Baza danych wyrażeń profilowania multi-omics
 | |
| Treść | |
|---|---|
| Opis | MOPED umożliwia odkrycia poprzez konsekwentnie przetwarzane dane multi-omiczne |
| Kontakt | |
| Centrum Badań | Instytut Badań nad Dzieciami w Seattle |
| Autorski | Rogera Higdona |
| Cytowanie podstawowe | Higdon R. i in . |
| Data wydania | 2012 |
| Dostęp | |
| Strona internetowa | MOTOROWER |
Baza danych Multi-Omics Profiling Expression Database ( MOPED ) była rozwijającym się zasobem multiomicznym , który obsługuje szybkie przeglądanie informacji transkryptomicznych i proteomicznych z publicznie dostępnych badań organizmów modelowych i ludzi. Na dzień dzisiejszy (2021) zaprzestał działalności i jest niedostępny w Internecie.
Środowisko badań systematycznych badań nad białkami
MOPED ma na celu uproszczenie porównywania i udostępniania danych dla większej społeczności badawczej. MOPED wykorzystuje standardowy proces analizy SPIRE , aby w unikalny sposób dostarczać bezwzględne i względne dane dotyczące ekspresji białek, możliwości metaanalizy i dane ilościowe. Przetworzone dane transkryptomiki względnej ekspresji uzyskano z Gene Expression Omnibus (GEO). Dane można przeszukiwać pod kątem określonych białek i genów, przeglądać na podstawie organizmu, tkanki, lokalizacji i stanu, a także sortować według wskaźnika fałszywych odkryć i ekspresji. MOPED umożliwia użytkownikom wizualizację własnych danych dotyczących ekspresji i porównywanie ich z istniejącymi badaniami. Ponadto MOPED łączy się z różnymi bazami danych białek i szlaków, w tym GeneCards, Panther, Entrez, UniProt, KEGG, SEED i Reactome. Identyfikatory białek i genów są zintegrowane z GeneCards (powiązanych z MOPED), Genbank, RefSeq, UniProt, WormBase i Saccharomyces Genome Database (SGD). Obecna wersja MOPED (MOPED 2.5, 2014) zawiera łącznie około 5 milionów rekordów, w tym ~260 eksperymentów i ~390 warunków. MOPED jest rozwijany i wspierany przez zespół Kolker w Instytut Badań nad Dzieciami w Seattle .
Baza danych ekspresji białek organizmu modelowego
MOPED był wcześniej znany jako Model Organism Protein Expression Database, zanim zmienił nazwę na Multi-Omics Profiling Expression Database.
Dalsza lektura
- Stelzer G, Dalah I, Stein TI, Satanower Y, Rosen N, Nativ N, Oz-Levi D, Olender T, Belinky F, Bahir I, Krug H, Perco P, Mayer B, Kolker E, Safran M, Lancet D ( październik 2011). „Genomika człowieka in silico z kartami GeneCard” . Szum. Genomika . 5 (6): 709–17. doi : 10.1186/1479-7364-5-6-709 . PMC 3525253 . PMID 22155609 .