C2orf73
| C2orf73 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identyfikatory | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| , chromosom 2 otwarta ramka odczytu 73 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| identyfikatory zewnętrzne | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Wikidane | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Niescharakteryzowane białko C2orf73 jest białkiem , które u ludzi jest kodowane przez gen C2orf73 . Przewiduje się, że białko będzie zlokalizowane w jądrze .
Gen
Pełny gen obejmuje łącznie 53 712 par zasad i zawiera dziewięć eksonów . Lokalizacja genu w ludzkim genomie znajduje się na chromosomie 2 w pozycji 2p16.2 i jest oflankowana przez geny ACYP2 i SPTBN1 . Nie ma aliasów dla tego genu.
mRNA
Pierwotny mRNA wytwarzany przez gen C2or73 ma długość 1921 nukleotydów . Istnieje sześć innych izoform mRNA wytwarzanych przez alternatywne składanie i zmianę długości egzonu.
| izoforma | eksony | Długość mRNA (zasady) |
|---|---|---|
| Podstawowy | 2, 3, 5, 6, 7 | 1921 |
| X1 | 2, 3, 5, 6, 7 (obcięte), 8, 9 | 1726 |
| X2 | 2, 3 (obcięte), 5, 6, 7 (obcięte) | 971 |
| X3 | 2 (obcięte), 5, 6, 7 (obcięte) | 868 |
| X4 | 4, 5, 6, 7 (obcięte) | 951 |
| X5 | 1, 5, 6, 7 (obcięte) | 1049 |
| X6 | 2, 3, 5, 7 (obcięte) | 1034 |
Białko
Białko ma masę cząsteczkową 32 142 daltonów . Istnieją cztery izoformy białek . Pierwszorzędowa izoforma (X1) ma długość 287 aminokwasów .
C2orf73 zawiera motyw krótkiej sekwencji , GDWWSH (ten motyw nie ma jeszcze żadnej znanej funkcji). Białko jest bogate w lizynę i ubogie w leucynę w porównaniu z zawartością przeciętnego ludzkiego genu i ma przewidywany punkt izoelektryczny 9,305.
| izoforma | Z izoformy mRNA | Długość (aminokwasy) | Masa cząsteczkowa (kDa) | Punkt izoelektryczny |
|---|---|---|---|---|
| X1 | Podstawowy, X1 | 287 | 32.1 | 9.305 |
| X2 | X2 | 229 | 25.4 | 9.120 |
| X3 | X3, X4, X5 | 166 | 18.1 | 9.703 |
| X4 | X6 | 143 | 16.7 | 8.790 |
Struktura
Struktura 3D dla C2orf73 nie została jeszcze określona eksperymentalnie. Po prawej stronie przedstawiono prognozę obliczeniową wykonaną przez I-TASSER .
Narzędzie PELE w Biology Workbench przewiduje trzy prawdopodobne α-helisy i jedną nić β w białku.
Modyfikacje potranslacyjne
Narzędzia GPS, NetPhos, MyHits i SUMOsp w ExPASy przewidują potencjalne modyfikacje potranslacyjne białka. Przewiduje się sześć potencjalnych miejsc fosforylacji i jedno miejsce sumoilacji .
Lokalizacja subkomórkowa
PSORT II przewiduje, że C2orf73 będzie zlokalizowany w jądrze. Potwierdza to przewidywana obecność miejsca sumoilacji, które bierze udział w jądrowym transporcie cytoplazmatycznym .
Wyrażenie
Profile GEO z NCBI pokazują, że C2orf73 ulega słabej ekspresji w następujących tkankach u ludzi: szpik kostny , wątroba, serce, płuca, mózg, rdzeń kręgowy , mięśnie szkieletowe , grasica i nabłonek .
Regulacja ekspresji
Narzędzie Genomatix El Dorado przewiduje, że wiele czynników transkrypcyjnych ma wysokie powinowactwo wiązania w 1100 parach zasad powyżej C2orf73 . Wiele czynników transkrypcyjnych normalnie reguluje procesy takie jak i różnicowanie komórek , śmierć komórek i cykl komórkowy .
Białka oddziałujące
Eksperymentalnie ustalono, że trzy białka wchodzą w interakcję z C2orf73 w eksperymentach z dwiema hybrydami drożdży .
- Domeny FCH i Double SH3 2 ( FCHSD2 ) — Funkcja nie została jeszcze zdefiniowana
- Białko szoku cieplnego Family B Member 1 ( HSPB1 ) - Wspomaga odporność komórek na stres
- SH3 Domain Binding Protein 4 ( SH3BP4 ) - Zaangażowany w endocytozę specyficznych receptorów na powierzchni komórki
Funkcjonować
Funkcja C2orf73 nie jest obecnie dobrze rozumiana przez społeczność naukową ani nikogo innego.
Homologia
W ludzkim genomie nie ma paralogów C2orf73. Ortologi można znaleźć w całym typie Chordata , ale są one ograniczone do (z kilkoma wyjątkami w innych typach królestwa Animalia , takich jak Octopus bimaculoides ).
| Gatunek | Nazwa zwyczajowa | Numer dostępu NCBI | Długość sekwencji (AA) | Miliony lat od LCA | % Tożsamość | % Podobieństwo |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Człowiek | NP_001093866.1 | 287 | - | - | - |
| Heterocephalus glaber | Nagi kretoszczur | XP_004867342.1 | 235 | 90 | 62.2 | 68.2 |
| Mus musculus | Mysz | NP_001093864.1 | 233 | 90 | 54,9 | 62,8 |
| Fukomys damarensis | Kretoszczur Damaraland | XP_010614136.2 | 288 | 90 | 75,0 | 83,7 |
| Wampir Pteropus | Duży latający lis | XP_011362281.1 | 291 | 96 | 77,7 | 82,8 |
| Eptesicus fuscus | duży brązowy nietoperz | XP_008160678.1 | 321 | 96 | 61,8 | 67,6 |
| Rhinolophus sinicus | Chiński podkowiec rudy | XP_019575083.1 | 301 | 96 | 71,4 | 79,4 |
| Erinaceus europaeus | Jeż europejski | XP_007528011.1 | 284 | 96 | 63,8 | 71,4 |
| Condylura cristata | Kret z gwiazdorskim nosem | XP_012586937.1 | 291 | 96 | 69,8 | 79,0 |
| Camelus Ferus | Dziki wielbłąd dwugarbny | XP_006174505.1 | 291 | 96 | 75,6 | 83,2 |
| Capra hircus | Koza | XP_013823176.1 | 285 | 96 | 73.1 | 77,9 |
| Bos byk | Bydło | NP_001094753.1 | 290 | 96 | 75,5 | 81,0 |
| Panthera pardus | Lampart | XP_019277335.1 | 292 | 96 | 75,0 | 82,2 |
| Ursus maritimus | Niedźwiedź polarny | XP_008698084.1 | 290 | 96 | 77,3 | 84,5 |
| Falco peregrinus | Sokół wędrowny | XP_013152712.1 | 231 | 312 | 36.2 | 44,6 |
| Apteryx mantelli | Brązowy kiwi z Wyspy Północnej | XP_013805202.1 | 197 | 312 | 36,9 | 41,9 |
| Bivittatus Pythona | Pyton birmański | XP_007425859.1 | 314 | 312 | 30,8 | 45,0 |
| Anolis carolinensis | Anol Karolina | XP_003216202.2 | 320 | 312 | 35,3 | 42,7 |
| Xenopus laevis | Afrykańska żaba szponiasta | XP_018118010.1 | 307 | 352 | 36,9 | 52.2 |
| Nanorana Parkeri | Żaba | XP_018419829.1 | 307 | 352 | 36,4 | 45,8 |
| Callorhinchus milii | Australijski Ghostshark | XP_007890694.1 | 293 | 473 | 28.0 | 34,9 |
| Ciona jelitowa | Tryskacz morski | XP_002125895.1 | 235 | 676 | 22.4 | 34,5 |
| bimakuloidy ośmiornicy | Kalifornijska ośmiornica dwukropkowa | XP_014784430.1 | 242 | 797 | 22.4 | 30,0 |
| Saccoglossus kowalevskii | Żołędziowy Robak | XP_002735239.2 | 232 | 684 | 17,9 | 27,9 |