Sezon 1999-2000 NBA był 26. sezonem Utah Jazz w National Basketball Association i 21. sezonem w Salt Lake City w stanie Utah . Poza sezonem Jazz podpisał kontrakt z wolnym agentem Oldenem Polynice , a później w styczniu z Armenem Gilliamem . Polynice stał się początkowym centrum zespołu, gdy Greg Ostertag grał z ławki jako rezerwowy dla Polynice. Jazz byli teraz najstarszym zespołem w NBA, wciąż prowadzonym przez Johna Stocktona i Karla Malone'a , którzy zostali wybrani do Meczu Gwiazd NBA 2000 , który był ostatnim występem Stocktona w All-Star. Jazz rozpoczął solidny start 15-7, który obejmował passę 7 zwycięstw, ale potem przegrał sześć meczów z rzędu między styczniem a lutym, uzyskując rekord 29-18 w przerwie All-Star. Jednak wygraliby dziewięć kolejnych meczów między lutym a marcem i odzyskali Midwest Division z solidnym rekordem 55-27, kwalifikując się do playoffów 17. sezonu z rzędu.
Malone zdobył średnio 25,5 punktu i 9,5 zbiórki na mecz, został wybrany do drugiej drużyny All-NBA i zajął czwarte miejsce w głosowaniu na Najcenniejszego Gracza , a także osiągnął kamień milowy, zdobywając 30 000. punkt w tym sezonie. Ponadto Bryon Russell miał średnio 14,1 punktu, 5,2 zbiórki i 1,6 przechwytu na mecz, podczas gdy Jeff Hornacek wniósł 12,4 punktu na mecz, Stockton zapewnił zespołowi 12,1 punktu, 8,6 asyst i 1,7 przechwytu na mecz, a szósty zawodnik Howard Eisley zdobył 8,6 punktu i 4,2 asysty na mecz z ławki. Po stronie defensywnej Polynice notował średnio 5,3 punktu i 5,5 zbiórki na mecz, a Ostertag miał 6,0 zbiórek i prowadził zespół z 2,1 blokami na mecz z ławki. Hornacek wygrał także rzuty za trzy punkty i konkurs rzutów 2 piłkami podczas All-Star Weekend w Oakland .
W play-offach Jazz pokonał Seattle SuperSonics trzy do dwóch w pierwszej rundzie Konferencji Zachodniej, ale przegrał w pięciu meczach z mistrzem Pacyfiku Portland Trail Blazers w półfinale Konferencji Zachodniej drugi rok z rzędu.
Po sezonie Hornacek przeszedł na emeryturę, kończąc swoją czternastoletnią karierę w NBA. W międzyczasie Gilliam również przeszedł na emeryturę, podczas gdy Eisley został sprzedany do Dallas Mavericks , a Adam Keefe do Golden State Warriors .