6CRNA
| 6C RNA | |
|---|---|
 Przewidywana struktura drugorzędowa i konserwacja sekwencji 6C RNA
| |
| identyfikatorów | |
| Symbol | 6C |
| Rfam | RF01066 |
| Inne dane | |
| typ RNA | Cis-reg |
| Domeny | Bakteria |
| WIĘC | SO: 0005836 |
| Struktury PDB | PDBe |
6C RNA to klasa niekodujących RNA obecnych w promieniowcach . Pierwotnie odkryto 6C RNA jako konserwatywną strukturę RNA mającą dwie pętle macierzyste, z których każda zawiera sześć lub więcej reszt cytozyny (C). Późniejsze prace ujawniły, że RNA 6C w Streptomyces coelicolor i Streptomyces avermitilis przewidziały terminatory transkrypcji niezależne od rho , a eksperymenty PCR z mikromacierzami i odwrotną transkryptazą wskazują, że S. coelicolor wersja jest transkrybowana jako RNA. Transkrypcja S. coelicolor wzrasta podczas sporulacji i wykryto trzy transkrypty, które nakładają się na motyw 6C, ale mają różne widoczne miejsca startu i zatrzymania.
Dodatkowe prace wykazały, że RNA 6C regulują różnorodne geny kodujące białka , działając jako antysensowne RNA o działaniu trans . Wśród genów regulowanych przez 6C RNA wiele bierze udział w DNA i eksporcie białek. Bakterie z innych badanych typów , takich jak Pseudomonadota i Bacillota, wykorzystują białka, takie jak Hfq które ułatwiają interakcje antysensownego RNA, ale RNA 6C nie wydaje się zależeć od homologów Hfq lub innych białek. Ten brak zależności od białka może być typowy dla bakterii Gram-dodatnich , których genomy mają wysoką zawartość GC , czego wybitnym przykładem są promieniowce.