Umit Catalyurek

Ümit V. Çatalyürek
Alma Mater	Uniwersytet Bilkent
Znany z	Partycjonowanie grafów i hipergrafów, obliczenia wielkiej skali, kombinatoryczne obliczenia naukowe i informatyka biomedyczna
Współmałżonek	Gamze Çatalyürek
Nagrody	IEEE Fellow NSF CAREER Lumley Interdyscyplinarna nagroda badawcza
Kariera naukowa
Pola	Informatyka, Inżynieria elektryczna i komputerowa, Informatyka biomedyczna
Instytucje	Ohio State University Georgia Institute of Technology
Praca dyplomowa	Modele hipergrafów do partycjonowania macierzy rzadkich i zmiany kolejności
Doradca doktorski	Cevdet Aykanat

Ümit V. Çatalyürek jest profesorem informatyki w Georgia Institute of Technology oraz adiunktem na wydziale Informatyki Biomedycznej na Uniwersytecie Stanowym Ohio . Znany jest ze swojej pracy nad analizą grafów, algorytmami równoległymi do zastosowań naukowych, obliczeniami intensywnie wykorzystującymi dane oraz zastosowaniami genomicznymi i biomedycznymi na dużą skalę. Był dyrektorem High Performance Computing Lab na Ohio State University. Został mianowany członkiem Instytutu Inżynierów Elektryków i Elektroników (IEEE) w 2016 r. za wkład w kombinatoryczne obliczenia naukowe i obliczenia równoległe.

Edukacja

Çatalyürek ukończył studia licencjackie z inżynierii komputerowej i informatyki na Uniwersytecie Bilkent w 1992 roku i uzyskał stopień doktora. w dziedzinie inżynierii komputerowej i nauk informacyjnych na Uniwersytecie Bilkent w 2000 r. pod kierunkiem Cevdeta Aykanata. Jego rozprawa została opublikowana przez Uniwersytet Bilkent jako Hypergraph Models for Sparse Matrix Partitioning and Reordering.

Kariera

Çatalyürek rozpoczął swoją karierę w 1992 roku jako pracownik naukowy na Wydziale Inżynierii Komputerowej i Informatyki Uniwersytetu Bilkent w Turcji. Następnie dołączył jako wizytujący naukowiec w UMIACS, instytucie badawczym w College Park na Uniwersytecie Maryland i współpracownik naukowy w Johns Hopkins Medical Institutions w 1999 r. Później Catalyurek przeniósł się do Columbus, aby dołączyć do Ohio State University w 2001 r. jako adiunkt, gdzie pozostał na tym stanowisku do 2007 r., po czym awansował na stanowisko profesora nadzwyczajnego w Katedrze Informatyki Biomedycznej. Pełnił różne funkcje na Uniwersytecie Stanowym Ohio, zanim został profesorem w Georgia Institute of Technology w 2016 r., gdzie później został zastępcą przewodniczącego ds. programów akademickich w Georgia Institute of Technology.

Çatalyürek jest redaktorem naczelnym czasopisma „Parallel Computing” firmy Elsevier. Był także członkiem rady redakcyjnej IEEE Transactions on Parallel and Distributed Computing, Journal of Parallel and Distributed Computing oraz SIAM Journal of Scientific Computing.

Nagrody i wyróżnienia

• Çatalyürek jest laureatem nagrody NSF CAREER Award w 2007 roku.
• W 2015 roku został mianowany IEEE Fellow. Otrzymał również OSU Lumley Interdyscyplinarną Nagrodę Badawczą.
• Został wybrany na przewodniczącego Komitetu Technicznego IEEE CS ds. Przetwarzania Równoległego w latach 2016-2017. W latach 2015-2017 został wybrany wiceprzewodniczącym ACM ACM Special Interest Group on Bioinformatics, Computational Biology i Biomedical Informatics.

Wybrane publikacje

Çatalyürek jest współautorem ponad 200 artykułów w recenzowanych czasopismach i na konferencjach.

•    Catalyurek, UV; Aykanat, C. (lipiec 1999). „Dekompozycja oparta na partycjonowaniu hipergrafów dla równoległego mnożenia wektorów z rzadką macierzą”. Transakcje IEEE w systemach równoległych i rozproszonych . 10 (7): 673–693. CiteSeerX 10.1.1.67.2498 . doi : 10.1109/71.780863 . hdl : 11693/25158 . ISSN 1045-9219 .
•    Yoo, A.; Chow, E.; Henderson, K.; McLendon, W.; Hendrickson, B.; Catalyurek, U. (listopad 2005). Skalowalny, rozproszony, równoległy algorytm przeszukiwania w pierwszej kolejności na BlueGene/L . Supercomputing, 2005. Materiały z konferencji ACM/IEEE SC 2005 . P. 25. doi : 10.1109/SC.2005.4 . ISBN 978-1-59593-061-3 . S2CID 602651 .
• Beynon, Michael D; Kurc, Tahsin; Catalyurek, Umit; Chang, Chialin; Sussman, Alan; Saltz, Joel (2001-10-01). „Rozproszone przetwarzanie bardzo dużych zbiorów danych za pomocą DataCutter”. Obliczenia równoległe . Klastry i siatki obliczeniowe do obliczeń naukowych. 27 (11): 1457–1478. doi : 10.1016/S0167-8191(01)00099-0 .
•     Devine, KD ; Boman, EG; Heaphy, RT; Bisseling, RH; Catalyurek, UV (kwiecień 2006). Równoległe partycjonowanie hipergrafów do obliczeń naukowych . Obrady 20th IEEE International Parallel Distributed Processing Symposium . s. 10 s.–. CiteSeerX 10.1.1.61.429 . doi : 10.1109/IPDPS.2006.1639359 . ISBN 978-1-4244-0054-6 . S2CID 2444665 .
•    Sertel, O.; Kong, J.; Shimada, H.; Catalyurek, UV; Saltz, JH; Gurcan, Minnesota (2009-06-01). „Wspomagane komputerowo rokowanie nerwiaka niedojrzałego na obrazach całych slajdów: Klasyfikacja rozwoju zrębu” . Rozpoznawanie wzorców . Cyfrowe przetwarzanie obrazu i techniki rozpoznawania wzorców do wykrywania raka. 42 (6): 1093–1103. Bibcode : 2009PatRe..42.1093S . doi : 10.1016/j.patcog.2008.08.027 . PMC 2678741 . Identyfikator PMID 20161324 .
•     Aykanat, C.; Pinar, A.; Çatalyürek, Ü. (2004-01-01). „Permutowanie rzadkich macierzy prostokątnych w formę blokowo-przekątną”. SIAM Journal o obliczeniach naukowych . 25 (6): 1860–1879. Bibcode : 2004SJSC...25.1860A . CiteSeerX 10.1.1.10.9163 . doi : 10.1137/S1064827502401953 . ISSN 1064-8275 . S2CID 14535142 .
•    Sertel, Olcay; Kong, czerwiec; Catalyurek, Umit V.; Łozański, Gerard; Saltz, Joel H.; Gurcan, Metin N. (2009-04-01). „Analiza obrazu histopatologicznego z wykorzystaniem reprezentacji pośrednich opartych na modelu i tekstury koloru: klasyfikacja chłoniaka grudkowego”. Dziennik systemów przetwarzania sygnałów . 55 (1–3): 169. doi : 10.1007/s11265-008-0201-y . ISSN 1939-8018 . S2CID 207252800 .
•     Hatem, Ayat; Bozdağ, Doruk; Toland, Amanda E.; Çatalyürek, Ümit V. (2013-06-07). „Benchmarking narzędzi do mapowania krótkich sekwencji” . BMC Bioinformatyka . 14 : 184. doi : 10.1186/1471-2105-14-184 . ISSN 1471-2105 . PMC 3694458 . PMID 23758764 .
•     Eren, K.; Deveci, M.; Kucuktunc, O.; Catalyurek, UV (2013-05-01). „Analiza porównawcza algorytmów biclusteringu dla danych dotyczących ekspresji genów” . Odprawy z bioinformatyki . 14 (3): 279–292. doi : 10.1093/bib/bbs032 . ISSN 1467-5463 . PMC 3659300 . PMID 22772837 .