Wzór genu

Wzór genu
Deweloperzy Broad Institute na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Diego
Wersja stabilna
3.9.11 rc4 b216 / maj 2019
System operacyjny
Typ analiza genomowa
Licencja BSD
Strona internetowa www .genepattern .org

GenePattern to ogólnodostępny pakiet oprogramowania open source do biologii obliczeniowej, pierwotnie stworzony i opracowany w Broad Institute w celu analizy danych genomicznych . Zaprojektowany, aby umożliwić naukowcom opracowywanie, przechwytywanie i odtwarzanie metodologii analizy genomu, GenePattern został po raz pierwszy wydany w 2004 roku. GenePattern jest obecnie rozwijany na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Diego .

Funkcjonalność

GenePattern to potężny naukowy system przepływu pracy , który zapewnia dostęp do setek narzędzi do analizy genomicznej. Użyj tych narzędzi analitycznych jako elementów konstrukcyjnych do projektowania zaawansowanych potoków analitycznych, które przechwytują metody, parametry i dane wykorzystywane do generowania wyników analizy. Rurociągów można używać do tworzenia, edytowania i udostępniania powtarzalnych wyników in silico.

Cele projektu

  1. Dostępność: Uruchamiaj ponad 200 regularnie aktualizowanych narzędzi do analizy i wizualizacji (obsługujących wstępne przetwarzanie danych , analizę ekspresji genów , proteomikę , analizę polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP), cytometrię przepływową i sekwencjonowanie nowej generacji ) oraz twórz analityczne przepływy pracy bez programowania przez punkt i kliknij interfejs użytkownika.
  2. Odtwarzalność: zautomatyzowane śledzenie historii i pochodzenia z wersjonowaniem, dzięki czemu każdy użytkownik może udostępniać, powtarzać i rozumieć pełną analizę obliczeniową
  3. Rozszerzalność: użytkownicy obliczeniowi mogą importować swoje metody i kod w celu udostępniania za pomocą narzędzi, które ułatwiają tworzenie i integrację
  4. Wiele interfejsów: Przeglądarka internetowa, aplikacje i interfejsy programistyczne udostępniają moduły analityczne i potoki szerokiemu gronu użytkowników; publiczny serwer hostowany

Cechy

  • Regularnie aktualizowane repozytorium setek modułów analizy obliczeniowej, które obsługują wstępne przetwarzanie danych, analizę ekspresji genów , proteomikę , analizę polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP), cytometrię przepływową i sekwencjonowanie krótkiego odczytu.
  • Interfejs programistyczny udostępniający biologom obliczeniowym i programistom moduły analityczne z języków Python, Java, MATLAB i R.
  • Środowisko GenePattern Notebook : oparte na środowisku Jupyter Notebook , GenePattern Notebook umożliwia naukowcom przeprowadzanie analiz GenePattern w notatnikach, które przeplatają tekst, grafikę i kod wykonywalny, tworząc pojedynczą „narrację badawczą”.
  • GParc: Repozytorium i społeczność dla użytkowników GenePattern do udostępniania i omawiania własnych modułów GenePattern

Dostępność

GenePattern jest dostępny:

  1. Jako bezpłatna publiczna aplikacja internetowa hostowana w Amazon Web Services. Użytkownicy mogą tworzyć konta, przeprowadzać analizy i tworzyć potoki na serwerze.
  2. Jako oprogramowanie typu open source , które można pobrać i zainstalować lokalnie.
  3. Publiczne serwery internetowe hostowane przez inne organizacje.

Notatki

  •    Środowisko notebooka GenePattern] Reich M, Tabor T, Liefeld T, Thorvaldsdóttir H, Hill B, Tamayo P, Mesirov JP. System komórkowy . 23 sierpnia 2017;5(2):149-151.e1. doi : 10.1016/j.cels.2017.07.003 . Epub 2017 16 sierpnia. PMID 28822753 ; PMC 5572818 .
  •    Integracyjna analiza genomiczna poprzez współdziałanie narzędzi bioinformatycznych w GenomeSpace Qu K, Garamszegi S, Wu F, Thorvaldsdottir H, Liefeld T, Ocana M, Borges-Rivera D, Pochet N, Robinson JT, Demchak B, Hull T, Ben-Artzi G, Blankenberg D, Barber GP, Lee BT, Kuhn RM, Nekrutenko A, Segal E, Ideker T, Reich M, Regev A, Chang HY , Mesirov JP. Metody Nata . 2016 marzec;13(3):245-247. doi : 10.1038/nmeth.3732 . Epub 2016 18 stycznia. PMID 26780094 ; PMC 4767623 .
  • Korzystanie z GenePattern do analizy ekspresji genów] Kuehn, H., Liberzon, A., Reich, M. i Mesirov, JP Aktualne protokoły w bioinformatyce . 2008. 22:7.12:7.12.1–7.12.39. doi : 10.1002/0471250953.bi0712s22
  • GenePattern 2.0 Michael Reich, Ted Liefeld, Joshua Gould, Jim Lerner, Pablo Tamayo i Jill P. Mesirov . Natura Genetyka - 38 , 500 - 501 (2006) doi : 10.1038/ng0506-500

Linki zewnętrzne

Powiązane oprogramowanie: