Lederbergia
| Klasyfikacja naukowa | |
|---|---|
| Lederbergii | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: |
Lederbergia Gupta i in. 2020
|
| Gatunek | |
Informacje na podstawie LPSN 2021 |
|
Lederbergia to rodzaj Gram-dodatnich lub Gram-zmiennych bakterii w kształcie pałeczek z rodziny Bacillaceae z rzędu Bacillales . Gatunkiem typowym dla tego rodzaju jest Lederbergia galactosidilyticus.
Lederbergia składa się z gatunków pierwotnie należących do rodzaju Bacillus , którego skomplikowane ewolucyjne relacje międzygatunkowe były od dawna badane przez społeczność naukową. Polifiletyczny charakter rodzaju wynikał z niejasnych kryteriów stosowanych do przypisywania gatunków do kladu . Wiele badań skupionych na analizach filogenetycznych i porównawczych genomicznych miało na celu wyjaśnienie taksonomii rodzaju, co doprowadziło do ograniczenia rodzaju Bacillus do gatunków blisko spokrewnionych z Bacillus subtilis i Bacillus cereus , jak również przenosi wiele gatunków do nowych nowych rodzajów, takich jak Virgibacillus , Solibacillus , Brevibacillus i Ectobacillus .
Nazwa Lederbergia została nazwana na cześć amerykańskiej mikrobiolog profesor Esther Miriam Zimmer Lederberg (1922-2006), aby uczcić jej pionierski wkład w dziedzinie genetyki bakterii i mikrobiologii.
Charakterystyka biochemiczna i podpisy molekularne
Członkowie rodzaju Lederbergia mogą być bakteriami tlenowymi lub fakultatywnie beztlenowymi . Wszystkie są komórkami tworzącymi przetrwalniki i ogólnie ruchliwymi . Są katalazo-dodatnie , oksydazo -ujemne i ureazo -ujemne. Gatunki można znaleźć w mleku, glebie i faunie trawiennej. Optymalne tempo wzrostu członków tego rodzaju występuje w zakresie 25–37 ° C (77–99 ° F).
Cztery konserwatywne indele sygnaturowe (CSI) zidentyfikowano za pomocą analizy sekwencji genomu jako specyficzne dla rodzaju Lederbergia w białkach, takich jak helikaza pudełkowa DEAD/DEAH , integraza błonowa z rodziny YidC SpoIIIJ, deformylaza peptydowa i permeaza z rodziny NCS2. Te CSI dostarczają nowatorskich i niezawodnych środków do odróżnienia Lederbergia od innych rodzajów i bakterii Bacillaceae na poziomie molekularnym.
Taksonomia
Lederbergia występuje łącznie 6 gatunków z ważnie opublikowanymi nazwami . W różnych drzewach filogenetycznych skonstruowanych na podstawie połączonych sekwencji z różnych zestawów danych białkowych, a także 16S rRNA, członkowie tego rodzaju utworzyli gałąź monofiletyczną, co wskazuje na ich ewolucyjne pokrewieństwo. Ten wzór rozgałęzień znalazł również odzwierciedlenie w bazie danych taksonomii genomu .
Istnieje jeden nieważnie opublikowany gatunek, Bacillus niameyensis , który również niezawodnie rozgałęzia się z innymi członkami kladu Lederbergia , a także ma wspólne unikalne markery molekularne. Jednak przeniesienie nie zostało zaproponowane dla tego gatunku ze względu na brak informacji o szczepach kulturowych, co pokazuje, jak ważne jest późniejsze ponowne odwiedzanie tego rodzaju w celu dodatkowych analiz, gdy informacje o sekwencji ich genomu i szczepach hodowlanych staną się dostępne.