Powtórzenie tetratrikopeptydu

Identyfikatory
powtórzeń tetratrikopeptydu
Symbol	TPR_1
Pfam	PF00515
Klan Pfam	CL0020
InterPro	IPR001440
SCOP2	1a17 / ZAKRES / SUPFAM
CDD	cd00189
Dostępne struktury białek: Pfam   konstrukcje / ECOD   WPB RCSB WPB ; PDBe ; WPBj Suma WPB podsumowanie struktury WPB B:89-122 A:522-555 B:228-261 B:276-295 C:276-295 A:223-256 A:223-256 B:4-37 2:28-61 :28-61 A:225-258 C:27-60 A:114-147 B :71-104 O:71-104 O:71-104 O:351-384 O:351-384

Powtórzenie tetratrikopeptydowe ( TPR ) jest motywem strukturalnym . Składa się ze zdegenerowanych 34-aminokwasowych powtórzeń tandemowych zidentyfikowanych w wielu różnych białkach . Występuje w tandemowych układach 3–16 motywów, które tworzą rusztowania pośredniczące w interakcjach białko-białko i często w składaniu kompleksów wielobiałkowych. Te powtórzenia pary alfa-helisy zwykle składają się razem, tworząc pojedynczą, liniową domenę solenoidu zwaną domeną TPR . Białka z takimi domenami obejmują kompleksu promującego anafazę (APC) cdc16 , cdc23 i cdc27 , podjednostkę oksydazy NADPH p67-phox , immunofiliny wiążące hsp90 , czynniki transkrypcyjne , kinazę białkową R (PKR), główny receptor macierzy peroksysomalnej białko importowane PEX5 , białkowa metylotransferaza argininowa 9 (PRMT9) i białka importowane z mitochondriów.

Przedstawienie powtórzenia TPR. Obraz renderowany za pomocą oprogramowania King. Identyfikator WPB: 1NA0.

Struktura

Struktura białka PP5 była pierwszą określoną strukturą. Struktura rozwiązana przez krystalografię rentgenowską przez Dasa i współpracowników wykazała, że ​​motyw sekwencji TPR składa się z pary antyrównoległych helis alfa. Struktura PP5 zawierała 3 tandemowe powtórzenia TPR, co pokazało, że kolejne powtórzenia TPR utworzyły alfa-helikalną solenoidu .

Typowa struktura TPR charakteryzuje się interakcjami między helisami A i B pierwszego motywu i helisą A' następnego TPR. Chociaż natura takich interakcji może się różnić, pierwsze dwie helisy motywu TPR mają zazwyczaj kąt upakowania ~ 24 stopni w obrębie jednego motywu. Powtórzenia więcej niż trzech motywów TPR generują prawoskrętną superhelisę charakteryzującą się zarówno wklęsłą, jak i wypukłą powierzchnią, której wklęsła powierzchnia jest zwykle zaangażowana w wiązanie ligandu.

Ten obraz pokazuje reszty sygnatur powszechnie występujące w motywach TPR. Obraz został wyrenderowany przy użyciu oprogramowania KING począwszy od PDB 1NA3.

Pod względem sekwencji TPR zawiera mieszaninę małych i dużych reszt hydrofobowych, niemniej jednak żadna pozycja nie jest w pełni niezmienna. Istnieją jednak pewne reszty, które są zwykle konserwowane, w tym tryptofan 4, leucyna 7, glicyna 8, tyrozyna 11, alanina 20, fenyloalanina 24, alanina 27 i prolina 32. Wśród tych 8 alanina w pozycjach 8, 20 i 27 jest bardziej konserwowane. Inne pozycje mają silniejszą preferencję dla małych, dużych lub aromatycznych aminokwasów, a nie dla określonej reszty. Pomiędzy helisami konserwacja reszt odgrywa bardziej rolę strukturalną z obecnymi resztami rozrywającymi helisy. Pomiędzy sąsiednimi TPR reszty pełnią role, które mają implikacje zarówno strukturalne, jak i funkcjonalne.

Peptydy zawierające TPR

Chmiel

Białko adaptera Hop pośredniczy w asocjacji molekularnych białek opiekuńczych Hsp70 i Hsp90. Zawiera trzy powtórzenia 3-TPR, każde z własną specyficznością wiązania peptydu. Wiadomo, że jego domena TPR1 rozpoznaje C-końc Hsp70, podczas gdy TPR2 wiąże się z C-końcem Hsp90. Obie sekwencje C-końcowe kończą się motywem EEVD, a charakter oddziaływania jest zarówno elektrostatyczny, jak i hydrofobowy.

PEX5

Białko PEX5 jest receptorem dla PTS1 (tripeptyd sygnałowy kierujący białka do peroksysomów). Oddziałuje z sygnałem poprzez motywy TPR. Większość jego kontaktów z C-końcowym tripeptydem PTS1 znajduje się na wklęsłej powierzchni TPR 1, 2 i 3.

Czynnik cytozolowy neutrofili 2

Czynnik cytozolowy 2 neutrofili jest niezbędny dla kompleksu oksydazy NADPH, który z kolei wytwarza ponadtlenki w odpowiedzi na infekcję drobnoustrojami. Wiązanie GTPazy Rac jest kluczowym etapem składania kompleksu, a TPR w jednostce phox pośredniczą w składaniu kompleksu wielobiałkowego, działając jako rusztowanie wiążące.

Przykłady

Ludzkie geny kodujące białka zawierające ten motyw obejmują:

• AAG2, ANAPC7
• BBS4
• KABINA1 , CDC16 , CDC23 , CDC27 , CNOT10 , CTR9
• DNAJC3 , DNAJC7 , DYX1C1
• FAM10A4, FAM10A5, FKBP4 , FKBP5 , FKBP8 , FKBPL
• GPSM1 , GPSM2 , GTF3C3
• JEŻELI1 , JEŚLI1L, JEŚLI2 , JEŚLI3 , JEŚLI5, JEŚLI140 , JEŚLI88
• KLC1 , KLC2 , KLC3 , KLC4 , KNS2
• LONRF2
• NARG1 , NARG1L, NASP , NCF2 , NFKBIL2, NOXA1 , NPHP3
• OGT
• PEX5 , PEX5L, PPID , PPP5C , PRPF6
• RANBP2 , RANBP2L2, RANBP2L6, RAPSN , RGPD5 , RGPD7, RPAP3
• SGTA , SGTB, SH3TC1, SH3TC2 , SPAG1 , SRP72, ST13 , STIP1 , STUB1 , SUGT1
• TMTC1, TMTC2 , TMTC3, TMTC4 , TOMM34 , TOMM70A
• TTC1 , TTC3 , TTC4 , TTC5, TTC6, TTC7A , TTC7B , TTC8 , TTC9C, TTC12, TTC13, TTC14, TTC15, TTC16, TTC17, TTC18, TTC21A, TTC21B, TTC22, TTC24, TTC25 , TTC27, TTC28 , TTC29 , TTC30A , TTC30B, TTC31, TTC33, TTC37
• UNC45A , UNC45B, UTX , UTY
• WDTC1
• ZC3H7B

Dalsza lektura

•    Lima Mde F, Eloy NB, Pegoraro C, Sagit R, Rojas C, Bretz T, Vargas L, Elofsson A, de Oliveira AC, Hemerly AS, Ferreira PC (18 listopada 2010). „Ewolucja genomowa i złożoność kompleksu promującego anafazę (APC) w roślinach lądowych” . Biologia roślin BMC . 10 : 254. doi : 10.1186/1471-2229-10-254 . PMC 3095333 . PMID 21087491 .
•    Das AK, Cohen PW, Barford D (marzec 1998). „Struktura powtórzeń tetratrikopeptydowych fosfatazy białkowej 5: implikacje dla interakcji białko-białko, w których pośredniczy TPR” . Dziennik EMBO . 17 (5): 1192-9. doi : 10.1093/emboj/17.5.1192 . PMC 1170467 . PMID 9482716 .
•   Whitfield C, Mainprize IL (luty 2010). „Motywy TPR: cechy nowego rusztowania eksportowego polisacharydów” . Struktura . 18 (2): 151–3. doi : 10.1016/j.str.2010.01.006 . PMID 20159460 .
•   Krachler AM, Sharma A, Kleantous C (lipiec 2010). „Samoasocjacja domen TPR: wnioski wyciągnięte z zaprojektowanego, opartego na konsensusie oligomeru TPR”. Białka . 78 (9): 2131–43. doi : 10.1002/prot.22726 . Identyfikator PMID 20455268 .
•    Schapire AL, Valpuesta V, Botella MA (wrzesień 2006). „Białka TPR w sygnalizacji hormonów roślinnych” . Sygnalizacja i zachowanie roślin . 1 (5): 229–30. doi : 10.4161/psb.1.5.3491 . PMC 2634123 . PMID 19704665 .
•    Cortajarena AL, Regan L (maj 2006). „Wiązanie liganda przez domeny TPR” . Nauka o białkach . 15 (5): 1193-8. doi : 10.1110/ps.062092506 . PMC 2242500 . PMID 16641492 .
•    D'Andrea LD, Regan L (grudzień 2003). „Białka TPR: wszechstronna helisa”. Trendy w naukach biochemicznych . 28 (12): 655–62. CiteSeerX 10.1.1.313.8712 . doi : 10.1016/j.tibs.2003.10.007 . PMID 14659697 .
•   Goebl M, Yanagida M (maj 1991). „Spiralna helisa TPR: nowy motyw powtórzeń białek od mitozy do transkrypcji”. Trendy w naukach biochemicznych . 16 (5): 173–7. doi : 10.1016/0968-0004(91)90070-C . PMID 1882418 .

Linki zewnętrzne

• Klasa motywów motywów eukariotycznych motywów liniowych LIG_TPR
• Klasa motywu motywu eukariotycznego Linear Motif TRG_PTS1