Peribacillus
| Klasyfikacja naukowa | |
|---|---|
| Peribacillus | |
| Domena: | |
| Gromada: | |
| Klasa: | |
| Zamówienie: | |
| Rodzina: | |
| Rodzaj: |
Peribacillus
Patel i Gupta 2020
|
| Gatunek | |
informacje na podstawie LPSN 2021 |
|
Peribacillus to rodzaj bakterii w kształcie pręta, który wykazuje barwienie Gram-dodatnie lub Gram-zmienne, należące do rodziny Bacillaceae w rzędzie Bacillales . Gatunkiem typowym dla tego rodzaju jest Peribacillus simplex.
Członkowie Peribacillus byli pierwotnie częścią rodzaju Bacillus , dużego, filogenetycznie skomplikowanego rodzaju o niejasnych związkach ewolucyjnych. Polifiletyczny charakter rodzaju można częściowo przypisać niejasnym kryteriom stosowanym do klasyfikowania nowych gatunków do tego rodzaju. Aby wyjaśnić powiązania taksonomiczne Bacillus , przeprowadzono wiele analiz filogenetycznych i porównawczych genomów, w wyniku czego wiele gatunków Bacillus zostało przeniesionych do nowych rodzajów, takich jak Virgibacillus , Solibacillus , Brevibacillus i Ectobacillus . Ponadto rodzaj ograniczono do gatunków blisko spokrewnionych z Bacillus subtilis i Bacillus cereus .
Nazwa Peribacillus pochodzi od jego umieszczenia w drzewach filogenetycznych. Przedrostek „peri-” pochodzi od greckiego przyimka peri i oznacza „około, w pobliżu lub w pobliżu”. Bacillus pochodzi od łacińskiego rzeczownika Bacillus , odnoszącego się zarówno do „małej laski lub pręta”, jak i Bacillus , rodzaju bakterii. Łącznie nazwa Peribacillus odnosi się do rodzaju otaczającego lub pobliskiego Bacillus .
Charakterystyka biochemiczna i sygnatury molekularne
Członkowie rodzaju Peribacillus są albo tlenowi , albo fakultatywnie beztlenowi i wykazują tworzenie przetrwalników w niekorzystnych warunkach środowiskowych lub żywieniowych. Większość gatunków została wyizolowana z gleby lub jelit ludzkich/zwierzęcych. Peribacillus są zwykle ruchliwe, z wyjątkiem niektórych przypadków, gdy komórki tworzą się i rosną w łańcuchach. Peribacillus może przetrwać w temperaturach od 3°C do 45°C, ale optymalny wzrost następuje w przedziale 25-37°C. Peribacillus butanolivorans jest stosowany w procesach przemysłowych, w szczególności w remediacji butanolu.
Analizy genomowe zidentyfikowały trzy konserwatywne indele sygnaturowe (CSI) w białkach zawierających domenę HAMP, transferazie fosfo-N-acetylomuramoilo-pentapeptydowej i białku E sporulacji stadium II, które są specyficzne dla członków rodzaju Peribacillus i zapewniają środki molekularne do odróżnienia przedstawicieli tego rodzaju od innych rodzajów i bakterii Bacillaceae .
Taksonomia
Peribacillus występuje łącznie 17 gatunków z ważnie opublikowanymi nazwami . Członkowie tego rodzaju grupują się razem i tworzą monofiletyczną w drzewach filogenetycznych utworzonych z połączonych sekwencji konserwowanych białek, sekwencji genów 16S rRNA , a także drzewa filogenetycznego w bazie danych taksonomii genomu (GTDB).
Dodatkowe badania filogenetyczne pozwoliły zidentyfikować szereg nieważnie opublikowanych gatunków („Bacillus cihuensis”, „Bacillus massiliglaciei”, „Bacillus massilioanorexius”, „Bacillus massiliogorillae” i „Bacillus testis”), które są uważane za członków tego rodzaju , ponieważ rozgałęzia się z innymi członkami Peribacillus w drzewach filogenetycznych i ma te same unikalne markery molekularne (specyficznie konserwowane indele sygnaturowe ). Jednak przeniesienie tych gatunków do Peribacillus nie został zaproponowany ze względu na brak informacji o hodowli szczepów wykazujących potrzebę przyszłych analiz tego kladu, gdy dostępnych będzie więcej informacji.