Alcanivorax pacificus
| Klasyfikacja naukowa | |
|---|---|
| Alcanivorax pacificus | |
| Domena: | Bakteria |
| Gromada: | pseudomonadota |
| Klasa: | Gammaproteobakterie |
| Zamówienie: | Oceanospiryle |
| Rodzina: | Alcanivoracaceae |
| Rodzaj: | Alcanivorax |
| Gatunek: |
A. pacyficzny
|
| Nazwa dwumianowa | |
|
Alcanivorax pacificus Lai i in. 2011
|
|
Alcanivorax pacificus to morska gammaproteobacterium rozkładająca piren . Należy do rodzaju Alcanivorax , grupy bakterii morskich znanych z rozkładania węglowodorów . Kiedy pierwotnie zaproponowano, rodzaj Alcanivorax obejmował sześć wyróżniających się gatunków. Jednak A. pacificus , siódmy szczep, został wyizolowany z osadów głębinowych na zachodnim Pacyfiku przez firmę Shanghai Majorbio Bio-pharm Technology Co., Ltd. w 2011 r. Zdolność A. pacificus do rozkładu węglowodorów można wykorzystać do oczyszczania ropy -zanieczyszczone oceany poprzez bioremediację . Różnice genomowe obecne w tym szczepie Alcanivorax , które odróżniają go od pierwotnego konsorcjum, są ważne do zrozumienia, aby lepiej wykorzystać tę bakterię do bioremediacji.
Charakterystyka
A. pacificus jest nieruchomą , Gram-ujemną pałeczką . Jest oksydazo- i katalazo -dodatnia. Tworzy jasnoszare kolonie o średnicy od 1 do 2 milimetrów, gdy rośnie na morskim podłożu agarowym 216 l zawierającym wodę morską, octan sodu , trypton , ekstrakt drożdżowy , azotan amonu i cytrynian sodu . A. pacificus jest mezofilny i umiarkowanie halofilny , najlepiej rośnie w środowisku o temperaturze 10-42 stopni Celsjusza, które zawiera 0,5-12% NaCl .
Genom
Firma Shanghai Majorbio Bio-pharm Technology Co., Ltd. zsekwencjonowała łącznie 5 855 964 par końcówek A. pacificus przy użyciu technologii sekwencjonowania par końcówek firmy Solexa . Otrzymany typ szczepu A. pacificus to W11-5 T (=MCCC 1A00474 T = CCTCC AB 208236 T = LMG 25514 T ). Zawartość GC szczepu W11-5 T wynosi 62,62%. Szczep W11-5 T składa się z 42 kontigów ( N 90 = 19) o wielkości 4 137 438 pz.
Wyniki automatycznej adnotacji genów, zakończonej przez NCBI Prokariotic Genomes Automatic Annotation Pipeline (PGAAP), ujawniły, że genom szczepu W11-5 T zawiera 3762 kandydujących genów kodujących białka. Spośród tych genów 2870 białek przypisano do ortologicznych . Dodatkowo zidentyfikowano 41 genów tRNA dla 19 aminokwasów i jeden operon 16S-23S-5S rRNA .
Szczególną uwagę zwrócono na geny potencjalnie kodujące degradację alkanów. Znaleziono geny kodujące cztery monooksygenazy alkanowe z integralną błoną, trzy enzymy cytochromu P450 i cztery geny kodujące monooksygenazy rodziny wiążącej flawinę. Te monooksygenazy są szczególnie ważne, ponieważ odpowiadają za długołańcuchową n -alkanów.
Różnorodność
A. Pacificus jest blisko spokrewniony z innymi szczepami z rodzaju Alcanivorax . Ma 16S rRNA wynoszące 93,9, 93,1, 93,1, 93,0, 93,0 i 92,9% z sąsiednimi szczepami A. dieselolei B-5 T , A. balearicus MACL04 T , A. hongdengensis A-11-3 T , A. venustensis odpowiednio ISO4 T , A. borkumensis SK2 T i A. jadensis T9 T. Ponieważ jednak sekwencja genu A. Pacificus różni się o ponad 3% od wszystkich innych szczepów, jest wystarczająco różna, aby reprezentować nowy szczep bakteryjny. Część tej różnicy wynika z 549 nukleotydowego fragmentu genu hydroksylazy alkanowej alkB , który zamplifikowano z nici W11-5T . Gen alkB jest białkiem wytwarzanym przez A. pacificus i inne szczepy z rodzaju Alcanivorax , które odwraca uszkodzenia powstałe w wyniku alkilowania , procesu, w którym alkan pozbawiony jednego atomu wodoru jest przenoszony z jednej cząsteczki do drugiej. Sekwencje aminokwasowe wydedukowane z tego fragmentu pokazują, że nie ma wyraźnego zgrupowania między gatunkami Alcanivorax , ponieważ niektóre szczepy tego rodzaju zawierają wiele sekwencji alkB, co umieszcza je na różnych gałęziach drzewa filogenetycznego .
Dalsza lektura
- Stackebrandt E, Dworkin M, Falkow S, Rosenberg E, Schleifer K (2006). Prokarionty: podręcznik biologii bakterii (wyd. 3). Berlin: Springer. ISBN 978-0-387-25496-8 .