Począwszy od 2011 roku, ostatni mistrz Copa Sudamericana zdobywał miejsce w turnieju. Jednak kraj mistrza Copa Sudamericana nie zyskałby dodatkowego miejsca. Mistrz Copa Sudamericana zająłby najniższe miejsce przypisane już do kraju, gdyby nie zakwalifikował się do Copa Libertadores dzięki występom w kraju.
Losowanie Copa Libertadores 2011 odbyło się 25 listopada 2010 roku w Asunción . Procedura losowania 12 drużyn w pierwszym etapie polegała na alternatywnym losowaniu drużyny z każdej puli. Procedura losowania 26 drużyn w drugim etapie polegała na losowaniu puli zaczynając od puli 1. Jedna drużyna z każdej puli była umieszczana, w kolejności losowania, w jednej z ośmiu grup od 1 do 8. Podczas losowania z puli 3, jeśli drużyna została umieszczona w grupie, w której znajdowała się już drużyna z tego samego związku piłkarskiego, była przenoszona do kolejnej grupy, dopóki nie znajdowała się już w grupie z drużyną z tego samego związku. Jednak zwycięzca pierwszego etapu może zostać wylosowany z drużyną z tego samego związku w drugim etapie.
Po raz pierwszy nastąpiły zmiany rozstawionych drużyn do drugiego etapu. Do 2010 roku wśród 8 rozstawionych drużyn znajdował się panujący mistrz oraz kluby ze związków piłkarskich Argentyny i Brazylii. W 2011 roku rozstawione drużyny składały się z miejsc 1 z Argentyny, Brazylii, Kolumbii, Ekwadoru, Peru i Wenezueli oraz miejsc 2 z Argentyny i Brazylii. Aktualny mistrz – Internacional – był numerem 1 dla Brazylii. W 2012 roku Boliwia, Chile, Paragwaj i Urugwaj miałyby swoje drużyny z miejsca 1 rozstawione zamiast drużyn z miejsca 1 z Kolumbii, Ekwadoru, Peru i Wenezueli.
Przed losowaniem ogłoszono, że Caracas będzie jedną z ośmiu rozstawionych drużyn. Jednak podczas losowania Deportivo Táchira został przypadkowo wylosowany jako rozstawiony zespół w grupie 4, a Caracas został wciągnięty do grupy 5 jako zespół nierozstawiony. Po ceremonii CONMEBOL uznał swój błąd i przeniósł Caracas do grupy 4, a Deportivo Táchira do grupy 5.
Drugi etap, rozgrywany systemem każdy z każdym u siebie i na wyjeździe , rozpoczął się 9 lutego i zakończył 20 kwietnia. Dwie najlepsze drużyny z każdej grupy zakwalifikowały się do fazy pucharowej.
Ostatnie cztery etapy turnieju (1/8 finału, ćwierćfinały, półfinały i finały), rozgrywane w formacie dwumeczowym u siebie i na wyjeździe, tworzą turniej pojedynczej eliminacji, w którym bierze udział szesnaście drużyn , które awansują z II etapu. W każdym remisie drużyna z wyższym rozstawieniem zagra u siebie w rewanżu.
Wysiew
16 zakwalifikowanych drużyn jest rozstawianych w fazie pucharowej zgodnie z ich wynikami w drugiej fazie, przy czym zwycięzcy grup rozstawiają się z miejscami 1–8, a wicemistrzowie grup rozstawiają się z miejscami 9–16. Zespoły zostały sklasyfikowane według: 1. Punktów (Pkt); 2. Różnica bramek (GD); 3. Strzelone bramki (GF); 4. Gole na wyjeździe (AG); 5. Losowanie.
Finały rozgrywane były w dwóch meczach, a drużyna z wyższymi miejscami grała w rewanżu u siebie. Gdyby drużyny miały taką samą liczbę punktów i różnicę bramek na koniec regulaminowego meczu w rewanżu, zasada bramek na wyjeździe nie zostałaby zastosowana i rozegrano by 30 minut dogrywki . Jeśli po dogrywce nadal będzie remis, o tytule zadecydują rzuty karne .