Ewolucyjna klasyfikacja domen białkowych
| Treść | |
|---|---|
| Przechwycone typy danych |
Domeny białkowe |
| Kontakt | |
| Centrum Badań | Grishin Lab, University of Texas Southwestern Medical Center |
| Autorski | H. Cheng, RD Schaeffer, Y. Liao, LN Kinch, J. Pei, S. Shi, BH Kim, NV Grishin. |
| Cytowanie podstawowe | PMID 25474468 |
| Data wydania | 2014 |
| Dostęp | |
| Strona internetowa | http://prodata.swmed.edu/ecod/ |
| Różnorodny | |
| Wersja | na bieżąco aktualizowane |
| Polityka kuracji | podręcznik dla nowych białek; zautomatyzowane dla tych z bliskimi dopasowaniami |
Ewolucyjna Klasyfikacja Domen Białkowych ( ECOD ) to biologiczna baza danych , która klasyfikuje domeny białkowe dostępne w Protein Data Bank . ECOD próbuje określić ewolucyjne relacje między białkami.
Podobnie jak Pfam , CATH i SCOP , ECOD kompiluje domeny zamiast całych białek. Jednak ECOD bardziej skupia się na związkach ewolucyjnych: zamiast grupować białka według fałd , które mogą po prostu reprezentować zbieżną ewolucję , ECOD grupuje białka tylko na podstawie możliwej do wykazania homologii .
- Bibliografia _ Schaeffer, RD; Liao, Y; Kinch, LN; Pei, J; Shi, S; Kim, BH; Grishin, NV (grudzień 2014). „ECOD: ewolucyjna klasyfikacja domen białkowych” . Biologia obliczeniowa PLOS . 10 (12): e1003926. Bibcode : 2014PLSCB..10E3926C . doi : 10.1371/journal.pcbi.1003926 . PMC 4256011 . PMID 25474468 .