Projekt ludzkiego proteomu
| Treść | |
|---|---|
| Opis | Charakterystyka całego proteomu |
| Przechwycone typy danych |
sekwencja białek, fosforylacja, acetylacja, glikozylacja |
| Organizmy | Homo sapiens |
| Kontakt | |
| Centrum Badań | Organizacja Human Proteom |
| Laboratorium | różny |
| Cytowanie podstawowe | PMID 22398612 |
| Dostęp | |
| Strona internetowa |
|
| Adres URL usługi internetowej | NextProt REST |
Human Proteome Project ( HPP ) to wspólny wysiłek koordynowany przez Human Proteome Organization . Jego deklarowanym celem jest eksperymentalna obserwacja wszystkich białek wytwarzanych przez sekwencje translowane z ludzkiego genomu .
Historia
Human Proteome Organisation służyła jako organ koordynujący wiele długotrwałych projektów badawczych proteomiki związanych z określonymi ludzkimi tkankami o znaczeniu klinicznym, takimi jak osocze krwi , wątroba , mózg i mocz . Odpowiadała również za projekty związane z konkretną technologią i standardami niezbędnymi do badań białek na dużą skalę.
Struktura i cele większego projektu, który byłby równoległy do projektu genomu ludzkiego, były przedmiotem dyskusji w literaturze naukowej. Wynikiem tej debaty i serii spotkań na Światowych Kongresach Human Proteome Organization w latach 2009, 2010 i 2011 była decyzja o zdefiniowaniu Human Proteome Project jako składającego się z dwóch podprojektów, C-HPP i B/ D-HPP. C-HPP zostanie podzielony na 25 grup, po jednej na ludzki chromosom. B/D-HPP zostaną zorganizowane w grupy według biologicznego i chorobowego znaczenia białek.
Projekty i grupy
Obecny zestaw grup roboczych jest wymieniony poniżej, w kolejności chromosomów, które mają być badane.
| Chromosom | Lider grupy | Przynależność narodowa |
|---|---|---|
| 1 | Ping Xu | Chiny |
| 2 | Lydie Lane | Szwajcaria |
| 3 | Takeshi Kawamura | Japonia |
| 4 | Yu-Ju Chen | Tajwan |
| 5 | Piotr Horwatowicz | Holandia |
| 6 | Krzysztof Borchers | Kanada |
| 7 | Edwarda Nicei | Australia, Nowa Zelandia |
| 8 | Pengyuan Yang | Chiny |
| 9 | Je-Yoel Cho | Seul, Korea |
| 10 | Joshua Labaer | USA |
| 11 | Jong Shin Yoo | Korea |
| 12 | Raviego Sirdeshmukha | Indie, Singapur, Tajwan, Tajlandia |
| 13 | Młody Ki Paik | Korea |
| 14 | Charlesa Pineau | Francja |
| 15 | Gilberto B Domont | Brazylia |
| 16 | Fernando Corralesa | Hiszpania |
| 17 | Gilberta S. Omenna | USA |
| 18 | Aleks Archakow | Rosja |
| 19 | György Marko-Varga | Szwecja |
| 20 | Siqiu Liu | Chiny |
| 21 | Alberta Sickmanna | Niemcy |
| 22 | Akhilesh Pandey | USA |
| X | Yasushi Ishihama | Japonia |
| Y | Ghasem Hosseini Salekdeh | Iranu |
| MT | Andrei Urbani | Włochy |
Zasoby obliczeniowe
Redukcja danych, analiza i walidacja wyników proteomiki opartej na MS/MS jest dostarczana przez Erica Deutscha z Instytutu Biologii Systemów w Seattle, USA ( PeptideAtlas ). Przetwarzanie danych związanych z metodami opartymi na przeciwciałach jest koordynowane przez Kalle von Feilitzen, Sztokholm, Szwecja ( Human Protein Atlas ). Za ogólną integrację i informatykę raportowania odpowiada Lydie Lane z SIB, Genewa, Szwajcaria ( NeXtProt ). Wszystkie dane generowane w ramach wkładów HPP są deponowane w jednym z repozytoriów ProteomeXchange.
Aktualny stan
Aktualizacje projektu Human Proteome Project są regularnie publikowane, np. w Journal of Proteome Research (2014). Metryki dotyczące poziomu pewności związanego z obserwacjami białek zostały opublikowane, podobnie jak „MissingProteinPedia”.
Na podstawie porównania dziewięciu głównych portali z adnotacjami podano rozpiętość liczby białek ludzkich od 21 819 do 18 891 (stan na 2017 r.). Metryki HPP z 2021 r. pokazują, że ekspresja białek została teraz wiarygodnie wykryta w 92,8% przewidywanych białek zakodowanych w ludzkim genomie.
Zobacz też
- BioPlex
- Human Protein Atlas - Bazy danych białek
- NeXtProt
- Atlas peptydów
Linki zewnętrzne
- Strona projektu HPP (www.hupo.org)
- Witryna HPP (www.thehpp.org)
- Witryna internetowa HPP skoncentrowana na chromosomach (www.c-hpp.org)
- Witryna internetowa BD HPP (www.hupo.org/B/D-HPP)
