Fiona Brinkman

Brinkmana w 2013 roku

Fiona Brinkman (z domu Lawson) jest profesorem bioinformatyki i genomiki na Wydziale Biologii Molekularnej i Biochemii na Uniwersytecie Simona Frasera w Kolumbii Brytyjskiej w Kanadzie i jest liderem w dziedzinie bioinformatyki drobnoustrojów . Jest zainteresowana rozwojem „bardziej zrównoważonych, holistycznych podejść do kontroli chorób zakaźnych i ochrony mikrobiomów”.

Edukacja

Brinkman otrzymała tytuł licencjata. Doktoryzowała się z biochemii na Uniwersytecie Waterloo w 1990 roku i uzyskała tytuł doktora. pod kierunkiem dr Jo-Anne Dillon na Uniwersytecie w Ottawie w 1996 roku. Odbyła dwa staże podoktoranckie na Uniwersytecie Kolumbii Brytyjskiej pod kierunkiem dr Roberta (Boba) Hancocka i Ann Rose. Chociaż pierwotnie była z wykształcenia mikrobiologiem, zainteresowała się bioinformatyką podczas studiów podyplomowych i podoktoranckich, łącząc te dziedziny, kiedy w 2001 roku założyła własną grupę skupioną na bioinformatyce patogenów/mikrobiologii na Uniwersytecie Simona Frasera.

Badania

Obecne zainteresowania badawcze Brinkmana koncentrują się wokół lepszego zrozumienia ewolucji drobnoustrojów i ulepszania metod obliczeniowych, które pomagają w analizie drobnoustrojów i opracowywaniu nowych szczepionek, leków i diagnostyki chorób zakaźnych . Coraz częściej jej metody były stosowane do bardziej środowiskowych zastosowań. Jest znana z opracowania PSORTb, najdokładniejszej dostępnej metody obliczeniowego przewidywania lokalizacji subkomórkowej białek i pierwszej metody obliczeniowej, która przekroczyła dokładność niektórych popularnych wysokowydajnych metod laboratoryjnych do takiej analizy lokalizacji subkomórkowej . Ta metoda pomaga przewidywać powierzchnię komórki i wydzielane białka w komórce bakteryjnej, które mogą być odpowiednimi celami leków, składnikami szczepionek lub diagnostyką. Opracowała również metody bioinformatyczne, które pomagają w dokładniejszej identyfikacji wysp genomowych (np. IslandViewer ) i ortologów (np. OrtolugeDB ). Jej badania dostarczyły nowych informacji na temat ewolucji patogenów i roli, jaką poziome transfery genów i wyspy genomowe. Potwierdziła anegdotyczne założenie, że czynniki wirulencji (geny chorobotwórcze w patogenach) są nieproporcjonalnie związane z wyspami genomowymi. Była jednym z pierwszych naukowców, którzy wykorzystali sekwencjonowanie całego genomu do wspomagania badań epidemii chorób zakaźnych („epidemiologia genomowa”), integrując dane dotyczące sekwencji genomu z analizą sieci społecznościowych. Była zaangażowana w projekt genomu Pseudomonas i jest koordynatorem bazy danych genomu Pseudomonas , bazy danych genomowych gatunków Pseudomonas i powiązanych adnotacji, która jest stale aktualizowana. Opracowała również bazy danych (tj. InnateDB i Allergy and Asthma Portal), aby wspomóc bardziej systemową analizę zaburzeń immunologicznych i odpowiedzi immunologicznej na infekcje u ludzi i innych zwierząt – bazy danych, które pomogły w identyfikacji nowych leków immunomodulujących. Jest coraz bardziej zainteresowana zastosowaniem swoich metod w zastosowaniach środowiskowych w ramach szerszego zainteresowania opracowywaniem podejść do bardziej holistycznej, zrównoważonej kontroli chorób zakaźnych i ochrony mikrobiomu - opracowywaniem podejść, które mogą ograniczać selekcję pod kątem oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe, poprawiać śledzenie patogenów i ich pochodzenia i lepiej uwzględniać ważną rolę zmian społecznych i środowiska w kształtowaniu mikrobiomów.

Nagrody

Profesjonalny serwis

Brinkman od dawna interesuje się szkoleniami z zakresu bioinformatyki, ulepszaniem przetwarzania danych biologicznych/bioinformatycznych oraz opracowywaniem skutecznych standardów danych bioinformatycznych i baz danych, w tym projektu adnotacji społeczności Pseudomonas aeruginosa i bazy danych genomu Pseudomonas .

Przewodniczy Radzie Naukowej Europejskiego Archiwum Nukleotydów (EMBL-EBI) i jest członkiem kilku innych rad, w tym Rady Dyrektorów Genome Canada i Naukowej Rady Doradczej REACTOME . Brinkman współprzewodniczy również projektowi i konsorcjum Integrated Rapid Infectious Disease Analysis (IRIDA) oraz jest członkiem-założycielem konsorcjum Genomic Epidemiology Ontology (GenEpiO) i Food Ontology Group (FoodOn).

W społeczności akademickiej Vancouver Brinkman jest obecnie współdyrektorem Programu Szkolenia Absolwentów Bioinformatyki prowadzonego przez Simon Fraser University, University of British Columbia i BC Cancer Agency oraz jako przedstawiciel SFU w Canadian Society of Microbiologists . Jest głównym członkiem wydziału kanadyjskich warsztatów bioinformatycznych .

Znani absolwenci jej laboratorium to Jennifer Gardy .

Biografia osobista

Brinkman, córka szkockich rodziców, urodziła się w Melbourne w Australii w 1967 roku. Jako dziecko wyemigrowała do Kanady , gdzie dorastała głównie w Mississauga w Ontario. Brinkman mieszka w Coquitlam ze swoją rodziną, w tym synem i córką.

Zobacz też

Linki zewnętrzne

Pobrano z „ https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Fiona_Brinkman&oldid=1130928873 ”