Środowisko badań systematycznych badań nad białkami

Środowisko badań systematycznych badań nad białkami
Treść
Opis internetowe narzędzie do analizy proteomicznej spektrometrii mas (MS).
Kontakt
Centrum Badań Instytut Badań nad Dzieciami w Seattle
Laboratorium Laboratorium Bioinformatyki i Analiz Wysokoprzepustowych
Autorski Eugeniusza Kolkera
Cytowanie podstawowe Kolkera i in .
Data wydania 2011
Dostęp
Strona internetowa IGLICA

Systematic Protein Investigative Research Environment (SPIRE) zapewnia internetową analizę proteomiczną spektrometrii mas (MS) specyficzną dla eksperymentu w celu identyfikacji białek i peptydów oraz analizy ekspresji bez znaczników i analizy ekspresji względnej. SPIRE zapewnia interfejs sieciowy i generuje wyniki zarówno w interaktywnych, jak i prostych formatach danych.

Metodologia

Analizy Spire opierają się na eksperymentalnym projekcie, który generuje wskaźniki fałszywych odkryć i lokalnych współczynników fałszywych odkryć (FDR, LFDR) oraz integruje metody wyszukiwania i analizy danych typu open source. Łącząc X! Tandem , OMSSA i SpectraST SPIRE mogą powodować wzrost identyfikatorów białek (50-90%) w porównaniu z obecnymi kombinacjami punktacji i pojedynczych wyszukiwarek, jednocześnie zapewniając dokładne, wieloaspektowe oszacowanie błędów. SPIRE łączy wyniki swoich analiz z danymi dotyczącymi funkcji białek, szlaków i ekspresji białek z organizmów modelowych.

Integracja z innymi informacjami

SPIRE łączy również wyniki z publicznie dostępnymi danymi proteomicznymi za pośrednictwem bazy danych Multi-Omics Profiling Expression Database (MOPED). SPIRE może zapewnić analizę i adnotację dla dostarczonych przez użytkownika identyfikatorów białek i danych dotyczących ekspresji. Użytkownicy mogą przesyłać dane (odpowiednio ustandaryzowane) lub pocztę w plikach danych.

Dalsza lektura

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Systematic_Protein_Investigative_Research_Environment&oldid=994772278 ”