Wzór genu
Deweloperzy | Broad Institute na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Diego |
---|---|
Wersja stabilna | 3.9.11 rc4 b216 / maj 2019 |
System operacyjny | |
Typ | analiza genomowa |
Licencja | BSD |
Strona internetowa |
GenePattern to ogólnodostępny pakiet oprogramowania open source do biologii obliczeniowej, pierwotnie stworzony i opracowany w Broad Institute w celu analizy danych genomicznych . Zaprojektowany, aby umożliwić naukowcom opracowywanie, przechwytywanie i odtwarzanie metodologii analizy genomu, GenePattern został po raz pierwszy wydany w 2004 roku. GenePattern jest obecnie rozwijany na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Diego .
Funkcjonalność
GenePattern to potężny naukowy system przepływu pracy , który zapewnia dostęp do setek narzędzi do analizy genomicznej. Użyj tych narzędzi analitycznych jako elementów konstrukcyjnych do projektowania zaawansowanych potoków analitycznych, które przechwytują metody, parametry i dane wykorzystywane do generowania wyników analizy. Rurociągów można używać do tworzenia, edytowania i udostępniania powtarzalnych wyników in silico.
Cele projektu
- Dostępność: Uruchamiaj ponad 200 regularnie aktualizowanych narzędzi do analizy i wizualizacji (obsługujących wstępne przetwarzanie danych , analizę ekspresji genów , proteomikę , analizę polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP), cytometrię przepływową i sekwencjonowanie nowej generacji ) oraz twórz analityczne przepływy pracy bez programowania przez punkt i kliknij interfejs użytkownika.
- Odtwarzalność: zautomatyzowane śledzenie historii i pochodzenia z wersjonowaniem, dzięki czemu każdy użytkownik może udostępniać, powtarzać i rozumieć pełną analizę obliczeniową
- Rozszerzalność: użytkownicy obliczeniowi mogą importować swoje metody i kod w celu udostępniania za pomocą narzędzi, które ułatwiają tworzenie i integrację
- Wiele interfejsów: Przeglądarka internetowa, aplikacje i interfejsy programistyczne udostępniają moduły analityczne i potoki szerokiemu gronu użytkowników; publiczny serwer hostowany
Cechy
- Regularnie aktualizowane repozytorium setek modułów analizy obliczeniowej, które obsługują wstępne przetwarzanie danych, analizę ekspresji genów , proteomikę , analizę polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP), cytometrię przepływową i sekwencjonowanie krótkiego odczytu.
- Interfejs programistyczny udostępniający biologom obliczeniowym i programistom moduły analityczne z języków Python, Java, MATLAB i R.
- Środowisko GenePattern Notebook : oparte na środowisku Jupyter Notebook , GenePattern Notebook umożliwia naukowcom przeprowadzanie analiz GenePattern w notatnikach, które przeplatają tekst, grafikę i kod wykonywalny, tworząc pojedynczą „narrację badawczą”.
- GParc: Repozytorium i społeczność dla użytkowników GenePattern do udostępniania i omawiania własnych modułów GenePattern
Dostępność
GenePattern jest dostępny:
- Jako bezpłatna publiczna aplikacja internetowa hostowana w Amazon Web Services. Użytkownicy mogą tworzyć konta, przeprowadzać analizy i tworzyć potoki na serwerze.
- Jako oprogramowanie typu open source , które można pobrać i zainstalować lokalnie.
- Publiczne serwery internetowe hostowane przez inne organizacje.
Notatki
- Środowisko notebooka GenePattern] Reich M, Tabor T, Liefeld T, Thorvaldsdóttir H, Hill B, Tamayo P, Mesirov JP. System komórkowy . 23 sierpnia 2017;5(2):149-151.e1. doi : 10.1016/j.cels.2017.07.003 . Epub 2017 16 sierpnia. PMID 28822753 ; PMC 5572818 .
- Integracyjna analiza genomiczna poprzez współdziałanie narzędzi bioinformatycznych w GenomeSpace Qu K, Garamszegi S, Wu F, Thorvaldsdottir H, Liefeld T, Ocana M, Borges-Rivera D, Pochet N, Robinson JT, Demchak B, Hull T, Ben-Artzi G, Blankenberg D, Barber GP, Lee BT, Kuhn RM, Nekrutenko A, Segal E, Ideker T, Reich M, Regev A, Chang HY , Mesirov JP. Metody Nata . 2016 marzec;13(3):245-247. doi : 10.1038/nmeth.3732 . Epub 2016 18 stycznia. PMID 26780094 ; PMC 4767623 .
- Korzystanie z GenePattern do analizy ekspresji genów] Kuehn, H., Liberzon, A., Reich, M. i Mesirov, JP Aktualne protokoły w bioinformatyce . 2008. 22:7.12:7.12.1–7.12.39. doi : 10.1002/0471250953.bi0712s22
- GenePattern 2.0 Michael Reich, Ted Liefeld, Joshua Gould, Jim Lerner, Pablo Tamayo i Jill P. Mesirov . Natura Genetyka - 38 , 500 - 501 (2006) doi : 10.1038/ng0506-500
Linki zewnętrzne
- Oficjalna strona GenePattern
- Oficjalna strona internetowa GenePattern Notebook
- GParc
- https://github.com/genepattern/genepattern-server
Powiązane oprogramowanie: