PAR-CLIP

PAR-CLIP ( fotoaktywowalne rybonukleozydy wzmocnione sieciowaniem i immunoprecypitacją ) to biochemiczna metoda identyfikacji miejsc wiązania komórkowych białek wiążących RNA (RBP) i kompleksów rybonukleoproteinowych zawierających mikroRNA (miRNP). Metoda opiera się na włączaniu fotoreaktywnych analogów rybonukleozydów , takich jak 4-tiourydyna (4-SU) i 6-tioguanozyna (6-SG), do powstających transkryptów RNA przez żywe komórki. Naświetlanie komórek ultrafioletowym o długości fali 365 nm długość fali indukuje wydajne sieciowanie komórkowych RNA znakowanych fotoreaktywnymi nukleozydami do oddziałujących RBP. Po immunoprecypitacji interesującego RBP następuje izolacja usieciowanego i koimmunoprecypitowanego RNA. Wyizolowany RNA jest przekształcany w cDNA i poddawany głębokiemu sekwencjonowaniu przy użyciu technologii sekwencjonowania nowej generacji .

Ostatnio zastosowano PAR-CLIP do określenia miejsc wiązania w całym transkryptomie kilku znanych RBP i kompleksów rybonukleoproteinowych zawierających mikroRNA w wysokiej rozdzielczości.

Podobne metody

• CLIP-Seq , podobna metoda identyfikacji miejsc wiązania komórkowych białek wiążących RNA (RBP) lub miejsc modyfikacji RNA przy użyciu światła UV do sieciowania RNA z RBP bez włączania fotoaktywowanych grup do RNA.

Linki zewnętrzne

• baza danych starBase : dekodowanie interakcji miRNA-mRNA, miRNA - lncRNA , miRNA-sncRNA, miRNA-circRNA, miRNA- pseudogen , proteina-lncRNA, interakcje proteina-ncRNA oraz sieci ceRNA z PAR-CLIP ( CLIP-Seq , HITS-CLIP , iCLIP ) data i miejsca docelowe mikroRNA TargetScan , PicTar, RNA22, miRanda i PITA .
• Baza danych BIMSB doRiNA : baza danych do badania interakcji białko-RNA, mikroRNA-cel z danych PAR-CLIP , CLIP-Seq , HITS-CLIP , iCLIP i przewidywań miejsca docelowego mikroRNA PICTAR.
• miRTarCLIP : Obliczeniowe podejście do identyfikacji interakcji mikroRNA-cel przy użyciu wysokowydajnego sekwencjonowania CLIP i PAR-CLIP .
• dCLIP : dCLIP to program Perla do odkrywania zróżnicowanych regionów wiążących w dwóch porównawczych eksperymentach CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP lub iCLIP).
• PARalyzer : PARalyzer to algorytm, który generuje mapę o wysokiej rozdzielczości miejsc interakcji między białkami wiążącymi RNA a ich celami. Algorytm wykorzystuje odczyty głębokiego sekwencjonowania wygenerowane podczas eksperymentów PAR-CLIP.