Nikosa Kyrpidesa

Nikos Kyrpides
Νίκος X. Κυρπίδης
Urodzić się	11 listopada 1963 Serres, Grecja
Alma Mater	Uniwersytet Arystotelesa w Salonikach
Znany z	Genomika drobnoustrojów, metagenomika, nauka o mikrobiomie
Kariera naukowa
Pola	Bioinformatyka, mikrobiologia, biologia obliczeniowa, data science
Instytucje	Wspólny Instytut Genomu
Doradcy akademiccy	Carl Woese , Ross Overbeek
Strona internetowa	https://jgi.doe.gov/our-science/scientists-jgi/nikos-kyrpides/

Nikos Kyrpides ( grecki : Νίκος Κυρπίδης ) jest grecko-amerykańskim biologiem, który pracował nad pochodzeniem życia , przetwarzaniem informacji, bioinformatyką , mikrobiologią , metagenomiką i nauką o danych mikrobiomu . Jest starszym pracownikiem naukowym w Berkeley National Laboratory , szefem Prokaryote Super Program i kieruje programem Microbiome Data Science w Amerykańskim Departamencie Energii Joint Genome Institute .

Edukacja

Kyrpides urodził się w Serres w Grecji , gdzie studiował biologię na Uniwersytecie Arystotelesa w Salonikach i uzyskał doktorat z biologii molekularnej i biotechnologii na Uniwersytecie Kreteńskim . Odbył studia podoktoranckie z mikrobiologii u Carla Woese na University of Illinois w Urbana-Champaign oraz z bioinformatyki u Rossa Overbeeka w Argonne National Laboratory . Od 1999 do 2004 roku Kyrpides pracował w branży biotechnologicznej przemysłu w Chicago , gdzie kierował rozwojem analizy genomu i bioinformatyki. Dołączył do Joint Genome Institute (JGI) Departamentu Energii Stanów Zjednoczonych w 2004 roku, aby kierować programem biologii genomu i rozwijać platformy do zarządzania danymi i analizy porównawczej genomów i metagenomów drobnoustrojów. Kyrpides został szefem programu Metagenomics w 2010 roku i założył Prokariotyczny Super Program w 2011 roku, którym nadal kieruje wraz z Microbiome Data Science Group.

Badania

Wczesna praca Kyrpidesa koncentrowała się na pochodzeniu i ewolucji kodu genetycznego . We współpracy z Christosem Ouzounisem opracował szereg hipotez dotyczących transferu informacji z białek do kwasów nukleinowych, znanych jako interpretacja odwrotna. Wraz z pojawieniem się genomiki Kyrpides zwrócił swoje zainteresowanie na badanie i zrozumienie ostatniego uniwersalnego wspólnego przodka . Wraz z Ouzounis ukuł akronim „LUCA” na konferencji zorganizowanej przez Patricka Forterre w Les Treilles we Francji i przeprowadził jedną z pierwszych porównawczych analiz genomu, aby przewidzieć zawartość genów LUCA. Prace Kyrpidesa nad systemami przetwarzania informacji ujawniły kilka wcześniej nieoczekiwanych zależności, sugerując nowe modele ewolucji tych procesów. Zidentyfikował wcześniej niewykryte związki między eukariotyczną i bakteryjną maszynerią translacyjną, sugerując, że podstawy inicjacji translacji byłyby obecne na etapie uniwersalnego przodka. Praca Kyrpidesa nad ewolucją transkrypcji pomogła zmienić rozumienie natury i organizacji archeologicznej maszynerii transkrypcyjnej, która (w tamtym czasie) była tą transkrypcją w Archaea był ściśle podobny do tego u eukariontów. Kyrpides i Ouzounis wykazali równoległe istnienie dużej liczby czynników transkrypcyjnych typu bakteryjnego w genomach archeologicznych.

Kierował rozwojem kilku pionierskich systemów zarządzania danymi w genomice i metagenomice drobnoustrojów, które są szeroko stosowane w środowisku naukowym (kilka tysięcy użytkowników na całym świecie). Obejmują one systemy do zarządzania danymi i opracowywania projektów dotyczących genomu oraz związanych z nimi metadanych, takie jak Genomes OnLine Database (GOLD) oraz systemy genomiki porównawczej, takie jak ERGO i Integrated Microbial Genomes (IMG).

Obecne badania Kyrpidesa koncentrują się na badaniach mikrobiomu , z naciskiem na naukę danych o mikrobiomie. Obejmuje to zrozumienie struktury i funkcji różnych mikroorganizmów i społeczności drobnoustrojów oraz wyjaśnienie dynamiki ewolucyjnej kształtującej genomy drobnoustrojów. Aby to osiągnąć, jego grupa opracowuje nowatorskie metody umożliwiające analizę porównawczą na dużą skalę oraz eksplorację i wizualizację dużych zbiorów danych . Zaproponował i opublikował pierwsze badanie dotyczące wykorzystania standardowych danych porównawczych do oceny dokładności metody w metagenomice. Takie podejście stało się standardem w tej dziedzinie. Niektóre z ostatnich badań Kyrpidesa w dziedzinie nauki o mikrobiomie obejmują eksplorację ziemskiego wiromu , identyfikację nowych typów bakterii, przewidywanie nowych fałd przy użyciu sekwencji metagenomicznych oraz charakterystykę nowych rodzin białek na podstawie danych mikrobiomu.

Inicjatywy międzynarodowe

Kyrpides rozpoczął inicjatywę MikroBioKosmos (MBK) w Grecji w 2007 r., której celem było zbadanie i komercyjne wykorzystanie krajowych zasobów drobnoustrojów. MikroBioKosmos stał się stowarzyszeniem naukowym, którego pierwszym prezesem został Kyrpides. Jest członkiem-założycielem dwóch towarzystw bioinformatycznych w Grecji: Hellenic Society of Computational Biology and Bioinformatics (HSCBB) w 2010 r. oraz Hellenic Bioinformatics w 2016 r. Kyrpides jest także członkiem zarządu międzynarodowego konsorcjum Genomic Standards Consortium (GSC), którego celem jest umożliwiają integrację, odkrywanie i porównywanie danych genomicznych z międzynarodowymi standardami tworzonymi przez społeczność.

Rozpoczął projekt Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA) w JGI oraz Microbial Earth Project z Hansem-Peterem Klenkiem, Philipem Hugenholtzem i Jonathanem Eisenem w 2007 r., mając na celu poprawę charakterystyki genomu zróżnicowanych filogenetycznie hodowanych drobnoustrojów. Ten ostatni projekt przekształcił się w międzynarodowy wysiłek mający na celu sekwencjonowanie wszystkich typów szczepów bakterii i archeonów poprzez serię projektów GEBA obejmujących 1000 genomów. Szybki wzrost sekwencji genomu drobnoustrojów pod koniec 2010 r., bez równoległego miejsca do opisywania tych projektów w znormalizowany sposób, doprowadził do potrzeby nowego forum naukowego, które byłoby izbą rozliczeniową do przechwytywania i prezentowania tych informacji społeczności. Ten pomysł skłonił Kyrpidesa, George'a Garrity'ego i Dawn Field do założenia nowego czasopisma naukowego: Standards in Genomic Sciences (SIGS), która stała się częścią BioMed Central .

Kyrpides zaproponował w 2009 r. utworzenie Administracji Genomiki Środowiska Mikrobiologicznego, analogicznej do NASA , w celu badania i eksploracji najliczniejszego życia na planecie. W 2016 roku, po ogromnym wzroście danych o mikrobiomie, nakreślił potrzebę wspólnej infrastruktury do analizy danych o mikrobiomie i zaproponował rozwój National Microbiome Data Center (NMDC), później przemianowanego na National Microbiome Data Collaborative. Wraz z Emiley Eloe-Fadrosh Kyrpides zorganizował pierwsze warsztaty NMDC, aby rozpocząć tę inicjatywę w Joint Genome Institute. Następnie w 2017 r. odbyły się dodatkowe warsztaty prowadzone przez the Amerykańskie Towarzystwo Mikrobiologiczne w celu promowania inicjatywy.

Nagrody i wyróżnienia

Kyrpides otrzymał kilka nagród, w tym USFCC/J 2018. Nagroda Rogera Portera przyznana przez Amerykańskie Towarzystwo Mikrobiologiczne , Międzynarodowa Nagroda van Niela w 2014 r. za studia w systematyce bakteryjnej przyznana przez Międzynarodową Unię Towarzystw Mikrobiologicznych (IUMS), nagroda za wybitne osiągnięcia w 2007 r. przyznana przez Lawrence Berkeley National Laboratory oraz Academic Excellence w 2012 r. Nagroda Fundacji Empirikion. Jest wybranym członkiem American Academy of Microbiology (AAM) (2014) i był w Thomson Reuters lista najczęściej cytowanych naukowców na świecie od 2014 r. Rodzaj bakterii ( Kyrpidia ) został nazwany imieniem Kyrpidesa w 2011 r. W 2017 r. otrzymał tytuł doktora honoris causa Uniwersytetu Arystotelesa w Salonikach .