Pectobacteriaceae
| Pectobacteriaceae | |
|---|---|
| Naukowa klasyfikacja | |
| Domena: | Bakteria |
| Gromada: | pseudomonadota |
| Klasa: | Gammaproteobakterie |
| Zamówienie: | Enterobacterale |
| Rodzina: |
Pectobacteriaceae Adeolu i in. 2016 |
| Rodzaje | |
|
|
Pectobacteriaceae to rodzina bakterii Gram-ujemnych , które w większości składają się z patogenów roślin. Ta rodzina jest członkiem rzędu Enterobacterales w klasie Gammaproteobacteria typu Pseudomonadota . Typowym gatunkiem z tej rodziny jest Pectobacterium .
Nazwa Pectobacteriaceae pochodzi od łacińskiego terminu Pectobacterium , odnoszącego się do rodzaju rodziny i przyrostka „-aceae”, końcówki używanej do określenia rodziny. Razem Pectobacteriaceae odnosi się do rodziny, której nomenklaturowym typem jest rodzaj Pectobacterium .
Charakterystyka biochemiczna i podpisy molekularne
Członkowie rodziny wytwarzają kwas z N-acetyloglukozaminy i są ujemne dla dihydrolazy argininowej, dekarboksylazy ortyniny i dekarboksylazy lizyny. Bakterie te są katalazo-dodatnie, oksydazo-ujemne i nie wytwarzają dwusiarczku wodoru.
Analizy genomowe zidentyfikowały cztery konserwatywne indele sygnaturowe (CSI), które są specyficzne dla tej rodziny w aktywatorze transkrypcji białek RhaS , motorycznym białku wiciowym MotB, dwuskładnikowym czujnikowym białku kinazy histydynowej i białku hipotetycznym. Te sygnatury molekularne zapewniają wiarygodne środki molekularne do odróżniania członków rodziny Pectobacteriaceae od innych rodzin w kolejności Enterobacterales i innych bakterii.
Systematyka historyczna i taksonomia bieżąca
Pectobacteriaceae od 2021 r. Zawiera osiem ważnie opublikowanych rodzajów. Członkowie tej rodziny byli pierwotnie członkami rodziny Enterobacteriaceae , dużej niepowiązanej filogenetycznie grupy gatunków o odrębnych cechach biochemicznych i różnych niszach ekologicznych. Pierwotne przypisanie gatunków do rodziny Enterobacteriaceae był w dużej mierze oparty na analizach sekwencji genomu 16S rRNA, o którym wiadomo, że ma niską moc dyskryminacyjną, a którego wyniki zależą od zastosowanego algorytmu i informacji o organizmie. Mimo to analizy nadal wykazywały rozgałęzienia polifiletyczne, co wskazuje na obecność odrębnych podgrup w obrębie rodziny.
W 2016 roku Adeolu i in. zaproponowali podział Enterobacteriaceae na 7 nowych rodzin w oparciu o porównawcze analizy genomiczne i wzór rozgałęzień różnych drzew filogenetycznych zbudowanych z konserwatywnych sekwencji genomu, sekwencji 16S rRNA i analiz sekwencji multilocus. Markery molekularne, szczególnie zachowane indele sygnaturowe , charakterystyczne dla tej rodziny, zostały również zidentyfikowane jako dowód potwierdzający podział niezależny od drzew filogenetycznych.
Pectobacteriaceae