Powtórzenie pentapeptydu
| Powtórzenie pentapeptydu | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Struktura białka powtórzeń pentapeptydu HetL.
| |||||||||||
| Identyfikatory | |||||||||||
| Symbol | pentapeptyd | ||||||||||
| Pfam | PF00805 | ||||||||||
| InterPro | IPR001646 | ||||||||||
| |||||||||||
Powtórzenia pentapeptydowe to rodzina motywów sekwencji występujących w wielu kopiach tandemowych w cząsteczkach białek . Białka z powtórzeniami pentapeptydowymi występują u wszystkich gatunków, ale w genomach cyjanobakterii występują w wielu kopiach. Powtórzenia zostały po raz pierwszy zidentyfikowane przez Blacka i współpracowników w białku hglK. Późniejszy Bateman i in. wykazało, że istnieje duża rodzina pokrewnych białek z powtórzeniami pentapeptydowymi. Funkcja tych powtórzeń jest niepewna w przypadku większości białek. Jednak w białku MfpA będącym inhibitorem gyrazy DNA sugerowano, że struktura powtórzeń pentapeptydu naśladuje strukturę DNA. Powtórzenia tworzą regularną praworęczną czterostronną beta helisy znana jako fałdowanie Rfr.
Cechy sekwencji
Powtórzenie pentapeptydu jest cechą obserwowaną w sekwencji białek . Można go w przybliżeniu opisać za pomocą 1-literowego kodu aminokwasu jako A(D/N)LXX, gdzie X może oznaczać dowolny aminokwas. Tę powtarzającą się sekwencję można zobaczyć w wielu dopasowaniach sekwencji i wykresach punktowych białek, takich jak HglK. Centralną pozycją w powtórzeniu pentapeptydu jest zwykle leucyna i została ona oznaczona jako pozycja i . Dwie poprzednie pozycje są znane jako i -1 i i -2. Pozycja i-2 to zazwyczaj alanina. Dwie kolejne pozycje są zaznaczone ja +1 i ja +2 . Łańcuchy boczne w pozycjach i -2 i i skierowane są do hydrofobowego wnętrza białka, podczas gdy łańcuchy boczne w pozycjach i -1, i +1 i i +2 są odsłonięte na powierzchni białek.
Struktura
Początkowo przewidywano na podstawie sekwencji, że powtórzenia pentapeptydowe będą posiadały prawoskrętną helisę beta z trzema bokami. Pierwszą strukturą krystaliczną białka powtórzeń pentapeptydowych było białko MfpA rozwiązane przez Hegde i współpracowników. Wykazano, że białka z powtórzeniami pentapeptydowymi (PRP) mają czterostronną helisy beta . Cztery powtórzenia składają się na jeden obrót struktury podobnej do solenoidu. Do tej pory poznano struktury ośmiu różnych białek.
| Białko | kod PDB | Długość | Liczba powtórzeń | Odniesienie |
|---|---|---|---|---|
| Mycobacterium tuberculosis MfpA | | 183 | 30 | |
| Cyanobacterium nostoc HetL | | 237 | 40 | |
| Enterococcus faecalis EfsQnr | | 211 | ||
| Nostoc punctiforme Np275 | | 98 | 17 | |
| Nostoc punctiforme Np276 | | 75 | 12 | |
| Cyanothece sp. Rfr32 | | 167 | 21 | |
| Cyanothece sp. Rfr23 | | 174 | 23 | |
| Arabidopsis thaliana At2g44920 | | 224 | 25 |