Supresyjna hybrydyzacja subtraktywna

Hybrydyzacja subtraktywna to technologia, która pozwala na amplifikację w oparciu o PCR tylko tych fragmentów cDNA , które różnią się między transkryptomem kontrolnym (sterującym) a transkryptomem eksperymentalnym . cDNA powstaje z mRNA . Podkreślono różnice we względnej obfitości transkryptów, podobnie jak różnice genetyczne między gatunkami. Technika polega na usunięciu dsDNA powstałego w wyniku hybrydyzacji między próbką kontrolną a testową, eliminując w ten sposób cDNA lub gDNA o podobnej liczebności i zachowujące różnie eksprymowane lub zmienne w sekwencji transkrypty lub sekwencje genomowe.

Supresyjna hybrydyzacja subtraktywna została również z powodzeniem zastosowana do identyfikacji sekwencji DNA specyficznych dla szczepu lub gatunku w różnych bakteriach, w tym gatunkach Vibrio ( Metagenomics ).

Zobacz też

• Analiza różnic reprezentatywnych

Linki zewnętrzne

• Przegląd na stronie evrogen.com
•    Munir, S.; Singh, S.; Kaur, K.; Kapur, V. (2004). „Hybrydyzacja subtraktywna z supresją połączona z analizą mikromacierzy w celu zbadania zróżnicowanej ekspresji genów w komórkach zakażonych wirusem” . Procedury biologiczne online . 6 : 94–104. doi : 10.1251/bpo77 . PMC 420231 . PMID 15181476 .
•    Diatchenko, L. (1996). „Hybrydyzacja subtraktywna z supresją: metoda generowania sond i bibliotek cDNA regulowanych w różny sposób lub tkankowo specyficznych” . Obrady Narodowej Akademii Nauk . 93 (12): 6025–6030. Bibcode : 1996PNAS...93.6025D . doi : 10.1073/pnas.93.12.6025 . PMC39182 . _ PMID 8650213 .
•   Galbraith, EA; Antonopoulos, DA; Biały, BA (2004). „Tłumiąca hybrydyzacja subtraktywna jako narzędzie do identyfikacji różnorodności genetycznej w metagenomie środowiskowym: żwacz jako model”. Mikrobiologia Środowiskowa . 6 (9): 928–937. doi : 10.1111/j.1462-2920.2004.00575.x . PMID 15305918 .