Caenorhabditis briggsae
| Caenorhabditis briggsae | |
|---|---|
| Klasyfikacja naukowa | |
| Królestwo: | Animalia |
| Gromada: | nicienie |
| Klasa: | Chromadorea |
| Zamówienie: | Rhabditida |
| Rodzina: | Rhabditidae |
| Rodzaj: | Caenorhabditis |
| Gatunek: |
C. briggsae
|
| Nazwa dwumianowa | |
|
Caenorhabditis briggsae (Dougherty i Nigon, 1949)
|
|
| Synonimy | |
Caenorhabditis briggsae jest małym nicieniem, blisko spokrewnionym z Caenorhabditis elegans . Różnice między tymi dwoma gatunkami są subtelne. Samiec ogona C. briggsae ma nieco inną morfologię niż C. elegans . Inne różnice obejmują zmiany w kompetencji prekursorów sromu i umiejscowienie otworu przewodu wydalniczego. C. briggsae jest często używany do badania różnic między nim a bliżej poznanym C. elegans , zwłaszcza na poziomie sekwencji DNA i białek. Wyizolowano również kilka zmutowanych szczepów C. briggsae , co ułatwia analizę genetyczną tego organizmu. C. briggsae , podobnie jak C. elegans , jest hermafrodytą . Sekwencja genomu C. briggsae została określona w 2003 roku.
Historia
C. briggsae została po raz pierwszy odkryta przez Margaret Briggs w 1944 roku. Pierwsze osobniki zostały wyizolowane ze stosu liści znalezionych na kampusie Palo Alto Uniwersytetu Stanforda . Briggs, która studiowała na stwardnienie rozsiane, zidentyfikowała nicienie jako nieznany gatunek z rodzaju Rhabditis . Zostały formalnie opisane w 1949 roku przez Dougherty'ego i Nigona i nazwane Rhabditis briggsae . Zarówno C. briggsae, jak i C. elegans (wówczas znane jako Rhabditis elegans ) zostały umieszczone w nowym podrodzaju Caenorhabditis w 1952 r. Podrodzaj ten został później podniesiony do rodzaju w 1955 r. Początkowa praca Briggsa nad organizmem dotyczyła jego cyklu życiowego w różnych rodzajach pożywek w obecności i nieobecności bakterii. Później wykorzystała organizm w badaniach nad działaniem antybiotyków. Ta praca była ważna w rozwoju aksenicznych .
Siedlisko
C. briggsae często można znaleźć w kompoście, rabatach ogrodowych, wilgotnych grzybach lub gnijących owocach bogatych w mikroorganizmy i różne składniki odżywcze. Za główne siedlisko tego organizmu uważa się często umiarkowane regiony globu, często towarzyszące jego krewnym C. elegans i C. remanei .
Przegląd genomu
Genom C. briggsae ma rozmiar około 100 Mb i przewiduje się, że koduje około 20 000 genów. Cały projekt sekwencjonowania genomu ujawnił, że genomy C. briggsae i C. elegans mają ze sobą wiele wspólnego. Na przykład oba robaki mają taką samą liczbę chromosomów (sześć), podobny rozmiar genomu i podobną liczbę genów kodujących i niekodujących białek. Dalsza analiza wykazała, że około 62% genów kodujących białka w C. briggsae ma ortologi w C. elegans . Niemniej jednak istnieje wiele interesujących cech specyficznych dla gatunku, w tym genów, które służą jako podstawa do analizy porównawczej.
Genomika porównawcza
Gatunek ten łączy się z C. nigoni w supergrupie „Elegans” w badaniach filogenetycznych.
- z C. elegans
C. briggsae to nicień glebowy, który, jak się szacuje, oddzielił się od C. elegans około 80–100 milionów lat temu, a jednak jest od niego morfologicznie prawie nie do odróżnienia. Obszary białek kodujących sekwencje są w większości zachowane między dwoma gatunkami, podczas gdy większość sekwencji międzygenowych i intronowych jest rozbieżna. Obszary podobieństwa między sekwencjami dwóch organizmów mogą sugerować eksony kodujące lub wskazywać na regiony regulatorowe i geny RNA pominięte w analizie standardowej.
Linki zewnętrzne
- Zobacz zestaw genomu cb3 w przeglądarce genomu UCSC .