Neobacillus
| Klasyfikacja naukowa | |
|---|---|
| Neobacillus | |
| Domena: | Bakteria |
| Gromada: | Bacillota |
| Klasa: | pałeczki |
| Zamówienie: | Pałeczki |
| Rodzina: | Bacillaceae |
| Rodzaj: |
Neobacillus Patel i Gupta 2020 |
| Gatunek | |
|
|
Neobacillus to rodzaj bakterii w kształcie pałeczki, które wykazują barwienie Gram-dodatnie lub Gram-zmienne. Ten rodzaj należy do rodziny Bacillaceae w rzędzie Bacillales . Typowym gatunkiem Neobacillus jest Neobacillus niacini.
Członkowie tego rodzaju byli wcześniej częścią rodzaju Bacillus . Od dawna wiadomo, że rodzaj Bacillus obejmuje szeroką gamę niepowiązanych filogenetycznie bakterii, co wykazano w wielu badaniach filogenetycznych i porównawczych badaniach genomu. Bakcyl gatunki zostały przypisane na podstawie niejasnych kryteriów, takich jak zdolność do tworzenia przetrwalników w obecności tlenu, kryterium wspólne dla wielu różnych, niepowiązanych ze sobą bakterii. Rezultatem jest duży rodzaj obejmujący ponad 300 gatunków o różnych cechach biochemicznych, które nie są jednoznacznie wspólne dla wszystkich członków, nie pozostawiając możliwości wiarygodnego odróżnienia Bacillus od innych bakterii. Następnie w wielu badaniach wykorzystano analizy filogenetyczne jako środek do wyjaśnienia ewolucyjnych relacji między Bacillus , co doprowadziło do powstania wielu nowych rodzajów, takich jak Virgibacillus , Solibacillus , Brevibacillus i Ectobacillus . Dodatkowo Bacillus został ograniczony do włączenia tylko gatunków blisko spokrewnionych z Bacillus subtilis i Bacillus cereus .
Nazwa Neobacillus składa się z przedrostka „neo-” (od greckiego przymiotnika neos , tłumaczonego na nowy) i przyrostka „-bacillus” (od łacińskiego rzeczownika bacillus , odnoszącego się do małej laski lub pręcika i Bacillus , bakterii rodzaj). Razem nazwa przekłada się na „nowy Bacillus ”.
Charakterystyka biochemiczna i podpisy molekularne
Członkowie Neobacillus mogą być tlenowi lub fakultatywnie beztlenowi. Ruchliwość jest zmienna, niektóre gatunki są ruchliwe, podczas gdy inne nie. Zaobserwowano, że wszystkie badane gatunki tworzą przetrwalniki w niekorzystnych warunkach środowiskowych lub żywieniowych. Neobacillus można znaleźć w różnych środowiskach, w tym w glebie, pochodzeniu ludzkim (jelita i skóra) oraz korzeniach roślin. Neobacillus może rosnąć w temperaturze do 50-55°C, jednak optymalny wzrost następuje w przedziale 25-37°C.
11 konserwatywnych indeli sygnaturowych (CSI) zostało zidentyfikowanych za pomocą analizy genomowej jako wyłączne dla Neobacillus w białkach, takich jak białko rybosomalne 50S L24, białko pierścienia M wici FliF, metylotransferaza rybosomalnego białka L11 50S, podjednostka syntazy fosforanu imidazolu HisH, podjednostka regulatorowa fosforybozylotransferazy ATP , białko z rodziny syntaz LTA, topoizomeraza DNA typu I , fosforybozylotransferaza nikotynianowa , dwufunkcyjna kinaza hydroksymetylopirymidynowa/kinaza fosfo-metylopirymidynowa, egzonukleaza specyficzna dla pojedynczej nici DNA RecJ i Syntaza 1-dezoksy-d-ksylulozo-5-fosforanu . Te CSI dostarczają wiarygodnych metod różnicowania Neobacillus od innych rodzajów i bakterii Bacillaceae na poziomie molekularnym.
Taksonomia
Neobacillus występuje łącznie 17 gatunków z ważnie opublikowanymi nazwami . Członkowie tego rodzaju grupują się razem i tworzą monofiletyczną gałąź w drzewach filogenetycznych utworzonych z połączonych sekwencji z różnych zestawów danych konserwatywnych białek, a także sekwencji genów 16S rRNA . Baza danych taksonomii genomu (GTDB) pokazuje również członków grupy Neobacillus .
Dodatkowe badania filogenetyczne zidentyfikowały szereg nieważnie opublikowanych gatunków („ Bacillus ferrooxidans”, „Bacillus rubiinfantis”, „Bacillus marasmi” i „ Bacillus salipaludis ”), które są uważane za członków tego rodzaju na podstawie taksonomicznego rozmieszczenia w drzewach filogenetycznych jak również wspólne markery molekularne (specyficznie konserwowane indele sygnaturowe ) z innymi przedstawicielami Neobacillus . Jednak przeniesienie nie zostało zaproponowane ze względu na brak informacji o hodowli szczepów. Gdy w przyszłości staną się dostępne dodatkowe informacje o kulturze i sekwencje genomu, konieczne byłoby ponowne przyjrzenie się klasyfikacjom taksonomicznym zaproponowanym dla tego rodzaju w celu aktualizacji i walidacji wyników, tak jak zrobiono to w 2022 r. dla Bacillus dielmonensis .