Bibliome

Bibliom to całość korpusu tekstów biologicznych . Termin ten został ukuty około 2000 roku w EBI ( Europejski Instytut Bioinformatyki ) w celu określenia znaczenia biologicznej informacji tekstowej. Podobne, rzadziej używane terminy to literaturome i textome . Przez przybliżoną analogię do powszechnie używanych terminów, takich jak genom, metabolom, proteom i transkryptom, to -ome właściwie odnosiłoby się do literatury określonej lub implikowanej kontekstowo dziedziny, stąd: bibliom biologiczny , bibliom polityczny itp. Jednak termin ten nie był (jeszcze) stosowany poza naukami biologicznymi i medycznymi, więc obecnie domyślnie odnosi się tylko do dziedzin biomedycznych. Stosowanie go do konkretnego zbioru tekstów, takich jak MEDLINE, nie miałoby sensu, pomimo naturalnej analogii, która mogłaby to sugerować: terminy genom , proteom , kanałom , metabolom i transkryptom zwykle zakładają określony organizm lub zestaw komórek i (z wyjątkiem genomu) określony punkt czasowy. Powodem, dla którego ta analogia nie miałaby większego sensu, jest to, że istnieje już ustalony termin do tego celu, corpus .

Z bibliomu biolodzy i informatycy zbierają dane , aby odkryć nowe cele genów i leki . Bibliomika to bioinformatyczne badanie bibliomu. Bibliome nie jest pseudoomem, ponieważ jest użyteczną koncepcją używaną przez bioinformatyków.

Aplikacje internetowe

EAGLi to biomedyczny silnik wyszukiwania dla MEDLINE. GOCat to automatyczny kategoryzator/przeglądarka GO, która pomaga w funkcjonalnej adnotacji z tekstów biomedycznych; przydatne również do funkcjonalnego charakteryzowania list nazw białek i genów generowanych przez eksperymenty o dużej przepustowości.

Linki zewnętrzne

• „Wydobywanie Bibliome” (streszczenie)
•    Grivell, Les (15 marca 2002). „Wydobywanie bibliome: szukanie igły w stogu siana?” . Raporty EMBO . 3 (3): 200–203. doi : 10.1093/embo-reports/kvf059 . PMC 1084023 . PMID 11882534 .