A30-Cw5-B18-DR3-DQ2 (haplotyp HLA)
Haplotyp wielogenowy, ludzki | |||
---|---|---|---|
region HLA na chromosomie 6 | |||
HLA A30-Cw5-B18-DR3-DQ2 | |||
Loci | Gen | Allel | Serotyp |
klasa I | HLA-A | A30 | |
HLA-C | Cw5 | ||
HLA-B | B18 | ||
HLA-DR | HLA-DRB1 | DR3 | |
HLA-DRB3 | DR52 | ||
HLA-DQ | HLA-DQA1 | ||
HLA-DQB1 | DQ2 | ||
węzły | |||
Maksimum populacji | Częstotliwość Maks | ||
Sardynia , Włochy | 15,0% | ||
Choroby towarzyszące | |||
Haplotyp (gen) |
choroba (choroby) | ||
DQ2.5 | Celiakia | ||
DR3-DQ2 | Cukrzyca młodzieńcza , sarkoidoza | ||
B8::DQ2 | Autoimmunologiczne zapalenie wątroby , pierwotna marskość żółciowa wątroby , myasthenia gravis , opryszczkowe zapalenie skóry |
HLA A30-Cw5-B18-DR3-DQ2 ( A30::DQ2 ) jest wielogenowym haplotypem , który obejmuje większość głównego kompleksu zgodności tkankowej na ludzkim chromosomie 6 . Haplotyp wielogenowy to zestaw dziedziczonych alleli obejmujących kilka genów lub alleli genów. Długie haplotypy, takie jak A30::DQ2, są na ogół wynikiem wspólnego pochodzenia . Wraz ze wzrostem wielkości haplotypów rekombinacja chromosomów dzieli je na fragmenty w procesie zależnym od generacji.
A30::DQ2 można zapisać w rozszerzonej formie obejmującej główne loci zgodności tkankowej w następujący sposób:
HLA A *3002 : Cw *0501 : B *1801 : DRB1 *0301 : DQA1 *0501 : DQB1 *0201 .
Istnieje kilka złożonych haplotypów, A30-Cw5-B18 i wariant A30-CBL-B18 obejmujący A30::B18, istnieje również komponent B18-DR3 i HLA DR3- DQ2.5 . W literaturze opisano inne haplotypy, takie jak Cw5-B16-DR3 czy B8-DR3-DQ2.5.
Kilkanaście chorób zapalnych układu odpornościowego może przypisać pewne ryzyko haplotypowi. Niektóre choroby, takie jak celiakia , wiążą się przede wszystkim z pewnymi genami. Podczas gdy inne choroby, takie jak cukrzyca typu 1, mogą mieć kilka bardzo różnych genów przypisujących ryzyko. Jeszcze inne choroby, takie jak myasthenia gravis, mają nieokreślony związek z haplotypem.
Badano haplotypy A30-B18 lub Cw5-B18 (patrz allelefrequencies.net i IHWC 1991). Pomimo tego, że duże obszary Afryki Północnej nie były badane przez HLA, wydaje się, że A30::DQ2 pochodzi z południowo-zachodniej części Sardynii. Gómez-Casado i in. (2000) zaobserwowali, że haplotyp prawdopodobnie pochodzi z paleo z Afryki Północnej, a późniejsze badania w Afryce Północnej potwierdzają to odkrycie. Północni mieszkańcy Iberii dzielą z mieszkańcami Sardynii wysoką częstotliwość haplotypu. Istnieją jednak pewne różnice, nierównowaga sprzężeń u Sardyńczyków jest najwyższa, podczas gdy haplotyp baskijski często ma inny allel Cw, co wskazuje na inne pochodzenie haplotypu.
Dystrybucja
A | Cw | B | DR | DQ | ||
S | 30 | 5 | 18 | 3 | 2 | Częstotliwość |
G | *3002 | *0501 | *1801 | *0301 | *0201 | % |
S | sardyński |
|
17.3 | |||
S | baskijski |
|
15.2 | |||
G | Maroko arabski |
|
3.2 | |||
G | N . Marokański Berber |
|
2.9 | |||
S | szwajcarski |
|
2.9 | |||
S | hiszpański |
|
2.7 | |||
S | N. Afrykański Negroid |
|
2.3 | |||
S | Włoski |
|
2.0 | |||
S | albański |
|
1.8 | |||
S | Francuski |
|
1.7 | |||
G | tunezyjski Tunis |
|
1.2 | |||
S | Holenderski |
|
0,8 | |||
S | Niemiecki |
|
0,6 | |||
S | Irlandczyk |
|
0,6 | |||
S | sardyński |
|
14.0 | |||
S | baskijski |
|
7,5 | |||
G | Portugalia Południowa |
|
4.1 | |||
G | Azory (część) |
|
2.6 | |||
G | Wyspy Zielonego Przylądka SE |
|
2.4 | |||
G | Wyspy Zielonego Przylądka NW |
|
1.6 | |||
S | Włoski |
|
0,4 | |||
G | Hiszpania Murcja |
|
3.5 | |||
G | Maroko arabski |
1.5 | ||||
S | Sardynia | 15.1 | ||||
G | Portugalia Południowa | 8.2 | ||||
G | Centrum Portugalii | 2.0 | ||||
G | Irlandia Południowa | 1.0 | ||||
G | Tunezja | 2.0 | ||||
s=serotyp, g=genotyp | ||||||
Zablokowane kolumny nie są częścią haplotypów, jednakże: Jeśli blok oznacza AB, to brakuje Cw Jeśli blok oznacza AB-DR, to brakuje Cw |
Pełny haplotyp ma dość ograniczoną dystrybucję, od Sardynii po północną Hiszpanię, po południową Hiszpanię, Maroko i Tunezję. Śladowe ilości A30-B18-DR3 można znaleźć w Niemczech, we Włoszech. Jednak w przypadku Niemców allel Cw nie został wpisany, więc nie jest określone, czy haplotyp jest wariantem „baskijskim”, czy typem przodków „sardyńskim”. Ponadto na Sardynii serotyp A30 nigdy nie został rozwiązany w wysokiej rozdzielczości genotypowania i dlatego A*3002 nie został potwierdzony.
Cw5-B18 Cw5-B18 (Cw*0501:B*1801) wydaje się być najstarszą częścią haplotypu, ponieważ znajduje się poniżej sahelu u ludów zamieszkujących lasy deszczowe w Kamerunie, a także u Nikoholo Mandenka. Drugi nie wyjaśnia jego pochodzenia, ponieważ wydaje się, że istnieje nowszy przepływ genów między Mandenką a Berberami z Tuaregów. Badania Rimaibe, Fulbe z Burkino Faso nie ujawniły haplotypu, a wiele obszarów Afryki Zachodniej nie zostało zbadanych pod kątem haplotypów CwB. Haplotyp CwB osiąga szczyt na Sardynii wraz z resztą haplotypu i można go znaleźć w badaniach o wysokiej rozdzielczości przeprowadzonych na południowo-irlandzkich, północnoirlandzkich, brytyjskich Kaukazach i francuskich. Wiele starszych badań nie miało rozdzielczości umożliwiającej wykrycie haplotypu poniżej częstotliwości 1 procenta, ale różnorodne dowody sugerują, że spada on na północny wschód do poziomów śladowych (patrz tabela poniżej i mapa po prawej)
B18-DR3 Komponent B-DR wykazuje podobny rozkład, ale brakuje mu odpowiednich testów na południu, aby określić jego najbardziej wysunięty na południe zasięg. DR3-DQ2 jest bardzo powszechny w Afryce Zachodniej i Północnej. B18 jest również podwyższony w Afryce Północnej i na Bliskim Wschodzie, ze szczytowymi poziomami we Włoszech. Jednak B18 znaleziony na Bliskim Wschodzie jest powiązany z B18-DR11 (DR11 jest bardzo powszechny we wschodniej części Morza Śródziemnego). Poziom B18-DR3 osiąga szczyty na Sardynii, ale jest również bardzo wysoki w Kraju Basków w północnej Hiszpanii. Jest to jeden z obszarów Europy, gdzie poziom B18-DR3 jest stosunkowo różny od Cw5-B18, ponieważ wydaje się, że w ewolucji Cw5-B18-DR3 doszło do rzadkiej rekombinacji, która doprowadziła do zastąpienia Cw*0501 przez Cw* 1201. Mogło to mieć miejsce w północno-zachodniej Iberii. Sardynii brakuje tego rekombinanta. Poziomy B18-DR3 w Europie wydają się być kombinacjami haplotypów Cw*0501 i Cw*1201. Na przykład Albania ma znaczny poziom B18-DR3, ale brakuje mu Cw5-B18 w znacznych ilościach. W populacjach holenderskich i niemieckich haplotypy B-DR zostały poddane bardziej intensywnym badaniom pozwalającym na wykrycie haplotypów do bardzo niskich częstotliwości (0,25% u Holendrów i 0,05% u Niemców), w związku z czym krawędź haplotypu B18-DR3 w Europie jest oczywista. Obszary, w których pisanie na klawiaturze nie ma rozdzielczości, to Austria, Słowacja, Czechy itp. Poziomy wykrywalne w tych regionach mogą być wyższe, podobnie jak poziomy wykrywane w Szwajcarii podczas wczesnych badań (patrz Tabela po lewej i Mapa po lewej)
DR3-DQ2 Komponent DR3-DQ2 nie jest rzadkością w Europie i jest wspólny dla północno-europejskiego haplotypu przodków AH8.1 . Ponadto składnik DR3-DQ2 pojawia się w niektórych grupach europejskich z haplotypem A33-B58 z Azji Środkowej.
A30-B18 Obszary, w których CwB jest niskie lub nieopisane, mogą zawierać A30-B18. Na przykład wczesne badanie Szwajcarów wykazało poziom częstotliwości haplotypów wynoszący 1 procent. A30-B18 wykryto w wielu badaniach w Afryce, jednak w Afryce Wschodniej allel Cw *0501 (Cw5) został zastąpiony przez Cw7 w Kenii i Cw2 w Sudańczykach. A30-B18 znajduje się od Senegalu po Maroko, docierając do Francji. Niedawne badanie francuskich departamentów wykazało, że A30-B18 znajduje się w każdym departamencie we Francji, co wskazuje, że ma starsze rozmieszczenie w regionie. Występuje również u Niemców poniżej 1 proc. Ponieważ haplotyp jest obojętny na allel Cw, poziom jest wysoki u Basków z północnej Hiszpanii. Częstotliwości A30-B18 na poziomach śladowych mogą nie wskazywać wspólnego pochodzenia z A30::DQ2. W Europie znaleziono dwa allele A30, A*3001 i A*3002, żaden nie jest powszechny, ale A*3002 jest bardziej powszechny w Europie Zachodniej (przypisane haplotypowi A30::DQ2) A*3001 jest powszechny w Indiach i na wschodzie, a B18 jest wysoki we Włoszech, dlatego losowa rekombinacja da A30-B18, jednak może to być haplotyp A*3001-B18 -Haplotyp DR11.
Pochodzenie
A | Cw | B | DR | DQ | ||
S | 30 | 5 | 18 | 3 | 2 | Częstotliwość |
G | *3002 | *0501 | *1801 | *0301 | *0201 | % |
S | Sardynia |
|
17.0 | |||
S | baskijski |
|
8.1 | |||
G | Azory (część) |
|
3.6 | |||
G | Tunezja |
|
3.0 | |||
S | hiszpański |
|
2.8 | |||
G | Maroko arabski |
|
2.6 | |||
G | Północny Maroko Berber |
|
2.2 | |||
G | Kenia Luo |
|
1.9 | |||
S | Sudan |
|
1.8 | |||
S | szwajcarski |
|
1.5 | |||
G | Portugalia północna |
|
1.1 | |||
S | Włoski |
|
0,4 | |||
S | Niemiecki |
|
0,16 | |||
S | sardyński |
|
20.0 | |||
S | baskijski |
|
5.7 | |||
S | Sp. cygański |
|
3.9 | |||
S | hiszpański |
|
3.6 | |||
G | Północny Maroko Berber |
|
3.2 | |||
S | N. Afr. negroidalny |
|
3.4 | |||
S | Senegal |
|
3.0 | |||
G | Nikoholo Mandenka |
|
2.8 | |||
S | Francuski |
|
1.3 | |||
S | Włoski |
|
1.1 | |||
G | Bioko Bubi |
|
1.0 | |||
G | Kamerun, lasy deszczowe |
|
1.1 | |||
G | Kaukaz w Wielkiej Brytanii |
|
1.1 | |||
G | N. irlandzki |
|
0,9 | |||
S | N. amerykański Negroid |
|
0,6 | |||
S | sardyński |
|
16.4 | |||
G | Włochy Sardynia pop3 |
|
12,5 | |||
G | Sp. Baskijska Gipuzkoa |
|
6.1 | |||
G | Azory (część) |
|
3.6 | |||
S | baskijski |
|
3.2 | |||
S | hiszpański |
|
2.7 | |||
S | Senegal |
|
2.5 | |||
G | Sp. Wyspy Balaeirc |
|
2.2 | |||
G | Francja Korsyka |
|
2.0 | |||
S | Sp. cygański |
|
2.0 | |||
G | Sp. Katalonia Girona |
|
1.7 | |||
S | Włoski |
|
0,6 | |||
s=serotyp, g=genotyp | ||||||
Zablokowane kolumny nie są częścią haplotypów, jednakże: Jeśli blok oznacza AB, to brakuje Cw Jeśli blok oznacza AB-DR, to brakuje Cw |
Dowody archeologiczne sugerują, że Sardynia została zasiedlona około 8000 lat temu, chociaż okupacja ludzka została odnotowana co najmniej 20 000 lat temu. W okresie neolitu czarny obsydian przyciągnął na wyspę innych mieszkańców Morza Śródziemnego. Lokalny wkład (półwysep włoski przez Korsykę, Baleary) i wpływy genetyczne ze wschodniej części Morza Śródziemnego zostały wyróżnione jako populacje założycielskie na wyspie. Typowanie HLA klasy II ( HLA-DRB1 , DQA1 i DQB1 ) Sardyńczyków ujawniło, że wypadli oni poza klaster europejski i mieli tendencję do wypadania z klastra greckiego i bułgarskiego. Przed tym badaniem loci klasy I (patrz HLA ) były typowane w ramach globalnych warsztatów typowania, które odbyły się w 1991 roku; Ponadto w 1992 r. typowano 551 rodzin pochodzących z 2202 haplotypów HLA A, B, Cw. W tym czasie A30-B18 odnotowano u algierskich Berberów i na południu Francji. Następnie badania przeprowadzone przez Antonio Arniaz-Villena i 4 inne grupy nad loci HLA klasy I ujawniły, że wzorce częstotliwości alleli północno-zachodniej części Morza Śródziemnego skupiały się razem z ludami Afryki Północnej i Bliskiego Wschodu. W świetle wyróżnień HLA Sardyńczyków i powszechnego przekonania, że wyspa była zamieszkana od północy, najczęstszy haplotyp A30-B18-DR3 nie zgadzał się z wieloma opiniami na temat sardyńskiego pochodzenia.
unikalne właściwości haplotypów
A30::DQ2 jest wyjątkowy w Europie z kilku powodów. Badanie z 1992 roku wykazało 6 haplotypów o bardzo wysokich wartościach nierównowagi sprzężeń dla populacji Sardynii, przy czym A30::DQ2 jest najwyższą częstością z tych 6 haplotypów. Co więcej, A30-cw5-B18 ma najwyższą maksymalną częstotliwość dla dowolnego haplotypu wśród wszystkich ludzi w Europie, na poziomie 15 procent, przekracza haplotyp AH8.1 w Irlandii o 4 procent. (Jednak typowanie klasy II w zachodniej Irlandii wskazywało, że AH8.1 może sięgać nawet 15%). Haplotyp i jego komponenty podrzędne również znajdują się w stanie nierównowagi sprzężeń na Półwyspie Iberyjskim (szczególnie w północnej części Półwyspu Iberyjskiego) w Maroku.
Gdy używane jest pisanie A*3002 w wysokiej rozdzielczości, nierównowaga wzrasta. W przeciwieństwie do AH8.1, wiele elementów A30::DQ2 nie jest powszechnych wśród większości narodów europejskich. Z wyjątkiem haplotypu A*3002:Cw*0501:B*1801, A*3002, allel A30 znaleziony w haplotypie A30-Cw5-B18, jest rzadki w Europie. Wyłączając ten A30-cw5-B18, A*3002 występuje najczęściej w Afryce Subsaharyjskiej. Częstotliwość tego allelu jest najwyższa w Lusace w Zambii (23,3%) i Zimbabwe Harare Shona (14,7%), ale jest również wysoka w Senegalu, Kamerunie, marokańskich Berberach, Kenii i rdzennych mieszkańcach Afryki Południowej. Poza regionami, w których występują A30-B18 w Europie, częstotliwość A*3002 jest niska lub nieobecna. B*1801 jest najwyższy w północnych Włoszech, ale wysokie częstotliwości występują od Afryki Północnej po Bliski Wschód i daleko w Afryce Subsaharyjskiej. Ponadto konserwowany rdzeń haplotypu Cw5-B18 nie jest powszechny wśród innych Europejczyków lub wschodnich mieszkańców Morza Śródziemnego, którzy zamiast tego mają haplotypy Cw7-B18 i Cw*12-B18. I chociaż A*3002-B*1801 istnieje w Kenii (Cw*0701) nie jest Cw5/Cw*0501 znalezionym w zachodniej części Morza Śródziemnego, A30-Cw2-B18 znaleziono również u ludów o mieszanym pochodzeniu arabsko-negroidzkim w Sudanie; jednak badany wariant Cw5 nie został znaleziony. Wskazuje to, że haplotypy A30-B18 mogą tworzyć się spontanicznie, jednak haplotyp A30-Cw5-B18-DR3-DQ2 występuje głównie wśród rdzennych populacji zachodniej części Morza Śródziemnego i nadrównikowej Afryki Zachodniej.
Badanie rdzenia konserwowanego regionu haplotypu Cw5-B18 wskazuje, że prawdopodobnie pochodzi on z Afryki. Komponent DR3-DQ2 występuje przy wysokich częstotliwościach u Irlandczyków, ale w haplotypie AH8.1 występuje w silnej nierównowadze sprzężeń. Ostatnie badania wskazują, że DR3-DQ2 w dwóch gałęziach AH8.1 ma wspólne pochodzenie w Afryce około 75 000 lat temu; maksymalna częstotliwość haplotypu występuje w regionie Wybrzeża Kości Słoniowej i północno-zachodniej części Afryki Środkowej. Podsumowując, pochodzenie A30-Cw5-B18-DR3-DQ2 wśród ludów o głębokim eurazjatyckim pochodzeniu jest wysoce nieprawdopodobne i wskazuje, że ta obfitość haplotypów na Sardynii jest prawdopodobną konsekwencją efektu założyciela lub pozytywnej selekcji i innych czynników genetycznych. Istnieje rzekome wspólne pochodzenie między Sardyńczykami i Baskami, jednak Sardynia jest położona bliżej Afryki Północnej i nie nosi wariantu Cw występującego u Basków lub Maroka, podczas gdy Baskowie najprawdopodobniej mogą przypisać swój wariant A30::DQ2 do przepływu genów z północno-zachodniego Maroka.
Sprzeczne pochodzenie
Pochodzenie A30-B18 nie pasuje dobrze do jakiejś kontrastującej analizy łączenia sąsiadów (drzewa). Drzewa, które umieszczają Sardyńczyków razem z ludami wschodniej części Morza Śródziemnego, mają trudności z wyjaśnieniem pochodzenia haplotypu. W Izraelu poziom A*3002 wynosi mniej niż jeden procent, aw Azji allel jest wykrywany w niektórych częściach Azji Południowej i może być powiązany z innymi niedawnymi migracjami z Afryki. W regionie Morza Egejskiego/Jońskiego tylko Macedonia wykazuje znaczny poziom A*3002, a Albania wykazuje poziomy B18-DR3 wskazujące na przepływ genów z Zachodu z Półwyspu Apenińskiego do wschodniego wybrzeża Jońskiego. Chociaż haplotypy mają wyższy próg wykrywalności, Cw5-B18 nie został wykryty u żadnego ludu ze wschodniej części Morza Śródziemnego; B18-DR3 jest również rzadki na wschodzie Sardynii, z wyjątkiem Włochów, Szwajcarów i Albańczyków (1,8%); a DR3-DQ2 jest generalnie najniższy w Europie w północno-wschodniej części Morza Śródziemnego. W konsekwencji, gdyby haplotyp miał niedawne wspólne pochodzenie z ludami Morza Egejskiego lub Morza Czarnego lub z nimi, musiałby się rozszerzyć z bardzo niskich częstotliwości po wejściu na Sardynię. Badania populacji Morza Egejskiego w ciągu ostatniej dekady ujawniły obecność alleli rzadkich w Eurazji i powszechnych u mieszkańców Afryki Subsaharyjskiej (patrz mapa na stronie dla ludów, które nie zostały skutecznie zbadane pod kątem HLA w Afryce Północnej). Chociaż istnieją pewne podobieństwa, te rzadkie allele często mają przerywane rozmieszczenie wzdłuż regionów przybrzeżnych rozciągających się od Anatolii po Morze Czarne przez regiony Morza Egejskiego i Jońskiego. Ten wzorzec jest kontynuowany w zachodniej części Morza Śródziemnego, w tym na atlantyckim wybrzeżu Europy (baskijski, dolina Pasiegos). Jednak ze względu na różnice w częstotliwościach tych rzadkich alleli, w miarę przesuwania się na zachód, pokrewieństwo Afryki z Afryką Subsaharyjską maleje, a powinowactwo z Afryką północno-zachodnią wzrasta. Wspólnym elementem tych badań jest krótsza odległość w lokalnym klastrze do „nie-kaukaskich” źródeł HLA w najbardziej sąsiadujących regionach Afryki, w których zakończono odpowiednie typowanie HLA.
Istnieją inne haplotypy, które mają podobne pochodzenie (np. A2-Cw7-B58-DR16-DQ5.2) i połączone te haplotypy reprezentują około 30 procent haplotypów Sardynii pod względem częstotliwości genów, co wskazuje na potencjał znaczącego i wczesnego wkładu Afryki w Sardynię. Pomimo zakładanych powiązań między Sardyńczykami a Europą Zachodnią haplotypy te słabo rozprzestrzeniły się w Europie, z poziomami w Niemczech na poziomie 0,16 procent dla A30-B18-DR3, o 2 magnitudo niższymi niż na Sardynii. Kontrastuje to z haplotypem przodków AH8.1 dla Europy Zachodniej, który ma tryb w Irlandii, ale haplotyp występuje na wysokim poziomie u Skandynawów, Basków, Szwajcarów, Węgrów, Ukraińców, Słoweńców itp. Argument selekcji można wykorzystać do wyjaśnić te różnice, jednak oba haplotypy zawierają haplotyp związany z chorobą DR3-DQ2.
Źródła błędów
Wczesne badania archeologii i genetyki Sardynii mogły być nękane błędnymi założeniami. Na przykład, archeologiczne powiązania z Europą mogły być przeceniane, biorąc pod uwagę słabe badania archeologiczne Afryki Północnej. Niedawne badania archeologiczne w Afryce ujawniają rozwój tradycji garncarskich i hodowli zwierząt w Sahelu przed lub współcześnie z początkiem okresu neolitu w Azji Południowo-Zachodniej. Ponadto, jeśli wkład Afryki w Sardynię był w dużej mierze konsekwencją niewielkiej liczby założycieli przed holocenem, biorąc pod uwagę wzrost poziomu mórz i niską gęstość zaludnienia, obserwacje archeologiczne mogą nie odzwierciedlać wczesnych okupacji ani wzorców kulturowych. Możliwości migracji wzrosły, gdy zaludnienie Sahary nastąpiło podczas holoceńskiego optimum klimatycznego (9 000 do 5 000 lat pne), jednak ostatnio doszło do wysiedlenia rdzennej ludności Afryki Północnej przez imigrantów z Phonecia , Morze Egejskie , Włochy, Arabia. W przeciwieństwie do Afryki Północnej, ekspansywne trendy w Europie w okresie holocenu, w późnym holocenie nastąpiła wyraźna redystrybucja rdzennych mieszkańców Afryki.
Grupowanie powiązań genetycznych z północno-zachodnimi mieszkańcami Afryki i wschodnimi obszarami Morza Śródziemnego należy rozpatrywać w kontekście słabego pobierania próbek w północno-wschodniej Afryce, Czadzie i wielu innych obszarach Afryki. W odniesieniu do różnych wyników sąsiadujących drzew w różnych badaniach, jednym problemem jest to, że A30-B18 jest głównym składnikiem, a jednak większość badań do 2002 r., w tym badania typowania genów, nie dały pełnego typowania HLA- miejsce. W najnowszych badaniach Korsykanów i Sardyńczyków (2002 i 2003) typowano niektóre HLA-A w wysokiej rozdzielczości, ale wiele, w tym A30, pisano w niskiej rozdzielczości. Jest to powszechny problem tworzenia fałszywych założeń w szerokim obszarze antropologii molekularnej. Zakłada się, że ponieważ dwa allele są blisko spokrewnione, powinny mieć podobne rozkłady. Jednak porównanie rozmieszczenia A*3001 i A*3002 wskazuje, że A*3001 jest szeroko rozprzestrzeniony z rozmieszczeniem bimodalnym (Indie i Afryka Zachodnia), a jego rozmieszczenie obejmuje populacje regionalne na peryferiach Starego Świata, podczas gdy A*3002 rozprzestrzenił się na Wschodnia i północno-zachodnia Afryka oraz zachodnia część Morza Śródziemnego, z częstotliwościami, które szybko spadają, przesuwając się ze wschodu na zachód wzdłuż północno-wschodniego Oceanu Indyjskiego z południowej Arabii. W związku z tym wczesna analiza łączyła ze sobą dwa allele w jeden allel, jeden o globalnym rozmieszczeniu, a drugi o bardziej zachodnioafrykańskim / zachodniośródziemnomorskim rozmieszczeniu.
Notatki
Odniesienia i notacje tabel
Dalsze badania
- Gómez-Casado, E; Del Moral, P; Martínez-Laso, J; García-Gómez, A; Allende, L; Silvera-Redondo, C; Longas, J; González-Hevilla, M; Kandil, M.; Zamora, J; Arnaiz-Villena, A (marzec 2000). „Geny HLA u arabskojęzycznych Marokańczyków: bliskie pokrewieństwo z Berberami i Iberami”. antygeny tkankowe . 55 (3): 239–49. doi : 10.1034/j.1399-0039.2000.550307.x . PMID 10777099 .
- Kimiyoshi, Tsuji (1992). Aizawa, M; Sasazuki, T (red.). Materiały z jedenastych międzynarodowych warsztatów i konferencji dotyczących zgodności tkankowej, które odbyły się w Jokohomie, Japonia, 6–13 listopada 1991 r . . Oksford: Oxford University Press. ISBN 0-19-262390-7 .
- Middleton, D; Menchaca, L; Rood, H.; Komerowski, R (2003). „Nowa baza danych częstotliwości alleli: www.allelefrequencies.net” . antygeny tkankowe . 61 (5): 403–407. doi : 10.1034/j.1399-0039.2003.00062.x . PMID 12753660 .