Robert Taylor z AllMusic przyznał The Spectre Within dwie gwiazdki na pięć, mówiąc, że „ Fani metalu mogą cieszyć się tym bardziej niż Night on Bröcken , zwłaszcza „Piraci z podziemia” i „The Apparition”, ale jest bardzo mało, jeśli w ogóle, dla progresywnego fana”. Trey Spencer ze Sputnikmusic wystawił albumowi podobnie chłodną recenzję, uznając go za „tylko dla zagorzałych fanów”. Pewna krytyka została skierowana pod adresem Johna Archa wokale, które zostały opisane jako „nieco irytujące ze względu na niezmienną, wysoką tonację jego głosu”, a także przestarzałe riffy i produkcję. Dla nowych fanów Fates Warning Spencer zamiast tego polecił ich kontynuację Awaken the Guardian z 1986 roku jako lepszy punkt wyjścia.
W przeciwieństwie do tego, Jeff Wagner w swojej książce Mean Deviation (2010: 56) napisał, że The Spectre Within „wyróżnia Fates Warning od prawie wszystkich innych w metalowym podziemiu, chociaż można dostrzec podobieństwa do duńskiego zespołu Mercyful Fate , który miał wczesny wpływ na [gitarzysta Jim Matheos ]”. Wagner podkreślił również, że album był „mroczniejszy i bardziej złożony niż nawet Iron Maiden czy Queensrÿche i inteligentnie poradził sobie z obrazami fantasy, pomijając stereotypowe pułapki czarodziejów, smoków i drugorzędnych riffów z pięściami”.