Desulfitobacterium hafniense
| Desulfitobacterium hafniense | |
|---|---|
| Klasyfikacja naukowa | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: | |
| Gatunek: |
D. hafniense
|
| Nazwa dwumianowa | |
|
Desulfitobacterium hafniense Christiansen i Ahring 1996
|
|
Desulfitobacterium hafniense jest gatunkiem bakterii Gram-dodatnich, jej typem szczepu jest DCB- 2 T. (identyfikator taksonomii NCBI 272564; DSM 10664).
D. hafniense to beztlenowe bakterie tworzące przetrwalniki . Większość opisanych izolatów to fakultatywnie bakterie oddychające halogenoorganiczne, zdolne do redukcyjnego odchlorowania związków halogenoorganicznych , takich jak chlorofenole i tetrachloroeten . Komórki D. hafniense mają kształt pręta, długość od 3,3 do 6 μm i szerokość od 0,6 do 0,7 μm, są ruchliwe , a każda komórka ma jedną lub dwie wici końcowe . Wszystkie badane szczepy są oporne na antybiotyk wankomycynę .
Na przestrzeni lat opisano kilka dodatkowych szczepów należących do gatunku hafniense z różnych środowisk. Szczepy PCP-1, TCE1, DP7, TCP-A i G2 zostały pierwotnie opublikowane jako przedstawiciele odrębnego gatunku Frappieri, ale obecnie uważa się, że wszystkie należą do gatunku hafniense .
| Napięcie | Źródło | DSM |
|---|---|---|
| DCB-2 T | Osady ściekowe | 10664 |
| PCP-1 | Osady ściekowe | 12420 |
| TCP-A | Osad rzeczny | 13557 |
| GBFH | Osad rzeczny | --- |
| Y51 | Zanieczyszczona gleba | --- |
| TCE1 | Zanieczyszczona gleba | --- |
| PCE-S | Zanieczyszczona gleba | 14645 |
| G2 | Podpowierzchniowe | 16228 |
| DP7 | Ludzkie odchody | 13498 |
| LBE | nie opisane | --- |
Genomy
Genom D. hafniense zawiera maszynerię zarówno dla pirolizyny , jak i selenocysteiny , co czyni go jedynym znanym organizmem, który potencjalnie wykorzystuje 22 aminokwasy w translacji białek. Szczep Desulfitobacterium hafniense DCB-2 T ma pojedynczy kolisty genom, który zawiera 5,78 Mbp kodujący 5045 genów. Genom Desulfitobacterium hafniense DCB-2 T zawiera siedem genów kodujących dehalogenazy redukujące, pięć z nich wydaje się być funkcjonalnych, a dwa są zakłócone przez mutacje.
Pełna informacja o sekwencji genomu jest dostępna dla dziewięciu szczepów desulfitobacterium hafniense . Wszystkie mają wielkość genomu w zakresie od 5 do 5,7 Mbp, żaden z sekwencjonowanych szczepów nie zawiera żadnych plazmidów. Genomy kodują tylko ograniczoną liczbę redukujących dehalogenaz , oprócz genów wykorzystujących szeroką gamę donorów i akceptorów elektronów.
| Napięcie | Rozmiar genomu (Mbp) | Liczba redukcyjna dehalogenazy |
Genom opisany |
|---|---|---|---|
| Y51 | 5,7 | 1 | 2006 |
| DCB-2 T | 5,3 | 7 | 2012 |
| PCE-S | 5,7 | 2 | 2015 |
| DH | 5,4 | 0 | 2016 |
| TCE1 | 5,7 | 1 | 2017 |
| PCP-1 | 5,6 | 7 | 2017 |
| LBE | 5,5 | 2 | 2017 |
| DP7 | 5,2 | 0 | 2017 |
| TCP-A | 5 | 5 | 2017 |
Dalsza lektura
- Villemur R, Lanthier M, Beaudet R, Lépine F (wrzesień 2006). „Rodzaj Desulfitobacterium” . Recenzje mikrobiologiczne FEMS . 30 (5): 706–33. doi : 10.1111/j.1574-6976.2006.00029.x . PMID 16911041 .
- Nonaka H, Keresztes G, Shinoda Y, Ikenaga Y, Abe M, Naito K, Inatomi K, Furukawa K, Inui M, Yukawa H i in. (marzec 2006). „Pełna sekwencja genomu bakterii dehalorespirującej Desulfitobacterium hafniense Y51 i porównanie z Dehalococcoides ethenogenes 195” . Journal of Bacteriology . 188 (6): 2262-74. doi : 10.1128/JB.188.6.2262-2274.2006 . PMC 1428132 . PMID 16513756 .
- Kim SH, Harzman C, Davis JK, Hutcheson R, Broderick JB , Marsh TL, Tiedje JM (luty 2012). „Sekwencja genomu Desulfitobacterium hafniense DCB-2, Gram-dodatniego beztlenowca zdolnego do dehalogenacji i redukcji metali” . BMC Mikrobiologia . 12 (1): 21. doi : 10.1186/1471-2180-12-21 . PMC 3306737 . PMID 22316246 .
- Lanthier M, Juteau P, Lépine F, Beaudet R, Villemur R (luty 2005). „Desulfitobacterium hafniense występuje w dużej proporcji w biofilmach wysokowydajnego, metanogennego reaktora ze stałą warstwą, rozkładającego pentachlorofenol” . Mikrobiologia stosowana i środowiskowa . 71 (2): 1058–65. doi : 10.1128/AEM.71.2.1058-1065.2005 . PMC 546785 . PMID 15691966 .
- Villemur R (kwiecień 2013). „Dehalogenujący pentachlorofenol Desulfitobacterium hafniense szczep PCP-1” . Transakcje filozoficzne Royal Society of London. Seria B, nauki biologiczne . 368 (1616): 20120319. doi : 10.1098/rstb.2012.0319 . PMC 3638460 . PMID 23479749 .