ZC3H12B
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ZC3H12B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , CXorf32, MCPIP2, palec cynkowy typu CCCH zawierające 12B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| identyfikatorów zewnętrznych | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZC3H12B , znany również jako CXorf32 lub MCPIP2 , jest białkiem kodowanym przez gen ZC3H12B znajdujący się na chromosomie Xq12 u ludzi.
Gen
Gen ZC3H12B składa się z 19 709 par zasad (pz) i zawiera 5 egzonów . Znajduje się na chromosomie X w pozycji q12 na nici dodatniej.
Miejsce ZC3H12B.
ZC3H12B zawiera domenę rybonukleazy , jak również domenę palca cynkowego typu CCCH. Rybonukleazy (RNazy) rozkładają RNA i biorą udział w procesie dojrzewania RNA. Stanowią również linię obrony przed wirusowym RNA (D'Alessio i Riordan 1997). Palce cynkowe typu CCCH są związane z destabilizacją mRNA. Wykazano, że palce cynkowe typu CCCH obracają mRNA bez usuwania ogona PolyA (Lai i Blackshear 2001). ZC3H12B i jego paralogi ZC3H12A, ZC3H12C i ZC3H12D zawierają domeny palca cynkowego typu CCCH, które zostały powiązane z cyklem komórkowym i przemiany faz wzrostu u eukariontów (InterPro).
Promotor
W programie Genomatix ElDorado przewidziano promotor o długości 601 pz powyżej genu ZC3H12B z wieloma miejscami wiązania czynników transkrypcyjnych, w tym czynnikiem jądrowym aktywowanych komórek T i białkiem palca cynkowego MOK-2 związanym z rybonukleoproteiną (znanym również jako ZNF239 ) .
Przewidywania miejsca wiązania czynnika transkrypcyjnego w promotorze ZC3H12B.
mRNA
ZC3H12B zawiera mRNA o długości 7273 bp. Jest tylko jeden przewidywany transkrypt przez Aceview. Nie przewidziano żadnych wzorów składania (Mfold). Istnieją introny wycięte z ZC3H12B.
Pojedynczo przewidywany wariant mRNA Aceview w ZC3H12B.
Białko
ZC3H12B jest prawdopodobną rybonukleazą zawierającą domenę palca cynkowego typu CCCH i domeny rybonukleazy. Białko składające się z 836 aminokwasów ma przewidywaną masę cząsteczkową 94,2 kdal. Nie zawiera peptydu sygnałowego ani regionu transbłonowego. PSORTII przewidział 65,2% prawdopodobieństwo lokalizacji jądrowej. Palce cynkowe i rybonukleazy typu CCCH są przypuszczalnie zlokalizowane w jądrze do rozszczepiania RNA, a konkretnie do rozszczepiania spinki do włosów RNA (Boysen i Hearn 2008).
Charakterystyka strukturalna
Struktura drugorzędowa białka jest mieszaniną helis alfa i nici beta. Dwie dotychczas zidentyfikowane domeny to domeny typu rybonukleazy i palca cynkowego typu CCCH.
Poniżej pokazano konserwatywną domenę paralogu ZC3H12B, Mcpip1 (lub ZC3H12A). W porównaniu struktury BLAST wystąpiło 82% dopasowania tożsamości z 24% pokryciem zapytania, z przewidywaną e-wartością 2e-118. 82% dopasowania tożsamości wystarczy, aby porównać domeny konserwowane palcem cynkowym ZC3H12B i Mcpip1 (ZC3H12A), które, jak przewiduje się, składają się z nici beta i helis alfa.
Renderowanie Cn3D konserwowanej domeny Mcpip1 z motywem palca cynkowego.
Modyfikacja potranslacyjna
Program Phobius przewidział lokalizację białka niecytoplazmatycznego. NetPhos 2.0. przewidział 63 miejsca fosforylacji w ZC3H12B, które zaznaczono na translacji pojęciowej. YinOYang1.2. przewidział trzy miejsca przyłączania 0-Beta-GlcNAc, które konkurują z miejscami fosforylacji. 0-Beta-GlcNAc jest przypuszczalnie jedynym rodzajem glikozylacji występującym w jądrze i/lub cytoplazmie komórek. Istnieje znaczący związek między aktywacją antygenu przez limfocyty a dynamiczną 0-B-glikozylacją w białkach jądrowych (Hart i Akimoto). NetNGlyc przewidywane miejsca glikozylacji; jednak miejsca te zostały wykluczone, ponieważ białko jest prawdopodobnie jądrowe i nie podlegałoby tej formie glikozylacji. Nie było przewidywanych miejsc acetylacji na N-końcu białka. Jest to niezwykłe, ponieważ około 85% ludzkich białek jest acetylowanych na N-końcu w celu syntezy, stabilizacji i lokalizacji białek (Van Damm i in.). Brak dodatnich, ujemnych lub mieszanych skupisk ładunków. Nie wykryto segmentów hydrofobowych (SAPS SDSC Biology Workbench). MitoProtII nie wykrył żadnych sygnałów eksportu mitochondriów. Te testy potranslacyjne sugerują, że białko znajduje się w jądrze i podlega dynamicznej fosforylacji oraz modyfikacjom 0-Beta-GlcNAc.
Ewolucja
Wybrane domeny ZC3H12B są konserwowane u większości kręgowców, stawonogów i pierścienic. W domenach bakterii lub archeonów nie ma konserwatywnych domen. Nie było znacząco konserwowanych domen w drożdżach, roślinach lub protistach.
Paralogi
Istnieją trzy paralogi ZC3H12B, które należą do tej samej rodziny palców cynkowych typu CCCH, z których wszystkie zachowują ponad 50% identyczności z ZC3H12B na podstawie analizy BLAST (NCBI).
| Nazwa | Gatunek | Numer dostępu NCBI | Długość | Tożsamość białka |
|---|---|---|---|---|
| ZC3H12B | Homo sapiens | NM_001010888.3 | 836aa | 100% |
| ZC3H12A | Homo sapiens | NM_025079.2 | 599aa | 68% |
| ZC3H12C | Homo sapiens | NM_033390.1 | 883aa | 53% |
| ZC3H12D | Homo sapiens | NM_207360.2 | 527aa | 61% |
ortologi
ZC3H12B jest konserwowany u ssaków, ptaków, owadów i nicieni (BLAST). Zobacz poniższą tabelę, aby zapoznać się z podsumowaniem ortologów ZC3H12B u ludzi.
| Gatunek | Nazwa zwyczajowa gatunku | Rozbieżność (MYA) | Numer dostępu NCBI (białko) | Długość (aminokwasy) | Tożsamość białka | Podobieństwo | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Człowiek | nie dotyczy | NP_001010888.3 | 836aa | 100% | 100% | |
| Pan paniskus | Szympans | 6.3 | XP_003816967.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| Pongo abelii | Orangutan | 15.7 | XP_002831786.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| Macaca Mulat | małpa rezus | 29 | XP_002806307.1 | 836aa | 99% | 99% | |
| Callithrix jacchus | Pazurczatka | 42,6 | XP_002762992.2 | 836aa | 98% | 98% | |
| Mus musculus | Mysz | 92,3 | NP_001030079.2 | 835aa | 91% | 94% | |
| Sus scrofa | Świnia | 94,2 | XP_003360389.1 | 836aa | 93% | 96% | |
| Gallus gallus | Kurczak | 296 | XP_003641177.1 | 837aa | 77% | 85% | |
| Chrysemys picta bellii | Malowany żółw | 296 | XP_005279572.1 | 838aa | 78% | 86% | |
| Oryzias latipes | Medaka | 400.1 | XP_004076599.1 | 845aa | 67% | 77% | |
| Gadus morhua | Dorsz atlantycki | 400.1 | AFK76491.1 | 842aa | 29% | 44% | |
| Danio Rerio | Danio pręgowany | 400.1 | XP_001342172.3 | 982aa | 68% | 77% | |
| Petromyzon marinus | Minóg morski | 535,7 | ABO21295.1 | 222aa | 44% | 58% | |
| Branchiostoma floridae | Lancet | 713.2 | XP_002598834.1 | 492aa | 66% | 79% | |
| Ciona jelitowa | Tunika wazonowa | 722,5 | XP_002125834.1 | 863aa | 54% | 66% | |
| Strongylocentrotus purpuratus | Purpurowy jeżowiec | 742,9 | XP_787030.3 | 974aa | 58% | 72% | |
| Aplysiomorpha californica | Zając morski | 782,7 | XP_005113312.1 | 1269aa | 51% | 69% | |
| Drosophila grimshawi | Hawajska muszka owocowa | 782,7 | XP_001994140.1 | 548aa | 51% | 69% | |
| Anopheles gambiae | Komar | 782,7 | XP_321880 | 637aa | 59% | 75% | |
| Apis mellifera | Pszczoła miodna | 782,7 | XP_397264 | 652aa | 58% | 73% | |
| Caenorhabditis elegans | Okrągły robak (nicień) | 937,5 | NP_491985.4 | 634aa | 46% | 64% |
Wyrażenie i funkcja
Mikromacierze do profilowania ekspresji w normalnej tkance wykazały zwiększoną ekspresję genu w trzustce, prostacie, mózgu, rdzeniu kręgowym i grasicy (GEO). W przeciwieństwie do swoich paralogów , nie ulega ekspresji w tkankach aktywowanych przez makrofagi, co wskazuje na paralogiczny związek z odpowiedzią zapalną (Liang i wsp. 2008). ZC3H12B ulega przejściowej ekspresji w tkankach mózgu, grasicy i jąder (EST).
Interakcja
Przewidywane interakcje przez Ingenuity Systems nie wykazały żadnych cząsteczek ukierunkowanych na lek w ścieżce ani żadnych znanych celów leku. Wymienione najważniejsze funkcje i choroby to rak, uszkodzenia i nieprawidłowości organizmu, choroby układu rozrodczego. Kilka miRNA przewidywano interakcje. Przewidywane cele miRNA nie zostały jeszcze dopasowane do sekwencji ZC3H12B i nie jest jasne, czy istnieje między nimi interakcja. Testy takie jak Forster Resonance Energy Transfer (FRET), koimmunoprecypitacja, badanie przesiewowe dwóch hybryd, komplementarność hydropatyczna, mikromacierz klastrowa i ChiP mogą być w przyszłości wykorzystane do testowania nowych interakcji białko/chromatyna z ZC3H12B.
Znaczenie kliniczne
Delecje locus Xq12 spowodowały szereg zaburzeń, takich jak niewrażliwość na androgeny , podatność na raka prostaty , rdzeniowy i opuszkowy zanik mięśni Kennedy'ego oraz upośledzenie umysłowe ; jednakże nie znaleziono związku między tymi chorobami a ZC3H12B (NCBI).
Dalsza lektura
- Liang J, Wang J, Azfer A, Song W, Tromp G, Kolattukudy PE, Fu M (marzec 2008). „Nowa rodzina białek palca CCCH-cynk reguluje prozapalną aktywację makrofagów” . Journal of Biological Chemistry . 283 (10): 6337–46. doi : 10.1074/jbc.m707861200 . PMID 18178554 .
- Van Damme P, Hole K, Pimenta-Marques A, Helsens K, Vandekerckhove J, Martinho RG, Gevaert K, Arnesen T (lipiec 2011). „NatF przyczynia się do ewolucyjnego przesunięcia w N-końcowej acetylacji białka i jest ważny dla normalnej segregacji chromosomów” . PLOS Genetyka . 7 (7): e1002169. doi : 10.1371/journal.pgen.1002169 . PMC 3131286 . PMID 21750686 .