RBM9

RBFOX2
Dostępne konstrukcje
WPB	Wyszukiwanie ortologiczne:
Lista kodów identyfikacyjnych PDB
Identyfikatory
	, FOX2, Fox-2, HNRBP2, HRNBP2, RBM9, RTA, dJ106I20.3, fxh, białko wiążące RNA, homolog fox-1 2, homolog wiążący RNA fox-1 2 Identyfikatory
zewnętrzne
Lokalizacja genu ( Człowiek )
Chr.
Koniec
Lokalizacja genu ( mysz )
Chr.
Koniec
Wzór ekspresji RNA
	; ;
Ontologia genów
Funkcja molekularna
Składnik komórkowy
Proces biologiczny
	Źródła: Amigo / QuickGO
Ortolodzy
	Wikidane
Wyświetl/edytuj człowieka	Wyświetl/edytuj mysz

Białko motywu wiążącego RNA 9 (RBM9) , znane również jako Rbfox2 , jest białkiem kodowanym u ludzi przez gen RBM9 .

Funkcjonować

Rbfox2 jest jednym z kilku ludzkich genów podobnych do genu Fox-1 z C. elegans . Gen ten koduje białko wiążące RNA, które uważa się za kluczowy regulator alternatywnego splicingu w układzie nerwowym i innych typach komórek. Rbfox2 i pokrewne białko Rbfox1 wiążą się z konserwatywnymi motywami RNA (U)GCAUG w intronach sąsiadujących z wieloma eksonami poddanymi alternatywnie składaniu i sprzyjają włączeniu lub wykluczeniu alternatywnego egzonu w dojrzałych transkryptach. Białko oddziałuje również z czynnikiem transkrypcyjnym receptora estrogenowego 1 i reguluje aktywność transkrypcyjną receptora estrogenowego 1. Znaleziono wiele wariantów transkrypcji kodujących różne izoformy tego genu.

Rbfox2, jak określono za pomocą CLIP-seq, wiąże eksony w pobliżu alternatywnie splicingu i reguluje włączanie lub wykluczanie eksonów podczas alternatywnego splicingu poprzez wiązanie w intronach albo poniżej (włączenie) lub powyżej (pomijanie eksonów). Jego obecność jest ważna dla przeżycia komórek macierzystych, a nokaut Rbfox2 aktywuje markery apoptozy .

Zobacz też

Dalsza lektura

Dunham I, Shimizu N, Roe BA i in. (1999). „Sekwencja DNA ludzkiego chromosomu 22” . Natura . 402 (6761): 489–495. Bibcode : 1999Natur.402..489D . doi : 10.1038/990031 . PMID 10591208 .
Lieberman AP, Friedlich DL, Harmison G i in. (2001). „Androgeny regulują ssacze homologi genów determinujących płeć bezkręgowców tra-2 i lisa-1” . Biochemia. Biofizyka. Rozdzielczość komuna . 282 (2): 499–506. doi : 10.1006/bbrc.2001.4617 . PMID 11401487 . S2CID 16858834 .
Norris JD, Fan D, Sherk A, McDonnell DP (2002). „Negatywny współregulator ludzkiego ER” . Mol. Endokrynol . 16 (3): 459–468. doi : 10.1210/me.16.3.459 . PMID 11875103 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH i in. (2003). „Generowanie i wstępna analiza ponad 15 000 pełnej długości sekwencji cDNA ludzkich i mysich” . Proc. Natl. Acad. Nauka. USA . 99 (26): 16899–16903. Kod Biblijny : 2002PNAS...9916899M . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
Collins JE, Goward ME, Cole CG i in. (2003). „Ponowna ocena adnotacji ludzkiego genu: analiza drugiej generacji chromosomu 22” . Genom Res . 13 (1): 27–36. doi : 10.1101/gr.695703 . PMC 430954 . PMID 12529303 .
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T i in. (2004). „Kompletne sekwencjonowanie i charakterystyka 21 243 ludzkich cDNA pełnej długości” . Nat. Geneta . 36 (1): 40–45. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039 .
Collins JE, Wright CL, Edwards CA i in. (2005). „Podejście oparte na adnotacjach genomu do klonowania ludzkiego ORFeome” . Biol genomu . 5 (10): R84. doi : 10.1186/gb-2004-5-10-r84 . PMC 545604 . PMID 15461802 .
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA i in. (2004). „Stan, jakość i rozwój projektu cDNA pełnej długości NIH: kolekcja genów ssaków (MGC)” . Genom Res . 14 (10B): 2121–2127. doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
Rual JF, Venkatesan K, Hao T i in. (2005). „W stronę mapy sieci interakcji białko-białko w skali proteomu”. Natura . 437 (7062): 1173–1178. Kod Bib : 2005Natur.437.1173R . doi : 10.1038/natura04209 . PMID 16189514 . S2CID 4427026 .
Underwood JG, Boutz PL, Dougherty JD i in. (2005). „Homologi białka Caenorhabditis elegans Fox-1 są regulatorami splicingu neuronów u ssaków” . Mol. Komórka. Biol . 25 (22): 10005–10016. doi : 10.1128/MCB.25.22.10005-10016.2005 . PMC 1280273 . PMID 16260614 .
Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y i in. (2006). „Dywersyfikacja modulacji transkrypcji: identyfikacja i charakterystyka na dużą skalę przypuszczalnych alternatywnych promotorów ludzkich genów” . Genom Res . 16 (1): 55–65. doi : 10.1101/gr.4039406 . PMC 1356129 . PMID 16344560 .
Ponthier JL, Schluepen C, Chen W i in. (2006). „Czynnik splicingowy Fox-2 wiąże się z konserwatywnym motywem intronu, aby promować włączenie alternatywnego eksonu 16 białka 4.1R” . J. Biol. Chem . 281 (18): 12468–12474. doi : 10.1074/jbc.M511556200 . PMID 16537540 .
Lim J., Hao T., Shaw C. i in. (2006). „Sieć interakcji białko-białko dla dziedzicznych ataksji u ludzi i zaburzeń zwyrodnienia komórek Purkinjego” . Komórka . 125 (4): 801–814. doi : 10.1016/j.cell.2006.03.032 . PMID 16713569 .

Linki zewnętrzne

Przegląd wszystkich informacji strukturalnych dostępnych w PDB dla UniProt : O43251 (białko wiążące RNA fox-1, homolog 2) w PDBe-KB .