Sezon NBA 1999-2000 był 33. sezonem Nets w National Basketball Association i 24. sezonem w East Rutherford w stanie New Jersey . Poza sezonem Nets ponownie pozyskali Johnny'ego Newmana z Los Angeles Clippers i ponownie pozyskali wolnego agenta Shermana Douglasa . Bez Jaysona Williamsa , który przegapił cały sezon z powodu kontuzji kolana z poprzedniego sezonu, Nets mieli problemy z przegraną 15 z pierwszych 17 meczów, ale ostatecznie rozgrzali się, wygrywając 13 z następnych 18 meczów i znaleźli się blisko miejsca w fazie play-off z rekord 31-40 na dzień 30 marca. Jednak wysypka kontuzji pod koniec sezonu kosztowała drużynę przegraną ostatnich jedenastu meczów, zajmując szóste miejsce w Atlantic Division z rekordem 31-51.
Stephon Marbury miał średnio 22,2 punktu, 8,4 asysty i 1,5 przechwytu na mecz i został wybrany do trzeciej drużyny All-NBA, podczas gdy Keith Van Horn miał średnio 19,2 punktu i 8,5 zbiórki na mecz, a Kendall Gill zapewnił zespołowi 13,1 punktu i prowadził ich z 1,8 przechwytami na mecz, co daje mu dziewiąte miejsce w lidze ze 139 przechwytami ogółem. Ponadto Kerry Kittles zdobył 13,0 punktów i 1,3 przechwytu na mecz, ale rozegrał tylko 62 mecze z powodu kontuzji kolana, podczas gdy z ławki Newman grał szóstą rolę, zdobywając średnio 10,0 punktów na mecz, Lucious Harris zdobył 6,7 punktów na mecz , a Jamie Feick prowadził zespół z 9,3 zbiórek na mecz. W sezonie 1999–2000 Marbury i Gill osiągnęli różne kamienie milowe, gdy Marbury zaliczył 2000 asyst, a Gill zdobył 10 000 punktów w karierze.
Nets rozpoczęli sezon z bilansem 2-15, co jest rekordem franczyzy. Pomimo słabego początku, Nets zebrali się, by walczyć o miejsce w play-off. Nets wciąż żyli w wyścigu play-off na początku kwietnia, mając trzy tygodnie do końca sezonu. Po pierwszym tygodniu kwietnia zespół był bez czołowego strzelca, Stephona Marbury'ego, który zmagał się z kontuzją kolana. Inne kontuzje obejmowały debiutanta Evana Eschmeyera (kostka) i rozpoczynającego strzelanie strażnika Kerry'ego Kittlesa (kolano). Nets zostali oficjalnie wyeliminowani z rozgrywek play-off 7 kwietnia po przegranej 103:85 z Miami Heat . Zespół zakończył sezon, przegrywając ostatnie 11 meczów w roku.