Białka powtórzeń toroidalnych

Toroidalna (zamknięta) domena powtórzeń tandemowych

Powtórzenie toroidalne to fałd białkowy składający się z powtarzających się podjednostek, ułożonych w sposób kołowy, tworząc zamkniętą strukturę.

Struktura

W przypadku, gdy powtórzenia N- i C-końcowe leżą w bliskim kontakcie fizycznym w domenie powtórzeń tandemowych , wynikiem jest topologicznie zwarta, zamknięta struktura. Takie domeny zwykle wykazują wysoką symetrię obrotową (w przeciwieństwie do otwartych powtórzeń, które mają tylko symetrie translacyjne) i przyjmują kształt przypominający koło. Ze względu na ograniczenia tej struktury liczba pojedynczych powtórzeń nie jest dowolna. W przypadku powtórzeń WD40 (być może największej rodziny elektromagnesów zamkniętych) liczba powtórzeń może wahać się od 4 do 10 (częściej od 5 do 7). Kelch powtarza , beczki beta a powtórzenia beta-koniczyny to kolejne przykłady tej architektury.

Funkcjonować

Zamknięte solenoidy często działają jako moduły interakcji białko-białko: możliwe jest, że wszystkie powtórzenia muszą być obecne, aby utworzyć miejsce wiązania ligandu, jeśli znajduje się ono w środku lub osi „koła” domeny. Powtórzenie WD40 jest doskonałym przykładem tej funkcji.

Klasyfikacja

Można znaleźć następujące główne podklasy białek powtórzeń toroidalnych:

1. beczkowe TIM złożone z ośmiu jednostek z naprzemiennymi pasmami beta i helisami alfa
2. beczek beta złożone na jednym okrągłym arkuszu beta
3. śmigieł beta złożone z arkuszy beta utworzonych z pojedynczych powtarzających się jednostek ułożonych w okrąg, w szczególności rodziny powtórzeń WD40 i motywów Kelch

Linki zewnętrzne

• Klasyfikacja DB