Ścieżka sieciowa
 | |
| Treść | |
|---|---|
| Opis | wyselekcjonowane szlaki transdukcji sygnału. |
| Kontakt | |
| Laboratorium | Instytut Bioinformatyki, Bangalore |
| Cytowanie podstawowe | Kandasamy i in. (2010) |
| Data wydania | 2010 |
| Dostęp | |
| Strona internetowa | http://www.netpath.org |
NetPath to ręcznie wyselekcjonowane źródło ludzkich ścieżek transdukcji sygnału . Jest to wspólny wysiłek Pandey Lab na Johns Hopkins University i Institute of Bioinformatics (IOB) w Bangalore w Indiach , nad którym pracują również inne strony.
NetPath obsługuje 45 szlaków sygnałowych, w tym 10 szlaków odgrywających główną rolę w regulacji układu odpornościowego i 10 szlaków mających znaczenie dla regulacji raka .
Przegląd
45 szlaków zawiera informacje dotyczące interakcji białko-białko , reakcji enzym-substrat białkowy, które powodują modyfikacje posttranslacyjne (PTM), a także katalog genów, które są różnie regulowane po aktywacji specyficznych szlaków receptorowych , w których pośredniczą ligandy . Cząsteczki, które lokalizują się w różnych organellach komórkowych ze względu na ich PTM lub specyficzne interakcje białko-białko, które występują poniżej szlaku, w którym pośredniczy ligand-receptor, są dostępne w zdarzeniach translokacji. Niedawno w ramach projektu NetPath wyselekcjonowano również molekuły zaangażowane w regulację transkrypcji genów w kontekście immunologicznych szlaków sygnałowych. Reakcje w NetPath są wybierane przez naukowców z tytułem doktora na podstawie dowodów eksperymentalnych dostępnych w opublikowanych artykułach naukowych. NetPath zawiera również opis tekstowy swoich reakcji z informacjami o PTM, zależności PTM od różnych reakcji sygnalizacyjnych, lokalizacji subkomórkowej, domen interakcji białek lub motywy i typ komórki lub linię komórkową , w której udowodniono reakcje. Informacje w NetPath są powiązane z odpowiadającymi im artykułami badawczymi i są często aktualizowane. Każda ścieżka podlega różnym poziomom wewnętrznych kontroli jakości i wzajemnej weryfikacji przez ekspertów i władze ścieżki.
Rozwój
NetPath został opracowany przy użyciu PathBuilder, aplikacji open source do opisywania i rozwijania zasobów ścieżek. PathBuilder umożliwia adnotację zdarzeń molekularnych, w tym interakcji białko-białko, relacji enzym-substrat oraz zdarzeń translokacji białek metodami ręcznymi lub automatycznymi. Funkcje PathBuilder obejmują automatyczną weryfikację formatów danych, wbudowane moduły do wizualizacji ścieżek, automatyczny import danych z innych zasobów ścieżek, eksport danych w kilku standardowych formatach wymiany danych oraz interfejs programowania aplikacji do pobierania zestawów danych ścieżek.
Dostępność danych
Wszystkie 45 ścieżek można bezpłatnie pobrać w formatach BioPAX , PSI-MI i SBML . BioPAX to wyłaniający się standard wymiany danych szlaków. Ścieżki są udostępniane na podstawie adaptacyjnej licencji Creative Commons 2.5, która stanowi, że ścieżki mogą być używane, jeśli autorzy otrzymają odpowiednie uznanie.
Immunologiczne szlaki sygnałowe
Następujące szlaki sygnalizacji immunologicznej są hostowane przez Netpath:
- Szlak receptora komórek B
- Szlak receptora komórek T
- Szlak interleukiny-1
- Szlak interleukiny-2
- Szlak interleukiny-3
- Szlak interleukiny-4
- Szlak interleukiny-5
- Szlak interleukiny-6
- Szlak interleukiny-7
- Szlak interleukiny-9
Szlaki sygnałowe raka
Szlaki sygnałowe raka zostały opracowane we współpracy z Centrum Biologii Obliczeniowej w Memorial Sloan-Kettering Cancer Center oraz z Bader Lab na Uniwersytecie w Toronto w celu opracowania „Mapy komórek rakowych”. Następujące szlaki sygnalizacji raka są hostowane przez Netpath:
- Ścieżka receptora naskórkowego czynnika wzrostu
- Transformujący szlak receptora czynnika wzrostu beta
- Szlak alfa czynnika martwicy nowotworu
- Szlak integryny alfa6 beta4
- Inhibitor szlaku wiązania DNA
- Jeżowa ścieżka
- Ścieżka wycięcia
- Ścieżka Wnt
- Szlak receptora androgenowego
- Szlak receptora zestawu
Aktualne statystyki
| Wyselekcjonowane ścieżki | 45 |
| Zaangażowane cząsteczki | 1053 |
| Fizyczne interakcje | 2448 |
| Geny regulowane transkrypcyjnie | 7401 |
| Transport | 284 |
| Kataliza enzymatyczna | 1597 |
| Cytaty z PubMed | 2228 |
Program udziału społeczności
Program uczestnictwa społeczności ma na celu szkolenie studentów z różnych uniwersytetów w Indiach w zakresie leczenia reakcji szlaku. Jest to wspólny program prowadzony przez Institute of Bioinformatics (IOB), Bangalore , Indie , z aktywnym udziałem laboratorium Akhilesha Pandeya na Uniwersytecie Johnsa Hopkinsa (USA) i laboratorium Gary'ego Badera na Uniwersytecie w Toronto , Kanada. Obecnie studenci z 3 głównych indyjskich uniwersytetów, a mianowicie Pondicherry University , University of Pune i University of Mysore są uczestnikami tego wysiłku społeczności.