HLA-DQ4
|
HLA-DQ4 ( MHC klasy II , antygen powierzchniowy komórki DQ )
|
|||
|
|||
| Ilustracja HLA-DQ z peptydem gliadyny w kieszeni wiążącej. | |||
| Haplotyp cis | Haplotyp | ||
| izoforma, | podtyp | DQA1 | DQB1 |
| DQ α 3 β 4.1 | DQ4.3a | *0401 | |
| DQ α 3 β 4.2 | DQ4.3b | *0303 | *0402 |
| DQ α 4 β 4.2 | DQ4.2 | *0402 | |
HLA-DQ4 (DQ4) to podgrupa serotypów w obrębie serotypów HLA-DQ (DQ). Serotyp jest określany przez rozpoznawanie przez przeciwciało podzbioru β4 łańcuchów β DQ. Łańcuch β DQ jest kodowany przez HLA-DQB1 , a DQ4 jest kodowany przez grupę alleli HLA-DQB1 *04 . Ta grupa zawiera obecnie 2 wspólne allele, DQB1 *0401 i DQB1 *0402 . HLA-DQ4 i HLA-DQB1*04 są niemal synonimami w znaczeniu. Łańcuchy β DQ4 łączą się z łańcuchami α, kodowanymi przez genetycznie połączony HLA-DQA1 alleli, tworząc cis - izoformy haplotypu . Te izoformy, nazywane DQ4.3 i DQ4.4, są również kodowane odpowiednio przez geny DQA1 *0303 i DQA1 *0401 .
Serotyp
| DQB1* | DQ4 | DQ3 | Próbka |
| allel | % | % | rozmiar (N) |
| 71 | 10 | 176 | |
| 86 | 2 | 1085 | |
| Czerwony wskazuje poziom „fałszywej” reakcji w serotypach innych niż DQ4 | |||
Allele
DQB1*0401
DQB1*0402
Haplotypy
DQ4.3
DQA1*0303:DQB1*0401 jest powiązany z DRB1*0405 i jest powszechny na zachodnim brzegu Pacyfiku, od Indonezji po Japonię i obszary śródlądowe Azji Wschodniej. W Japonii nadaje podatność na cukrzycę młodzieńczą prawdopodobnie za pośrednictwem genu DR4.
DQA1*0303:DQB1*0402 występuje głównie w północno-wschodniej Azji i na zachodnim wybrzeżu Pacyfiku. Jest podobny do DQA1*0303:DQB1*0402.
DQ4.2
DQA1*0401:DQB1*0402 ma globalny rozkład trimodalny. Najwyższe częstotliwości występują w górskich regionach nowego świata, osiągając szczyt w północno-zachodnim Meksyku iw Andach . Występuje również w dużych ilościach w Namibii i Botswanie . Pomiędzy tymi dwiema populacjami jest umiarkowanie wysoki w Ainu w północnej Japonii.
DQ4 i choroba
DQ4 jest powiązany z:
- młodzieńcza retinopatia cukrzycowa
Haplotyp DR8-DQ4 jest powiązany z
- raki brodawkowate tarczycy
- młodzieńcze idiopatyczne zapalenie stawów poprzez allel DR8,
- przewlekła infekcja chlamydią ,
- prawdopodobnie pęcherzyca
DR4-DQ4(DRB1*0405:DQB1*0401) jest powiązany z:
- autoimmunologiczne zapalenie trzustki,
- młodzieńcza cukrzyca typu 1 ,
- reumatoidalne zapalenie stawów po japońsku
Haplotyp DQA1*0303:DQB1*04 jest powiązany z:
- Choroba Leśniowskiego-Crohna po japońsku.
Inne wymienione choroby to wysokościowy obrzęk płuc , choroba Vogta-Koyanagiego-Harady (DRB1*0405, patrz powyższa tabela dla języka japońskiego), oporność na HIV w USA i hemofilia A (odpowiedź na inhibitor FVIII).
Dystrybucja DQ4
| DQ | DR - DQ | DR | DQ | Częstotliwość | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Serotyp | haplotyp | B1 | A1 | B1 | % | ranga | ||
| DQ4 | DR4 - DQ4 | 0405 | 0303 | 0401 | 14. | 3 | ² | |
| 0410 | 0303 | 0402 | 1. | 9 | 11 | |||
| DR8 - DQ4 | 0802 | 0401 | 0402 | 1. | 3 | 15 | ||
| DQ5 | DR1 - DQ5 | 0101 | 0101 | 0501 | 6. | 4 | 5 | |
| DR14 - DQ5 | 1401 | 0104 | 0502 | 1. | 1 | 17 | ||
| 1401 | 0104 | 0503 | 0. | 8 | 18 | |||
| 1405 | 0104 | 0503 | 1. | 6 | 13 | |||
| DQ6 | DR8 - DQ6 | 0803 | 0103 | 0601 | 9. | 3 | 4 | |
| DR13 - DQ6 | 1302 | 0102 | 0604 | 6. | 0 | 6 | ||
| DR15 - DQ6 | 1502 | 0103 | 0601 | 12. | 9 | ³ | ||
| 1501 | 0102 | 0602 | 6. | 0 | 7 | |||
| DQ7 | DR11 - DQ7 | 1101 | 0505 | 0301 | 1. | 8 | 12 | |
| DR12 - DQ7 | 1201 | 0505 | 0301 | 2. | 7 | 9 | ||
| 1202 | 0601 | 0301 | 1. | 3 | 15 | |||
| DR14 - DQ7 | 1403 | 0503 | 0301 | 1. | 4 | 14 | ||
| DQ8 | DR4 - DQ8 | 0403 | 0301 | 0302 | 1. | 9 | 10 | |
| 0406 | 0301 | 0302 | 3. | 4 | 8 | |||
| DR8 - DQ8 | 0802 | 0401 | 0302 | 0. | 7 | 19 | ||
| DQ9 | DR9 - DQ9 | 0901 | 0302 | 0303 | 16. | 0 | 1 | |
Tabela po lewej pokazuje wartości japońskich (wartości przekonwertowane z częstotliwości fenotypów na częstości haplotypów w celu zachowania spójności) typów DR-DQ. Ta tabela została tutaj przedstawiona ze względu na różnorodność typów DQ4 w populacji japońskiej, której nie widziano gdzie indziej. DQ4 jest zazwyczaj rzadki w większości krajów na świecie, ale tam, gdzie pojawia się częściej, jest coś interesującego. Węzeł DQ4 znajduje się z haplotypem DQA1 * 0401: DQB1 * 0402 (DQ4.24 dla tej strony) w północno-zachodnim Meksyku i górskim regionie zachodniej Ameryki Południowej, osiągając 40% częstotliwości haplotypów na tym obszarze. Poza rdzenną ludnością amerykańską DQ4.24 jest podwyższony o 10% w Ainu na Hokkaidō w Japonii. Istnieje wiele innych haplotypów AB, które sugerują związek między populacjami Ajnów a populacjami mezoamerykańskimi i andyjskimi, a także Lakota Sioux mają poziomy DQ4 wyższe niż Ajnowie. Powiązanie DQ4 w Azji wydaje się być najsilniejsze z DR8 (DR*0801, DR*0802, DR*0804) dla DQ4.24, a częstotliwość jest wyższa od Wyspy Riukiu do Ochocka, Ulczi, Negidalu, Tofalaru o około 10% spadają w Mansi o 4% i są punktowane pomiędzy nimi. Różnorodność haplotypów DQB1*0402 wydaje się być skupiona wokół rzeki Amur/łańcucha wysp japońskich, a różnorodność DQB1*0401 z grubsza przebiega według podobnego wzorca. DQ4.24 jest również wysoki u Szwedów, jednak może to być spowodowane przepływem genów ze wschodu na zachód, który można prześledzić w innych loci HLA.
Ponieważ DQA1*0401:DQB1*0402 występuje w !Kung, można rozsądnie założyć, że wyewoluował w Afryce i migrował z jedną z kilku potencjalnych fal, prawdopodobnie najwcześniejszą. Prześledzenie szlaku migracji jest niezwykle trudne, ale wydaje się, że jako wczesne rozmieszczenie ludzi postulowano możliwy drugi węzeł ekspansji w Azji Środkowej, a nie szlak Zachodniego Pacyfiku / szlak austro-indyjski. Wydaje się, że najpowszechniejsze haplotypy w !Kung (na przykład Cw-B), które pojawiają się również w Eurazji, były związane z najwcześniejszą migracją i sugerują migrację przybrzeżną; jednak stosunkowo wysokie częstotliwości w dorzeczu Ainu i Amur sugerują migrację przez Zabajkał, co jest zgodne z archeologią od około 18 kya. Przy takiej trasie można się spodziewać, że Koreańczycy będą wyżej niż Japończycy, a Japończycy wyżej, Ryukyuanie, jeszcze wyżej niż aborygeni z Tajwanu. Z zachodu częstotliwości genów w regionie Lewantu i Morza Czarnego są na poziomach „dyfuzyjnych”, podczas gdy u zaratusztrian z regionu Yadz istnieją obszary o zwiększonej częstotliwości (DQA1*0401 i DQB1*0402). Tak więc haplotyp DR8-DQ4.24 jest prawdopodobnie haplotypem pochodzenia zachodniego.
DR4-DQA1*0303:DQB1*040X można znaleźć przy wysokich częstotliwościach w grupach górskich PNG, ale nie w DQ4.24. DR*0405 i DR*410 są specyficznie związane z tymi typami DQ i istnieje pewna różnorodność haplotypów. Wydaje się więc, że obecność DQA1*03:DQB1*04 pochodzi z zachodniego wybrzeża Pacyfiku u Japończyków i bliższej Syberii, ale niestety nie ma obecnie typowania tych haplotypów w rdzennej populacji Tajwanu. Obecność w Indonezji może być wynikiem wstecznego przepływu genów, który można ustalić za pomocą innych typów HLA, jak również mtDNA.