Informacje hiperlinkowane przez białka
Information Hyperlinked over Proteins (lub iHOP ) to internetowa usługa eksploracji tekstu , która zapewnia sieć sterowaną genami w celu uzyskania dostępu do abstraktów PubMed . Serwis został założony przez Roberta Hoffmanna i Alfonso Valencia w 2004 roku.
Koncepcja leżąca u podstaw iHOP polega na tym, że wykorzystując geny i białka jako hiperłącza między zdaniami a abstraktami, informacje w PubMed można przekształcić w jeden zasób, w którym można nawigować. Poruszanie się po powiązanych ze sobą zdaniach w tej sieci zamiast konwencjonalnego wyszukiwania słów kluczowych pozwala na stopniowe i kontrolowane pozyskiwanie informacji. Co więcej, tę sieć literaturową można nałożyć na eksperymentalne dane interakcji, aby ułatwić jednoczesną analizę nowej i istniejącej wiedzy. Według stanu na wrzesień 2014 r. sieć prezentowana w iHOP zawiera 28,4 mln zdań i 110 000 genów z ponad 2700 organizmów, w tym organizmów modelowych Homo sapiens , Mus musculus , Drosophila melanogaster , Caenorhabditis elegans , Danio rerio , Arabidopsis thaliana , Saccharomyces cerevisiae i Escherichia coli .
System iHOP wykazał, że nawigując od genu do genu, odległe koncepcje medyczne i biologiczne mogą być połączone tylko niewielką liczbą genów; wykazano, że najkrótsza ścieżka między dwoma genami obejmuje średnio cztery geny pośrednie.
Architektura systemu iHOP składa się z dwóch odrębnych części: „fabryki iHOP” oraz aplikacji webowej. Fabryka iHOP zarządza danymi źródłowymi PubMed (dane tekstowe i genowe) i organizuje je w ramach PostgreSQL . Fabryka iHOP wytwarza również odpowiednie XML do wyświetlenia przez aplikację internetową.
Korzystanie z iHOP jest bezpłatne i jest objęte licencją Creative Commons BY-ND .