Sezon 1939-40 był 34. sezonem piłkarskim Port Vale w Football League i drugim z rzędu sezonem w Third Division South . Cała rywalizacja w piłce nożnej została zawieszona po wybuchu wojny w Europie , zaledwie dwa mecze przed rozpoczęciem sezonu zasadniczego. Te dwa mecze zostały usunięte z oficjalnych rejestrów, a regionalne ligi wojenne, które je zastąpiły, nie są uznawane przez Football League i dlatego nie są uwzględnione w oficjalnych rejestrach. Port Vale zajął ósme miejsce w Lidze Zachodniej regionalnej ligi wojennej.
Po przebudowie składu gry w poprzednim sezonie, kierownictwo Port Vale zdecydowało się uzupełnić stosunkowo zespół młodymi nabytkami; godnymi uwagi nastoletnimi przybyszami byli szkocki skrzydłowy Murdoch Dickie z Crewe Alexandra i wewnętrzny napastnik Bert Flatley z York City . Ken Fish powrócił jako asystent trenera, a także zawodnik, a klub zdecydował się zrezygnować z menedżera na rzecz komisji selekcyjnej. Po bezbramkowym remisie w dniu otwarcia w Brighton & Hove Albion nastąpiła porażka 1: 0 u siebie z Exeter City , ale mecz numer trzy z Northampton Town został odwołany po ogłoszeniu wojny, a rząd zakazał wszelkich zgromadzeń sportowych. Football League została formalnie odwołana, a władze piłkarskie przyjrzały się alternatywnym rozwiązaniom. Zezwolono na rozgrywanie piłki nożnej w Stoke-on-Trent, a mecze towarzyskie odbywały się tak, jak w tym czasie.
Football League ostatecznie zdecydowała się na ligi regionalne i umieściła Vale w Regionie Zachodnim, obok dużych klubów z Liverpoolu i Manchesteru . Frekwencja była niska, a tylko spotkania z Manchesterem United i Evertonem przekroczyły granicę 4000 na Old Recreation Ground . Udało im się pokonać Everton 2: 1 na czele przy widowni liczącej około 6000 osób w sezonie, a także zremisować 1: 1 z Liverpoolem przed zaledwie 4000 widzów na Anfield . Vale poniósł ciężkie porażki na Old Trafford , Victoria Ground i Maine Road , a także u siebie z Liverpoolem , ale udało mu się zanotować dublety przeciwko Crewe Alexandra i Tranmere Rovers . Pomimo wystawiania silnych drużyn w Pucharze Wojny i Pucharze Staffordshire Senior, zostali wyeliminowani w rundach otwarcia odpowiednio przez Walsall i West Bromwich Albion . Jack Roberts zakończył jako król strzelców z 14 bramkami we wszystkich rozgrywkach. Klubu nie było stać na dalsze wystawianie profesjonalnej drużyny, więc do sezonu 1944–45 wystawiał tylko drużynę juniorów, mimo że wciąż tracił ogromne sumy pieniędzy na utrzymanie Starego Terenu Rekreacyjnego.