transpozon hAT

Transpozony hAT to nadrodzina transpozonów DNA lub transpozonowych elementów klasy II , które są powszechne w genomach roślin, zwierząt i grzybów.

Nazewnictwo i klasyfikacja

Nadrodziny są identyfikowane na podstawie wspólnej sekwencji DNA i zdolności do reagowania na tę samą transpozazę . Wspólne cechy transpozonów hAT obejmują rozmiar 2,5-5 kilozasad z krótkimi końcowymi odwróconymi powtórzeniami i krótkimi flankującymi duplikacjami miejsca docelowego generowanymi podczas procesu transpozycji.

Nazwa nadrodziny hAT wywodzi się od trzech jej członków: elementu hobo z Drosophila melanogaster , elementu Activator lub elementu Ac z Zea mays oraz elementu Tam3 ​​z Antirrhinum majus . Nadrodzina została podzielona na podstawie bioinformatycznej na co najmniej dwa skupiska określone przez ich powiązania filogenetyczne : rodzinę Ac i rodzinę Buster . Niedawno zadzwoniła trzecia grupa Wskazówka została opisana.

Członkowie rodziny

Nadrodzina transpozonów hAT obejmuje pierwszy odkryty transpozon, Ac z Zea mays ( kukurydza ), po raz pierwszy opisany przez Barbarę McClintock . Za to odkrycie McClintock otrzymał Nagrodę Nobla w dziedzinie fizjologii lub medycyny w 1983 roku. Rodzina ta obejmuje również podgrupę znaną jako najeźdźcy kosmiczni lub elementy SPIN , które mają bardzo dużą liczbę kopii w niektórych genomach i należą do najbardziej wydajnych znanych transpozonów. Chociaż nie jest znany żaden zachowany aktywny przykład, został wygenerowany laboratoryjnie sekwencje konsensusowe aktywnych elementów SPIN są w stanie generować dużą liczbę kopii po wprowadzeniu do komórek z szerokiego zakresu gatunków.

Dystrybucja

Transpozony hAT są szeroko rozpowszechnione w genomach eukariotycznych , ale nie są aktywne we wszystkich organizmach. Nieaktywne sekwencje transpozonu hAT są obecne w genomach ssaków , w tym w genomie człowieka ; należą do rodzin transpozonów, o których uważa się, że były obecne w genomie przodków kręgowców . Wśród ssaków genom nietoperza brunatnego Myotis lucifugus wyróżnia się stosunkowo wysoką i niedawno nabytą liczbą nieaktywnych transpozonów hAT.

Rozmieszczenie elementów SPIN jest niejednolite i nie odnosi się dobrze do znanych relacji filogenetycznych, co sugeruje, że elementy te mogły rozprzestrzenić się poprzez poziomy transfer genów .

Udomowienie

Mówi się, że transpozony są egzaptowane lub „udomowione”, gdy nabyły funkcjonalne role w genomie gospodarza. Kilka sekwencji ewolucyjnie spokrewnionych z rodziną hAT zostało wyegzaptowanych w różnych organizmach, w tym Homo sapiens . Przykładem jest ZBED , które kodują grupę białek regulatorowych zawierających palec cynkowy .