Projektant genów
 Gene Designer Sequence View umożliwia manipulowanie elementami sekwencji, wyborami kodonów i pozycjami oligonukleotydów . Szybkie wyszukiwanie motywów sekwencji , miejsc restrykcyjnych i otwartych ramek odczytu .
| |
| Deweloperzy | ATUM |
|---|---|
| Pierwsze wydanie | 2006 |
| Wersja stabilna | 2.01.191 / 9 października 2015
|
| System operacyjny | Windows , macOS , Linux |
| Platforma | x86 , x86-64 |
| Dostępne w | język angielski |
| Typ | Zestaw narzędzi do biologii molekularnej |
| Licencja | Freeware , wymagana rejestracja |
| Strona internetowa | |
Gene Designer to pakiet oprogramowania komputerowego dla bioinformatyki . Jest używany przez biologów molekularnych ze środowisk akademickich, rządowych oraz przemysłu farmaceutycznego, chemicznego, rolniczego i biotechnologicznego do projektowania, klonowania i walidacji sekwencji genetycznych. Jest to oprogramowanie własnościowe , udostępniane jako freeware wymagające rejestracji.
Cechy
Gene Designer umożliwia biologom molekularnym zarządzanie całym procesem projektowania genów w jednej aplikacji przy użyciu szeregu narzędzi projektowych.
- Algorytmy klonowania in silico , optymalizacji kodonów , translacji wstecznej i projektowania starterów
- Graficzny widok molekularny do wyświetlania, opisywania i edytowania konstrukcji
- Konfigurowalna baza danych do przechowywania, zarządzania i śledzenia elementów genetycznych, genów i konstruktów
- Przeciągnij i upuść interfejs, aby przenosić elementy sekwencji w ramach lub między konstrukcjami (opatentowana funkcja)
- Funkcja wyszukiwania motywów sekwencji , miejsc restrykcyjnych i otwartych ramek odczytu
- Optymalizacja kodonów pod kątem produkcji rekombinowanych białek w dowolnym organizmie przy użyciu wielu algorytmów
- Usuń lub dodaj miejsca restrykcyjne lub inne motywy sekwencji
- Przekoduj otwarte ramki odczytu
- Sprawdź ramki translacji i połączenia fuzyjne
- Projektuj oligonukleotydy do sekwencji starterów , zawiera kalkulator temperatury topnienia w czasie rzeczywistym
- Narzędzie do klonowania z możliwością przeciągania i upuszczania do wycinania, łączenia i klonowania wstawek i wektorów
Wykorzystanie przez nauczyciela i ucznia
To bezpłatne oprogramowanie zostało włączone do programów nauczania w klasach i laboratoriach dla biologii syntetycznej, biologii systemowej, bioinżynierii i bioinformatyki. Studenci tworzą i realizują projekty, które zarządzają całym procesem projektowania genów w jednej aplikacji, korzystając z szeregu narzędzi projektowych.
Przykłady użycia w programach nauczania:
- kurs syntetycznej biofotoniki; Uniwersytet Stanowy Utah, College of Engineering
- Projekt laboratoryjny przy użyciu Gene Designer 2.0
- Przegląd lekcji biologii systemowej
- Przegląd lekcji biologii syntetycznej
- Projekty studenckie
Zobacz też
- Bioinformatyka
- Biologia obliczeniowa
- Synteza genów
- Wektor (biologia molekularna) , Wektor DNA , Wektor klonowania , Wektor ekspresyjny
- Mapa ograniczeń
- Klonowanie molekularne
- Lista otwartego oprogramowania bioinformatycznego