Wirus Playa de Oro

Playa de Oro
Klasyfikacja wirusów
Grupa:	Grupa V ( (-)ssRNA )
Zamówienie:	Bunyavirales
Rodzina:	Hantawirusy
Rodzaj:	Ortohantawirus
Gatunek:	Wirus Playa de Oro

Wirus Playa de Oro ( OROV ) to prawdopodobny gatunek ortohantawirusa występujący u gryzoni Oryzomys couesi i Sigmodon mascotensis w meksykańskim stanie Colima . Uważa się, że ten pierwszy jest głównym żywicielem . Określono sekwencje części genomu wirusa opartego na RNA ; różnią się o 7–10% składem aminokwasów i 22–24% składem nukleotydów od blisko spokrewnionych wirusów.

Wirus Playa de Oro został zidentyfikowany jako nowy gatunek w 2008 roku i jest najbliżej spokrewniony z wirusem Bayou , wirusem Catacamas , wirusem Muleshoe i wirusem Black Creek Canal , występującymi u innych gatunków Oryzomys i Sigmodon . Wirus katakamy występuje w innej populacji Oryzomys couesi , a obecność różnych wirusów u tych dwóch gatunków została wykorzystana jako argument przemawiający za zaklasyfikowaniem obu populacji żywiciela jako odrębnych gatunków.

Historia i występowanie

Wirus Playa de Oro został po raz pierwszy zidentyfikowany u gryzoni zebranych w 2004 roku w ramach badania dzikich ssaków w Playa de Oro w Manzanillo w stanie Colima w zachodnim Meksyku. Odkrycie zostało opublikowane w 2008 roku przez Yong-Kyu Chu i współpracowników. Spośród 600 małych ssaków przeciwciała przeciwko wirusowi hantawirusa Sin Nombre wykryto u 23 osobników (z 358 badanych) Oryzomys couesi , najczęściej spotykanego gatunku szczura ryżowego , u sześciu (z 87) szczura bawełnianego Sigmodon mascotensis i jeden (z 77) z mysz karłowata Baiomys musculus . Ponadto dwanaście O. couesi i jeden S. mascotensis dały RNA hantawirusa . Wirusy częściej stwierdzano u mężczyzn niż u kobiet. Ponieważ aminokwas Sekwencje w sekwencjonowanych częściach genomu wirusa różniły się aż o 7–10% od blisko spokrewnionych hantawirusów. Chu i współpracownicy zidentyfikowali wirusa znalezionego w Playa de Oro jako nowy gatunek, zwany wirusem Playa de Oro lub OROV. Chociaż autorzy nie byli w stanie udowodnić, że wirus spełnia wszystkie kryteria identyfikacji nowego gatunku wirusa, argumentowali, że jest prawdopodobne, że spełnił te kryteria. Obecnie jest traktowany jako prawdopodobny gatunek z rodzaju Hantavirus .

Wirusologia

Hantawirusy mają genom składający się z trzech segmentów jednoniciowego RNA o ujemnej sensie (patrz wirus RNA: Replikacja ), zwanych segmentami dużym (L), średnim (M) i małym (S). Zsekwencjonowano cały segment S oraz fragment segmentu M.

Segment S składa się z 1953 zasad, z których 1287 (zaczynając od pozycji 43) koduje białko nukleokapsydu . Ponadto w środku tej sekwencji (zaczynając od pozycji 122) pojawia się druga otwarta ramka odczytu o długości 192 zasad, podobnie jak w przypadku kilku innych hantawirusów. Spośród trzech okazów O. couesi sekwencja w tym segmencie różniła się jedynie o 1%, a wszystkie zmiany były cichymi mutacjami . Aminokwasy segmentu S różnią się od 7 do 10% od aminokwasów pokrewnych hantawirusów wirusa Bayou (BAYV; ze szczura ryżowego bagiennego , Oryzomys palustris ), wirus Catacamas (CATV; z populacji Oryzomys couesi w Hondurasie ) i wirus kanału Black Creek (BCCV; z hispidowatego szczura bawełnianego , Sigmodon hispidus ). Sekwencja nukleotydów różni się o 24% od tych wirusów.

Wśród fragmentów sekwencji segmentu M o długości 1537 zasad zaobserwowano kilka zmiennych miejsc, w tym kilka niecichych mutacji. Sekwencja różni się od BAYV, CATV i BCCV o 8 do 10% pod względem aminokwasów i o 22% pod względem nukleotydów.

Epidemiologia i skutki

Ponieważ OROV często występuje u Oryzomys couesi , Chu i współpracownicy zasugerowali, że jest to główny żywiciel wirusa i że infekcje Sigmodon mascotensis są wynikiem przenoszenia się wirusa między tymi dwoma gatunkami gryzoni, które występują blisko siebie. Hantawirusowy zespół płucny , choroba wywoływana przez hantawirusy, takie jak wirus Sin Nombre, nigdy nie był zgłaszany w Meksyku, ale w próbkach krwi ludzkiej w Jukatanie wykryto przeciwciała przeciwko hantawirusom wiadomo też, że rezerwuarem gatunków hantawirusów są różne dzikie gryzonie. Zatem istnieje potencjalne ryzyko zakażenia OROV u ludzi. Przed odkryciem OROV w Meksyku zidentyfikowano jeden gatunek hantawirusa — wirus El Moro Canyon wytwarzany przez małego gryzonia Reithrodontomys megalotis .

Relacje

Według analiz filogenetycznych opartych na sekwencjach segmentów S i M, OROV jest najbliżej spokrewniony z kladem utworzonym przez wirusy BAYV, CATV, BCCV i Muleshoe (MUL; od szczura bawełnianego). W 2009 roku Piet Maes i współpracownicy zaproponowali połączenie blisko spokrewnionych gatunków BAYV, BCCV i MUL w jeden gatunek. Chu i współpracownicy byli zaskoczeni, gdy odkryli, że ten sam gatunek, Oryzomys couesi , był siedliskiem różnych wirusów (OROV i CATV), chociaż zauważyli, że podgatunek zakażone tymi dwoma wirusami były różne. W 2010 roku Delton Hanson i współpracownicy zasugerowali na podstawie różnych dowodów, w tym obecności różnych hantawirusów, że populacje Oryzomys couesi w zachodnim Meksyku reprezentują inny gatunek, Oryzomys mexicanus .

Cytowana literatura

•   Chu, Y.-K.; Owen, Dakota; Sánchez-Hernández, C.; Romero-Almaraz, MDL; Jonsson, CB (2008). „Charakterystyka genetyczna i filogeneza hantawirusa z zachodniego Meksyku”. Badania wirusów . 131 (2): 180–188. doi : 10.1016/j.virusres.2007.09.007 . PMID 17963942 .
• Hanson, JD; Indorf, JL; Świer, VJ; Bradley, Dakota Północna (2010). „Rozbieżność molekularna w kompleksie Oryzomys palustris : dowody na wiele gatunków” . Dziennik Mammologii . 91 (2): 336–347. doi : 10.1644/08-MAMM-A-342.1 .
•   Maes, P.; Klempa, B.; Klemens, J.; Matthijnssens, J.; Gajdusek, DC; Krüger, DH; Van Ranst, M. (2009). „Propozycja nowych kryteriów klasyfikacji hantawirusów na podstawie sekwencji białek segmentu S i M”. Infekcja, genetyka i ewolucja . 9 (5): 813–820. doi : 10.1016/j.meegid.2009.04.012 . PMID 19393771 .
•   Mahy, BWJ (2009). Słownik wirusologii (wyd. 4). Prasa akademicka. P. 510. ISBN 978-0-12-373732-8 .