Gottfriedia
| Klasyfikacja naukowa | |
|---|---|
| Gottfriedii | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: |
Gottfriedia Gupta i in. 2020
|
| Gatunek | |
Informacje na podstawie LPSN 2021 |
|
Gottfriedia to rodzaj Gram-dodatnich lub Gram-zmiennych bakterii w kształcie pałeczek z rodziny Bacillaceae z rzędu Bacillales . Gatunkiem typowym dla tego rodzaju jest Gottfriedia luciferensis.
Członkowie Gottfriedia zostali przeniesieni z polifiletycznego rodzaju Bacillus , którego skomplikowana taksonomia międzygatunkowa powstała w wyniku niejasnych kryteriów stosowanych przy przypisywaniu nowych bakterii do rodzaju. Rozległa polifilia rodzaju została uznana przez społeczność naukową za problem, co zaowocowało publikacją wielu badań filogenetycznych w celu wyjaśnienia taksonomii tego rodzaju. W rezultacie Bacillus został ograniczony tylko do gatunków blisko spokrewnionych z Bacillus subtilis i Bacillus cereus , a wiele gatunków zostało przeniesionych do nowych rodzajów, takich jak Virgibacillus , Solibacillus , Brevibacillus i Ectobacillus .
Nazwa Gottfriedia została wybrana, aby uczcić niemieckiego naukowca i przyrodnika Christiana Gottfrieda Ehrenberga (1795–1876), który początkowo zaproponował nazwę Bacillus dla kształtu pręta i aby uznać jego wkład w badania organizmów mikroskopijnych.
Charakterystyka biochemiczna i podpisy molekularne
Członkowie rodzaju Gottfriedia są albo tlenowi , albo fakultatywnie beztlenowi . Wszystkie gatunki endospory , a niektóre są ruchliwe . Gottfriedia może przetrwać w temperaturach od 15 do 45 ° C (59 do 113 ° F), ale optymalny wzrost występuje w zakresie 30–40 ° C (86–104 ° F).
Zidentyfikowano 14 CSI dla tego rodzaju w białkach transportera ABC , białku wiążącym substrat, podjednostce helikazy-egzonukleazy, podjednostce AddAB, podjednostce AddA, transporterze MFS, podjednostce B transferazy 3-oksokwasu CoA , białku z rodziny syntazy LTA, siarczanowym transporterze ABC, podjednostce permeazy CysW, metylotransferaza RNA zależna od SAM klasy I, miejscowo specyficzna rekombinaza tyrozynowa XerD, dehydrogenaza 3-izopropylomalanowa , 5-oksoprolinaza podjednostka PxpB, transporter wypływu z rodziny MATE, permeaza transportera ABC, metalohydrolaza fałdowa MBL i białko z rodziny YitT i w większości przypadków jest wspólne dla wszystkich członków tego rodzaju. Te sygnatury molekularne zostały zidentyfikowane za pomocą analiz sekwencji genomu Gottfriedia i zapewniają niezawodny sposób odróżnienia członków tego rodzaju od innych rodzajów i bakterii Bacillaceae .
Taksonomia
Gottfriedia występują łącznie trzy gatunki z ważnie opublikowanymi nazwami . Stwierdzono, że członkowie tego kladu tworzą gałąź monofiletyczną w różnych drzewach filogenetycznych utworzonych na podstawie połączonych sekwencji z różnych zestawów danych konserwowanych białek i sekwencji genomu rybosomalnego RNA 16S. Wzór rozgałęzienia tego kladu znajduje również odzwierciedlenie w bazie danych taksonomii genomu .