Erwiniaceae
| Erwiniaceae | |
|---|---|
| Naukowa klasyfikacja | |
| Domena: | Bakteria |
| Gromada: | pseudomonadota |
| Klasa: | Gammaproteobakterie |
| Zamówienie: | Enterobacterale |
| Rodzina: |
Erwiniaceae Adeolu i in., 2016 |
| Rodzaje | |
|
|
Erwiniaceae to rodzina bakterii Gram-ujemnych , która obejmuje wiele patogenów roślinnych i endosymbiontów owadów. Ta rodzina jest członkiem rzędu Enterobacterales w klasie Gammaproteobacteria typu Pseudomonadota . Rodzajem typowym tej rodziny jest Erwinia .
Nazwa Erwiniaceae pochodzi od łacińskiego terminu Erwinia , odnoszącego się do rodzaju rodziny i przyrostka „-aceae”, końcówki używanej do określenia rodziny. Razem Erwiniaceae odnosi się do rodziny, której typem nomenklaturowym jest rodzaj Erwinia .
Charakterystyka biochemiczna i sygnatury molekularne
Bakterie te są katalazo-dodatnie, oksydazo-ujemne i nie wytwarzają indolu ani dwusiarczku wodoru. Większość gatunków jest dodatnia w teście Vogesa-Proskauera , z wyjątkiem Erwinia toletana, Erwinia ypographi i niektórych szczepów Erwinia oleae.
12 konserwatywnych indeli sygnaturowych (CSI) zidentyfikowano za pomocą analiz genomowych jako wyłącznych dla tej rodziny w białkach ligaza glutaminianowo-cysteinowa , gyraza DNA (podjednostka B), białko montażowe LPS LptD, tiol: białko wymiany dwusiarczkowej prekursor DsbA, dwuskładnikowy czujnik histydyny kinaza , helikaza RNA , syntaza pseudourydyny(13) tRNA TruD, białko wiążące ATP glicyny/betainy ABC, dysmutaza ponadtlenkowa i białko CsiE indukowane fazą stacjonarną. Te CSI zapewniają wiarygodną molekularną metodę identyfikacji i różnicowania Erwiniaceae od innych rodzin w kolejności Enterobacterales i innych bakterii.
Systematyka historyczna i aktualna taksonomia
Erwiniaceae od 2021 r. Zawiera osiem ważnie opublikowanych rodzajów. Członkowie tej rodziny byli pierwotnie członkami rodziny Enterobacteriaceae , dużej niepowiązanej filogenetycznie grupy gatunków o odrębnych cechach biochemicznych i różnych niszach ekologicznych. Pierwotne przypisanie gatunków do rodziny Enterobacteriaceae było w dużej mierze oparte na analizach sekwencji genomu 16S rRNA, o którym wiadomo, że ma niską moc dyskryminacyjną, a którego wyniki zależą od zastosowanego algorytmu i informacji o organizmie. Mimo to analizy nadal wykazywały rozgałęzienia polifiletyczne, co wskazuje na obecność odrębnych podgrup w obrębie rodziny.
W 2016 roku Adeolu i in. zaproponowali podział Enterobacteriaceae na 7 nowych rodzin w oparciu o porównawcze analizy genomiczne i wzór rozgałęzień różnych drzew filogenetycznych zbudowanych z konserwatywnych sekwencji genomu, sekwencji 16S rRNA i analiz sekwencji multilocus. Markery molekularne, szczególnie zachowane indele sygnaturowe , charakterystyczne dla tej rodziny, zostały również zidentyfikowane jako dowód potwierdzający podział niezależny od drzew filogenetycznych.