Brygidy Carragher

Brygidy Carragher
Urodzić się	17 czerwca 1957
Obywatelstwo	USA
Alma Mater	University of the Witwatersrand, Johannesburg, Afryka Południowa (licencjat i magister fizyki) Northwestern University, Evanston, Illinois (magister fizyki) University of Chicago, Chicago, Illinois (doktorat)
Kariera naukowa
Pola	Mikroskopia elektronowa, biologia strukturalna

Bridget Olivia Carragher (ur. 17 czerwca 1957) to południowoafrykańska fizyk specjalizująca się w mikroskopii elektronowej . Jest adiunktem na Uniwersytecie Columbia (Nowy Jork, NY) i obok Clinta Pottera jest także dyrektorem National Resource for Automated Molecular Microscopy (NRAMM), dyrektorem Simons Electron Microscopy Center w New York Structural Biology Center (Nowy Jork, NY) i PI w National Center for CryoEM Access and Training. Jest także założycielką i dyrektorem operacyjnym NanoImaging Services, Inc.

Życie osobiste

Carragher urodził się i dorastał w Afryce Południowej . W dzieciństwie mieszkała w Ghanie i przez rok w Anglii. Po uzyskaniu tytułu magistra przeniosła się do Stanów Zjednoczonych i mieszka tam od tamtej pory. Carragher jest obywatelką amerykańską, jest mężatką i ma dwójkę dzieci.

Edukacja

Carragher zdobyła pierwsze wykształcenie w dziedzinie fizyki na Uniwersytecie Witwatersrand w RPA (licencjat: 1975–1977; licencjat z wyróżnieniem: 1978–1978; magister: 1979–1981). W 1982 roku ukończyła Northwestern University w Evanston, Illinois (magister fizyki). W tym samym roku rozpoczęła doktorat na University of Chicago , Chicago, Illinois, który obroniła w 1987 roku.

Kariera

Przez większość swojej kariery Carragher była zaangażowana w rozwój usprawnionych i zautomatyzowanych metod mikroskopii elektronowej (EM) , mających na celu poprawę zarówno jakości danych EM, jak i dostępności tych technik dla szerszej społeczności biologicznej.

Po uzyskaniu doktoratu Carragher pracowała na różnych stanowiskach, zarówno w przemyśle, jak i na uczelni, aż do momentu przeniesienia się do Instytutu Badawczego Scripps w 2001 roku. Od 2002 roku wraz z Clintem Potterem pełni funkcję dyrektora National Resource for Automated Molecular Microscopy (NRAMM), finansowany przez NIH krajowy zasób badań biotechnologicznych. NRAMM specjalizuje się w opracowywaniu i stosowaniu zautomatyzowanych technologii dla EM oraz zapewnianiu szkoleń na wszystkich poziomach.

W 2007 roku Carragher była współzałożycielką nowej firmy NanoImaging Services, Inc., w której pełni funkcję dyrektora operacyjnego . Firma ma na celu świadczenie usług krioEM i innych usług mikroskopowych dla przemysłu biofarmaceutycznego i biotechnologicznego.

W 2015 roku Carragher i Clint przenieśli swoje laboratorium akademickie z The Scripps Research Institute do nowojorskiego Centrum Biologii Strukturalnej, gdzie pełnią funkcję współdyrektorów Simons Electron Microscopy Center. W maju 2018 roku otrzymali grant U24 na uruchomienie Narodowego Centrum Dostępu i Szkoleń CryoEM (NCCAT).

Stanowiska i zatrudnienie

Rok	Pozycja
1987 - 1988	Pracownik naukowy, U. Chicago
1988 - 1990	Starszy naukowiec, CEMAX Incorporated, Santa Clara, Kalifornia
1990 - 1991	Asystent neurobiologa badawczego, Wydział Neurologii, UCSD
1992 - 1998	Dyrektor Optical Visualization Facility, Beckman Institute, UIUC
1994 - 2001	Adiunkt, Wydział Biologii Komórkowej i Strukturalnej, UIUC
1996 - 1999	Starszy naukowiec, Narodowe Centrum Zastosowań Superkomputerowych, UIUC
1998 - 2001	Dyrektor, Imaging Technology Group, Beckman Institute, UIUC
2001 - 2012	Profesor nadzwyczajny, Wydział Biologii Komórki, The Scripps Research Institute. La Jolla, Kalifornia
2003 – obecnie	Dyrektor, National Resource for Automated Molecular Microcopy (NRAMM)
2007 – obecnie	Założyciel i dyrektor naukowy NanoImaging Services, Inc.
2012 - 2014	Profesor, Wydział Integracyjnej Biologii Strukturalnej i Obliczeniowej, The Scripps Research Institute. La Jolla, Kalifornia
2015 – obecnie	Dyrektor, Simons Electron Microscopy Center, New York Structural Biology Center, NY, NY
2015 – obecnie	Adiunkt, Columbia University, Nowy Jork, NY
2018 – obecnie	Co-PI, Narodowe Centrum Dostępu i Szkoleń CryoEM

Inne doświadczenia i członkostwa zawodowe

Rok	Działalność
1993 – obecnie	Redakcja, Journal of Structural Biology
1993 – obecnie	Członek różnych sekcji badawczych NIH/NSF
1993 - 2000	Naukowy Komitet Doradczy, Narodowe Centrum Obrazowania Makromolekularnego, Baylor College of Medicine
1993, 1995	Współorganizator, Workshop on Advanced Computing for Biological Imaging, UIUC/NCSA
1995	Współorganizator, A Hands-on Workshop on Practical Stereological Techniques, UIUC
1995 – obecnie	Członek Komitetu Doradczego, HVEM Resource, Boulder, Co.
1996	Współredaktor specjalnego wydania Journal of Structural Biology na temat „Zasoby oprogramowania do przetwarzania i wizualizacji obrazów w biologii strukturalnej”
1998 – obecnie	Członek Komitetu Doradczego, BMIRR, Wadsworth Center, Albany, NY
1997, 1999	Wiceprzewodniczący, przewodniczący Gordon Conference on 3DEM of Macromolecules
2003	Współorganizator Multidyscyplinarnych Warsztatów Automatycznej Selekcji Cząstek
2003 - 2014	Współorganizator Biennale Warsztatów z Mikroskopii Molekularnej
2003	Współredaktor, Journal of Structural Biology , Wydania specjalne dotyczące zautomatyzowanej selekcji cząstek i metod analitycznych
2003 - 2005	Sekcja Studiów NIH BBCB
2005 - 2007	Sekcja Studiów NIH MI
2005 – obecnie	Współredaktor, Journal of Structural Biology
2011 - 2015	Naukowy Komitet Doradczy, Transcontinental EM Initiative for Membrane Protein Structure
2012 - 2014	Rada doradcza, National Canadian CryoEM Facility
2013 - 2015	Zewnętrzny Komitet Doradczy, Grupa Biofizyki Teoretycznej i Obliczeniowej
2014 – obecnie	Przewodniczący Komitetu EMDB ds. wyzwania mapy CryoEM
2015 – obecnie	Członek grupy zadaniowej ds. metody integracyjnej/hybrydowej wwPDB (IHM): Podgrupa Federacji
2015 – obecnie	Członek Diamentowego Naukowego Komitetu Doradczego
2015 – obecnie	Członek Komitetu Doradczego Banku Danych Białkowych RCSB
2015 – obecnie	Członek Zewnętrznej Rady Doradczej Narodowego Centrum Tomografii Rentgenowskiej
2016 – obecnie	Redakcja, Cell Chemical Biology
2017 – obecnie	Członek Komitetu Doradczego NCXT
2017 – obecnie	Członek Międzynarodowej Naukowej Rady Doradczej Instytutu Maxa Plancka we Frankfurcie
2017 – obecnie	Zewnętrzna Rada Doradcza, obiekt CryoEM dla wielu użytkowników UTSW
2017	Honorowy członek Królewskiego Towarzystwa Mikroskopii
2017 – obecnie	Redakcja, Biophysical Journal
2018 – obecnie	Zewnętrzna Rada Doradcza, ośrodek CryoEM dla wielu użytkowników na Harvardzie

Wkład w naukę

W trakcie swojej kariery Carragher opublikowała 165 artykułów, otrzymała kilka grantów na badania i jest właścicielem pięciu patentów .

Patenty

• Smith PE, Callahan MP, Daniel I, Potter CS, Carragher B, Suloway CJ, wynalazcy; Zrobotyzowany system do sekwencjonowania wielu próbek między tacą do przechowywania a mikroskopem. 2005, USA 2005/0107917 A1.
• Mulder A, Carragher B, Potter CS, wynalazcy; Charakterystyka cząstek stałych metodami mikroskopii elektronowej i przetwarzania obrazu. 2011, tymczasowe. Złożony 17.08.2011.
• Carragher B, Potter CS, Jain T, wynalazcy; Przygotowanie macierzy próbek na siatce EM. 2012, tymczasowe. Złożono 17.01.2012.
• Carragher B, Potter CS, Jain T, wynalazcy; Superhydrofilowe siatki próbek do mikroskopii elektronowej. 2012, tymczasowe. Złożono 17.01.2012.
• Carragher B, Potter CS, Jain T, Kahn P, Wiktor P, wynalazcy; Aparatura i sposób wytwarzania preparatów do mikroskopii elektronowej. 2012, tymczasowe. Złożono 17.01.2012.

Wkład w dziedzinie EM

1.   Suloway, C; Pulokas, J; Fellmann, D; Cheng, A; Guerra, F; Quispe, J; Stagg, S; Potter, CS; Carragher, B (2005). „Zautomatyzowana mikroskopia molekularna: nowy system Leginon”. J Struct Biol . 151 (1): 41–60. doi : 10.1016/j.jsb.2005.03.010 . PMID 15890530 .
2.    Lander, Wielka Brytania; Stagg, SM; Voss, NR; Cheng, A; Fellmann, D; Pulokas, J; Yoshioka, C; Irving, C; Mulder, A; Lau, PW; Lyumkis, D; Potter, CS; Carragher, B (2009). „Appion: zintegrowany potok oparty na bazie danych ułatwiający przetwarzanie obrazów EM” . J Struct Biol . 166 (1): 95–102. doi : 10.1016/j.jsb.2009.01.002 . PMC 2775544 . PMID 19263523 .
3.    Lyumkis, D; Julien, JP; de Val, N; Cupo, A; Potter, CS; Klasse, PJ; Burton, DR; Szlifierki, RW; Moore, JP; Carragher, B.; Wilson, IA; Oddział, AB (2013). „Struktura Cryo-EM w pełni glikozylowanego, rozpuszczalnego, rozszczepionego trimeru otoczki HIV-1” . nauka . 342 (6165): 1484–90. Bibcode : 2013Sci...342.1484L . doi : 10.1126/science.1245627 . PMC 3954647 . PMID 24179160 .
4.    Szlachetny, AJ; Wei, H.; Dandey, wiceprezes; Zhang, Z; Jasnobrązowy, YZ; Potter, CS; Carragher, B (2018). „Zmniejszenie skutków adsorpcji cząstek na granicy faz powietrze-woda w krio-EM” . Metody Nata . 15 (10): 793–795. doi : 10.1038/s41592-018-0139-3 . PMC 6168394 . PMID 30250056 .
5.    Scapin, G; Dandey, wiceprezes; Zhang, Z; Prosis, W; Hruza, A; Kelly, T; Mayhood, T; Strickland, C; Potter, CS; Carragher, B (2018). „Struktura kompleksu insulina-receptor insuliny za pomocą analizy krio-EM pojedynczej cząstki” . Natura . 556 (7699): 122–5. Bibcode : 2018Natur.556..122S . doi : 10.1038/natura26153 . PMC 5886813 . PMID 29512653 .

Dodatkowe wybrane wkłady w dziedzinie EM

automatyzacji CryoEM

Carragher był wczesnym orędownikiem zautomatyzowanych metod mikroskopii elektronowej. Opracowała oprogramowanie do analizy źle uporządkowanych włókien hemoglobiny sierpowatej, a następnie współpracowała z grupą Rona Milligana w celu opracowania rurociągu do przetwarzania helikalnego (Phoelix). Wraz z Clintem Potterem Carragher kierował następnie rozwojem Leginon , systemu do zautomatyzowanej kontroli i pozyskiwania danych z mikroskopu elektronowego, oraz Appion , rurociągu do przetwarzania danych dotyczących pojedynczych cząstek. Niedawno pokazali, że mogą użyć tego zautomatyzowanego potoku do uzyskania map o rozdzielczości 2,8 Å.

Nowe technologie dla TEM

Carragher i jej zespół opracowali szereg nowatorskich technologii transmisyjnej mikroskopii elektronowej (TEM). Należą do nich Spotiton, atramentowy system dozowania i witryfikacji dla krio-TEM, zrobotyzowane urządzenia do ładowania próbek TEM do mikroskopu, roboty do obsługi cieczy do kontrolowania witryfikacji próbek i barwienia ujemnego oraz nowe podłoża, w tym takie, które doprowadziły do ​​siatek, które są obecnie dostępne na rynku dostępny pod nazwą handlową Cflats .

Wkład w biologię strukturalną

Główne cele rozwoju technologii wynikały z potrzeb atrakcyjnych projektów badań biologicznych. Zwykle zarządza nimi doktorant lub pracownik naukowy ze stopniem doktora, który ustanawia bliskie linie komunikacji między grupą EM a laboratorium badań biologicznych. Podczas gdy ich główną rolą jest zarządzanie wysiłkami technicznymi, często są również ściśle zaangażowani w kierowanie pytaniami biologicznymi i pisanie artykułów. Autorami tych prac byli doktoranci lub doktoranci w laboratoriach Carraghera.

Wkład w dziedzinę:

Carragher był zaangażowany w szereg wysiłków mających na celu walidację i ulepszenie metod dla całej dziedziny. Obejmują one warsztaty zbierania cząstek, ostatnie wyzwanie CTF oraz szereg warsztatów zorganizowanych przez EMDB w celu omówienia standardów i walidacji. Zorganizowała również liczne warsztaty, w tym odbywające się co dwa lata Warsztaty Zaawansowanych Metod NRAM.