C8orf82
Otwarta ramka odczytu chromosomu 8 82 jest białkiem kodowanym u ludzi przez gen C8orf82 .
Gen
C8orf82 to gen zlokalizowany na minusowej nici chromosomu 8 u gatunku Homo sapiens w locus 8q24. Gen ma długość 3400 zasad i zawiera 3 eksony.
mRNA
MRNA wytwarzany przez gen C8orf82 ma długość 1979 par zasad i sekwencję kodującą, która zaczyna się od zasady 159 i kończy na zasadzie 809. Według NCBI Gene nie ma alternatywnych transkryptów ani izoform . AceView wymienia kilka alternatywnych transkryptów i izoform, których istnienie jest niepewne.
Homologia
C8orf82 jest zachowany wśród bezkręgowców , ryb , gadów , ssaków i protistów . C8orf82 nie był konserwowany wśród bakterii , archeonów , roślin , grzybów ani trichoplax . Dziedzina nieznanej funkcji DUF4505 wydaje się być dobrze konserwowana wśród większości ortologów .
ortologi
Poniżej znajduje się tabela ortologów uzyskanych za pomocą Blast.
| Nazwa zwyczajowa | Rodzaj i gatunek | Data rozbieżności z ludźmi (MYA) | Numer dostępowy | Długość sekwencji (AA) | Tożsamość sekwencji dla ludzi | Podobieństwo sekwencji do ludzi |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Szympans | Panowie troglodyci | 6.6 | NP_001233407 | 216 | 98% | 98% |
| Mały brązowy nietoperz | Myotis lucifugus | 97,5 | XP_006107626 | 157 | 91% | 92% |
| Dzik | Sus scrofa | 97,5 | XP_013851838 | 269 | 53% | 56% |
| Sokół wędrowny | Falco peregrinus | 320,5 | XP_013149891 | 205 | 70% | 76% |
| pyton birmański | Bivittatus Pythona | 320,5 | XP_007436434 | 201 | 64% | 75% |
| Japoński gekon Schlegla | Gekko japonicus | 320,5 | XP_015273778 | 214 | 65% | 74% |
| Ibis czubaty | Nipponia nippon | 320,5 | XP_009466919 | 168 | 66% | 72% |
| Gołąb skalny | Kolumba Liwia | 320,5 | XP_013226589 | 159 | 59% | 67% |
| ptak kiwi | Apteryx australis mantelli | 320,5 | XP_013800585 | 318 | 55% | 64% |
| Zielony żółw | Chelonia mydas | 320,5 | XP_007063392 | 188 | 52% | 64% |
| Ślepa ryba jaskiniowa | Astyanax mexicanus | 429,6 | XP_007255700 | 217 | 63% | 75% |
| Czarny dorsz | Notothenia coriiceps | 429,6 | XP_010788219 | 237 | 61% | 71% |
| Rybka z owczej głowy | Cyprinodon variegatus | 429,6 | XP_015227424 | 166 | 57% | 65% |
| Jeżowiec | Strongylocentrotus purpuratus | 747,8 | XP_784244 | 265 | 54% | 72% |
| paziowaty motyl | Papilio polytes | 847 | XP_013133745 | 166 | 52 | 72 |
| Pszczoła miodna | Apis mellifera | 847 | XP_393829.2 | 220 | 50% | 64% |
| Grosz | Metaseiulus occidentalis | 847 | XP_003744318 | 211 | 42% | 60% |
| Gąbka | Amphimedon queenslandica | 936 | XP_003384611 | 215 | 47% | 62% |
| pierwotniaki | Tetrahymena thermophila | 1724,7 | XP_001015777.2 | 208 | 30% | 46% |
| Protista | Thecamonas trahens | ??? | XP_013760738 | 237 | 32% | 44% |
Historia ewolucyjna
C8orf82 nie należy do określonej rodziny genów i nie ma innych znanych alternatywnych izoform składania. Dotyczy to również jego najdalszego przodka.
Powyższy wykres pokazuje, jak zachowanie procentowej zawartości aminokwasów C8orf82 w czasie jest podobne do zachowania fibrynogenu i znacznie różni się od cytochromu c , co wskazuje na bardzo powolne tempo zmian w czasie.
Poniżej znajduje się wykres przedstawiający procentową zmianę tożsamości ortologów wymienionych w tabeli ortologów na podstawie dat rozbieżności ortologów .
Białko
Gen C8orf82 koduje białko określane jako UPF0598 białko C8orf82 lub po prostu C8orf82.
Właściwości ogólne
Białko ma długość 216 aminokwasów i zawiera domenę o nieznanej funkcji DUF4505. Ta domena o nieznanej funkcji jest również znana jako pfam14956. Białko ma masę cząsteczkową 23,8 kDa i punkt izoelektryczny 9,36.
Cechy kompozycyjne
że izoleucyna (0,5%) i lizyna (1,4%) w C8orf82 występują z mniejszą częstotliwością w porównaniu z innymi normalnymi ludzkimi białkami, podczas gdy prolina (9,7%) i arginina (10,6%) miały nieco wyższą częstość występowania.
Modyfikacje potranslacyjne
Przewidywane modyfikacje potranslacyjne oparte na testach ExPASy obejmują miejsca fosforylacji w kilku serynach , treoninach i tyrozynach . Ponadto wykryto również siarczanowanie tyrozyny , sumoilację , O-połączoną glikozylację , miejsca przyłączania O-ß-GlcNAc i motyw NES .
Lokalizacja subkomórkowa
Przewiduje się, że C8orf82 będzie zlokalizowany w mitochondriach przy użyciu analizy PSORT II. Wyniki k -NN przypisały 60,9% lokalizacji mitochondrialnej i 26,1% lokalizacji jądrowej.
Białka oddziałujące
ETFA oddziałuje z C8orf82 przy użyciu wysokowydajnej spektrometrii mas z oczyszczaniem powinowactwa .
Wyrażenie
Stosując barwienie przeciwciałami , większość normalnych komórek wykazała umiarkowaną immunoreaktywność cytoplazmatyczną i jądrową . Silne zabarwienie zaobserwowano w trofoblastach łożyskowych . Tkanki limfatyczne , komórki glejowe i miocyty były słabo wybarwione lub ujemne. Przeprowadzono również analizę barwienia nowotworowych , a wyniki były następujące; większość komórek złośliwych wykazywała słabą lub umiarkowaną pozytywność. Wiele przypadków złośliwych rakowiaków i chłoniaków było ujemnych. We wszystkich tych testach zastosowano tylko jedno przeciwciało (CAB034331).
z mikromacierzy wykazały, że C8orf82 jest wszechobecny.
Profil EST dla C8orf82 również wykazuje wszechobecną ekspresję.
