Analiza wariancji molekularnej

Analiza wariancji molekularnej ( AMOVA ) jest modelem statystycznym algorytmu molekularnego dla pojedynczego gatunku , zazwyczaj biologicznego . Nazwa i model są inspirowane ANOVA . Metoda została opracowana przez Laurenta Excoffiera, Petera Smouse i Josepha Quattro z Rutgers University w 1992 roku.

Od czasu opracowania AMOVA, Excoffier napisał program do przeprowadzania takich analiz. Ten program, który działa w systemie Windows , nazywa się Arlequin i jest bezpłatnie dostępny na stronie internetowej Excoffier. Istnieją również implementacje w języku R w pakietach ade4 i pegas, oba dostępne w CRAN (Comprehensive R Archive Network). Inna implementacja znajduje się w Info-Gen, która działa również w systemie Windows . Wersja studencka jest bezpłatna iw pełni funkcjonalna. Językiem ojczystym aplikacji jest hiszpański, ale dostępna jest również wersja angielska.

Dodatkowy bezpłatny pakiet statystyczny, GenAlEx, jest nastawiony zarówno na nauczanie, jak i badania i pozwala na stosowanie i porównywanie złożonych analiz genetycznych w powszechnie używanym interfejsie Microsoft Excel. To oprogramowanie pozwala na obliczanie analiz, takich jak AMOVA, a także porównania z innymi typami ściśle powiązanych statystyk, w tym statystykami F i indeksem Shannona i nie tylko.

  1. Bibliografia     _ Smouse, Pe; Quattro, Jm (czerwiec 1992). „Analiza wariancji molekularnej wywnioskowana z odległości metrycznych między haplotypami DNA: zastosowanie do danych restrykcyjnych ludzkiego mitochondrialnego DNA” (pełny tekst bezpłatny) . Genetyka . 131 (2): 479–91. doi : 10.1093/genetyka/131.2.479 . ISSN 0016-6731 . PMC 1205020 . PMID 1644282 .
  2. ^ Peakall, R. i Smouse PE (2012) GenAlEx 6.5: analiza genetyczna w programie Excel. Oprogramowanie genetyczne populacji do celów dydaktycznych i badawczych — aktualizacja. Bioinformatyka 28, 2537–2539.

Linki zewnętrzne



Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Analysis_of_molecular_variance&oldid=1077640572 ”