Powszechny utajony wirus czosnku

Powszechny utajony wirus czosnku
Klasyfikacja wirusów
(nierankingowe):	Wirus
królestwo :	Rybowiria
Królestwo:	Orthornawirusy
Gromada:	Kitrinoviricota
Klasa:	Alsuviricetes
Zamówienie:	Tymovirale
Rodzina:	Betaflexiviridae
Rodzaj:	karlawirus
Gatunek:	Powszechny utajony wirus czosnku

Powszechny utajony wirus czosnku (GarCLV) jest wirusem roślinnym należącym do rodzaju Carlavirus , który infekuje czosnek na całym świecie. Zgłoszono również wykrycie wirusa w porach i cebuli .

Epidemiologia

Główną transmisją GarCLV jest materiał rozmnożeniowy. W rezultacie jest często szeroko rozpowszechniony wśród upraw czosnku. Pojedyncza infekcja wirusowa czosnku jest zwykle bezobjawowa, ale w infekcjach mieszanych z wirusem żółtej paski pora (LYSV, Potyvirus ) lub wirusem żółtej karłowatości cebuli (OYDV, Potyvirus ) może tworzyć „kompleks wirusowy czosnku”, który zwiększa nasilenie infekcji innymi wirusami. Inne Allium spp. takie jak Allium caeruleum , Allium cristophii , Allium cyathophorum , Allium nutans , Allium schoenoprasum , Allium scorodoprasum , Allium senescens subsp. montanum i Allium sphaerocephalon również zostały zakażone przez GarCLV.

Genom

Pełny genom wirusa, z wyłączeniem ogona poli-(A), ma długość 8353 nt i zawiera sześć otwartych ramek odczytu (ORF). ORF 2, 3, 4 to blok potrójnego genu (TGB), który koduje białko ruchu , podczas gdy ORF5 to sekwencja kodująca białko płaszcza wirusa (CP).

Filogeneza

Wcześniejsze analizy filogenetyczne oparte na genie kapsydu (CP) sugerowały, że globalne izolaty GarCLV były bardzo podobne i można je podzielić tylko na dwie główne grupy. Jednak najnowsze drzewa filogenetyczne skonstruowano przy użyciu kompletnych sekwencji nukleotydowych każdego z globalnych izolatów skupionych w genach TGB i CP dostępnych w NCBI GenBank na trzy główne klady. Izolaty z trzeciej grupy wykazują dużą zmienność genetyczną między sobą i izolatami z dwóch pozostałych grup, a także wydają się być rzadziej spotykane w naturze. Kolejne badanie populacyjne sugerowali, że oba geny znajdowały się pod negatywną presją selekcyjną , przy czym presja na CP była silniejsza niż na TGB. W konsekwencji gen TGB ma większe zróżnicowanie genetyczne niż gen CP. Duże zróżnicowanie sekwencji genów TGB prawdopodobnie obniżyło żywotność niektórych izolatów, zwłaszcza należących do wysoce zmiennego kladu 3, co może być jedną z przyczyn rzadkości izolatów kladu 3 w przyrodzie.