwencja DNA , która działa jak prosty element transpozycyjny . Sekwencje insercyjne mają dwie główne cechy: są małe w porównaniu z innymi elementami zdolnymi do transpozycji (zwykle o długości około 700 do 2500 pz ) i kodują tylko białka zaangażowane w aktywność transpozycji (różnią się zatem od innych transpozonów , które również niosą geny pomocnicze, takie jak Jak oporności na antybiotyki ). Białka te są zwykle transpozazą , która katalizuje reakcję enzymatyczną umożliwiającą ruch IS, a także jednym białkiem regulatorowym, które albo stymuluje, albo hamuje aktywność transpozycji. Region kodujący w sekwencji insercyjnej jest zwykle otoczony odwróconymi powtórzeniami . Na przykład dobrze znany IS 911 (1250 pz) jest otoczony dwoma odwróconymi końcami powtórzeń o długości 36 pz, a region kodujący ma dwa geny częściowo nachodzące na siebie orfA i orfAB , kodujący transpozazę (OrfAB) i białko regulatorowe (OrfA). Konkretna sekwencja wstawiania może być nazwana zgodnie z postacią ISn , gdzie n jest liczbą (np. IS1 , IS2 , IS3 , IS10 , IS50 , IS911 , IS26 itd .); nie jest to jednak jedyny stosowany schemat nazewnictwa. Chociaż sekwencje insercyjne są zwykle omawiane w kontekście genomów prokariotycznych , niektóre eukariotyczne Sekwencje DNA należące do rodziny elementów transpozycyjnych Tc1/ mariner można uważać za sekwencje insercyjne.

Diagram ilustrujący rolę sekwencji insercyjnych („IS”) w złożonym transpozonie

Oprócz występowania autonomicznego, sekwencje insercyjne mogą również występować jako części złożonych transpozonów ; w złożonym transpozonie dwie sekwencje insercyjne flankują jeden lub więcej genów pomocniczych, takich jak gen oporności na antybiotyk (np. Tn10 , Tn5 ) . Niemniej jednak istnieje inny rodzaj transpozonów, zwany transpozonami jednostkowymi, które nie mają sekwencji insercyjnych na swoich końcach (np. Tn 7 ).

Złożony transpozon nie opiera się na flankujących sekwencjach insercyjnych dla resolwazy. Resolwaza jest częścią genomu tns i tnie flankujące odwrócone powtórzenia.

Częstotliwość transpozycji elementów IS zależy od wielu parametrów, w tym fazy wzrostu kultury, składu pożywki, napięcia tlenu, skali wzrostu i konformacji strukturalnej miejsc docelowych (np. krzywizny, obecności określonych motywów, składu DNA). Rekombinacja między genomowym IS miejsca mogą umożliwić bakteriom przystosowanie się do nowych środowisk, czyniąc elementy IS ważnym mechanizmem ewolucji bakterii.

Zobacz też

• Ruchome elementy genetyczne

•   Campbell, Neil A. i Reece, Jane B. (2002). Biologia (wyd. 6), s. 345–346. San Francisco: Benjamin Cummings. ISBN 0-8053-6624-5 .
•    Mahillon Jacques, Chandler Michael (2020). „Sekwencje wstawiania” . Recenzje mikrobiologii i biologii molekularnej . 62 (3): 725–774. doi : 10.1128/MMBR.62.3.725-774.1998 . PMC 98933 . PMID 9729608 .
•   Prescott, Lansing M.; Harley, John P.; i Klein, Donald A. (2002). Mikrobiologia (wyd. 5), s. 298–299. Nowy Jork: McGraw-Hill. ISBN 0-07-232041-9 .
•   Shuler, Michael L. i Kargi, Fikret (2002). Inżynieria bioprocesowa: podstawowe pojęcia (wyd. 2), s. 220. Upper Saddle River, NJ: Prentice Hall PTR. ISBN 0-13-081908-5 .

Linki zewnętrzne

• Wyszukiwarka IS