Sygnał enkapsydacji ptasiego RNA HBV epsilon
| AHBV_epsilon cis-regulatorowy element RNA | |
|---|---|
 Przewidywana drugorzędowa struktura i konserwacja sekwencji AHBV_epsilon
| |
| identyfikatorów | |
| Symbol | AHBV_epsilon |
| Rfam | RF01313 |
| Inne dane | |
| typ RNA | Cis-reg |
| Domeny | Wirusy |
| IŚĆ | GO:0019079 |
| WIĘC | SO: 0005836 |
| Struktury PDB | PDBe |
Sygnał enkapsydacji ptasiego HBV RNA epsilon (AHBV epsilon) to struktura RNA , która, jak wykazano, ułatwia enkapsydację pregenomowego RNA wymaganego do replikacji wirusa . Istnieją dwie główne klasy sygnałów kapsułkowania w ptasich wirusach zapalenia wątroby typu B - wirus zapalenia wątroby typu B kaczki (DHBV) i wirus zapalenia wątroby typu B czapli (HHBV). DHBV jest używany jako model do zrozumienia ludzkiego wirusa zapalenia wątroby typu B. Chociaż badania wykazały, że HHBV epsilon ma mniej par w górnej łodydze niż DHBV, to parowanie nie jest bezwzględnie wymagane do zakażenia DHBV u kaczek.
DHBV epsilon składa się ze struktury łodygi, wybrzuszenia i pętli wierzchołkowej (ryc. 1). Strukturę RNA określono przez sondowanie chemiczne, analizę NMR i mutagenezę .
HHBV epsilon składa się również ze struktury łodygi, wybrzuszenia i pętli wierzchołkowej (ryc. 2). Strukturę RNA określono metodą sondowania chemicznego i mutagenezy. Jednak ma mniej par zasad w górnej łodydze niż epsilon DHBV.
Niedawna analiza NMR zarówno epsilonu HHBV, jak i DHBV wykazała, że pętla wierzchołkowa ma być ograniczona przez stabilną, dobrze ustrukturyzowaną tetraloop UGUU .
W bazie danych Rfam model pojedynczej kowariancji (ramka AHBV_epsilon po prawej) najlepiej rozróżnia prawdziwe wystąpienia elementu w sekwencyjnych bazach danych iw tle. Diagram struktury drugorzędowej to wygenerowany komputerowo widok struktury z wysoce konserwatywnymi zasadami pokazanymi na czerwono. Zawiera główne elementy pokazane na rysunkach 1 i 2. [ potrzebne źródło ]